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RSS订阅原创 PNAS：皮肤微生物群综合分析揭示人类皮肤的独特性并为其在哺乳动物的系统发育共生现象提供证据...
PNAS-综合分析皮肤微生物组揭示人类皮肤独特性并提供哺乳动物系统发育共生的证据Comprehensive skin microbiome analysis reveals the un...
2019-02-28 00:00:00
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原创 PNAS：多年多点5千样本鉴定玉米根际可遗传微生物
由Ruth E. Ley通讯，Edward S. Buckler和Jeffery L. Dangl参与，编辑则为本领域第一大牛Jeffery I. Gordon本文的结果已经相关文章讲解...
2019-02-28 00:00:00
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转载 PNAS：菌群大战：“单打独斗之殇”与“分而治之之利”
Costs and benefits of provocation in bacterial warfareDiego Gonzaleza,b,1, Akshay Sabnisc, Ke...
2019-02-28 00:00:00
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原创 PNAS-皮肤微生物群综合分析揭示人类皮肤的独特性并为其在哺乳动物的系统发育共生现象提供证据
文章目录PNAS-综合分析皮肤微生物组揭示人类皮肤独特性并提供哺乳动物系统发育共生的证据要点摘要背景研究方法取样测序序列数据处理统计分析系统发育共生分析结果与讨论人类与非人类哺乳动物皮肤微生物组的比较目级分类地位和宿主地理分布影响哺乳动物皮肤微生物组宠物与人类皮肤微生物组的关系预测人类与其它动物皮肤微生物组功能的变化奇蹄类和偶蹄类明显的系统发育共生现象哺乳动物皮肤具有古菌类群Reference猜你...
2019-02-27 20:44:58
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原创 2019微生物组——16S扩增子分析专题培训第四期
文章目录课程简介课程大纲一、生信基础知识和技巧二、图表解读和绘制三、扩增子基础和分析流程四、可重复计算和统计绘图五、功能预测和机器学习六、网络和环境因子分析往期精彩回顾主讲教师助教团队授课模式培训时间授课地点课程价格课程福利在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年4月12-14日北京推出《16S扩增子分析》专题培训第四期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增...
2019-02-27 16:03:11
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原创 微生物组——16S扩增子分析专题培训第四期
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年4月12-14日北京推出《16S扩增子分析》专题培训第四期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子分析实战学...
2019-02-27 00:00:00
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原创 Nature综述： 地球上细菌和古菌的生物膜丰度
NRM： 地球上细菌和古菌的生物膜丰度Bacteria and archaea on Earth and their abundance in biofilms分析类综述, 2019-0...
2019-02-25 00:00:00
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转载 Nature综述：Rob Knight手把手教你分析菌群数据(全文翻译1.8万字)
本文转载自“热心肠先生”,己获授权。导读自然微生物综述(2017 IF：31.851)于2018年5月23日在线发表了Rob Knight亲自撰写(一作兼通讯)的微生物组领域研究方法综述...
2019-02-25 00:00:00
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转载 Nature综述：肠道菌群如何划分肠型
2017年12月26日，我们在“热心肠日报”头条看到了Nature Microbiology当时刚刚online的一篇重要观点论述，这篇文章集合了全球29位肠道菌群研究大佬（包括中国的赵...
2019-02-25 00:00:00
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转载 Nature综述：真菌的多样性：真菌的高通量测序及鉴定
本文转载自"Listenlii",已获授权之前的引物覆盖度评价系列第5篇(R计算引物覆盖度)，有人留言推荐了这篇文章。是Nature reviewsMicrobiolo...
2019-02-25 00:00:00
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转载 地球5000年变化全景动画——看完叹了口气：整个世界安静了
世界地图看历史原始链接：https://v.qq.com/x/page/m0161ck7o0r.html ，在线最高1080p高清观看。中国历史地图看完默默流泪！历尽坎坷原始链接：htt...
2019-02-24 00:00:00
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转载 科学养猪的真正奥义，培养拯救人类的医学英雄
本文转载自“SME科学故事”，已获授权不可否认，猪一直以来是好吃懒做、没用的代名词。然而你知道吗？猪俨然是一座活生生的科学宝库。在科学家眼里，它的全身上下都可能挖出新的科研宝藏。不光有...
2019-02-23 00:00:00
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原创 16S预测细菌表型-bugbase：革兰氏阴阳、生物膜、致病力、移动元件、氧气消耗等...
基于16S OTU表预测细菌表型数据库，同时可进行组间差异分析BugBase Predicts Organism Level Microbiome PhenotypesTonya War...
2019-02-21 00:00:00
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原创 NRM： 地球上细菌和古菌的生物膜丰度
文章目录NRM： 地球上细菌和古菌的生物膜丰度热心肠导读摘要图1 地球上不同生境中细菌和古细菌的丰度表1 地球上最相关生境中细菌和古细菌的总数和处于生物膜的数量知识点1. 什么是生物膜知识点2. 生物膜的核心特征图2 断裂海底和大陆玄武岩中的微生物栖息地图3 海洋生物膜定植的界面图4 真核生物栖息地的生物膜Reference猜你喜欢写在后面NRM： 地球上细菌和古菌的生物膜丰度Bacteri...
2019-02-19 08:36:30
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原创 TM：宿主-细菌界面的MicroRNA：宿主防御或细菌攻击
文章目录TM：宿主-细菌界面的MicroRNAs：宿主防御或细菌攻击日报摘要图1. MiRNAs在感染过程中起着多方面的作用，控制着多个宿主细胞的功能。图2. 微RNA对细菌性病原体感染的调节导致宿主细胞周期的改变。图3. 细菌感染后的微RNA变化对自噬有很大影响猜你喜欢写在后面TM：宿主-细菌界面的MicroRNAs：宿主防御或细菌攻击MicroRNAs at the Host–Bacter...
2019-02-19 08:36:10
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原创 Fertility of Soils：根系C/P计量比影响水稻残根周际酶活的时空动态分布特征
根系C/P计量比影响水稻残根周际酶活的时空动态分布特征C/P stoichiometry of dying rice root defines the spatial distribut...
2019-02-19 00:00:00
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原创 CHM：新生儿肠道微生物菌群研究
文章目录CHM：婴儿出生后第一年肠道微生物组的动态变化和稳定热心肠日报研究总结研究背景研究结果表1. 研究人群的描述组装婴儿肠道微生物组的基因组图1. 剖腹产婴儿与母亲肠道菌群的相似性降低母亲肠道微生物的遗传图2.剖腹产婴儿与母亲肠道菌群的相似性降低肠道微生物功能的成熟图3. 阴道分娩的婴儿在出生第一年的肠道微生物的功能成熟每个阶段的特征类群图4. 各阶段特征属的动态喂养模式和肠道微生物的成熟图5...
2019-02-18 23:33:06
3462
原创 NBT：宏基因组中设计全面可扩展探针捕获序列多样性
文章目录宏基因组中设计全面可扩展探针用于捕获序列多样性写在前面热心肠日报摘要图1. 使用CATCH设计探针组图2. 捕获后宏基因组分布的改变，基因组覆盖和装配改善图3. 改进样品多样性的检测和保留图4. 利用捕获技术的基因组应用：2018年拉沙热爆发未分类样本中感染的测序Reference猜你喜欢写在后面宏基因组中设计全面可扩展探针用于捕获序列多样性Capturing sequence di...
2019-02-18 21:27:44
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原创 Fertility of Soils：根系C P计量比影响水稻残根周际酶活的时空动态分布特征
根系C/P计量比影响水稻残根周际酶活的时空动态分布特征C/P stoichiometry of dying rice root defines the spatial distribution and dynamics of enzyme activities in root-detritusphereBiology and Fertility of Soils, 2019, doi.org/...
2019-02-17 22:40:53
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原创 NBT：超高速细菌基因组检索技术
文章目录超高速搜索现存细菌和病毒基因组写在前面热心肠日报摘要图1. 序列搜索方法图2. 编码原理图3. 权衡速度和空间下与索引大小关系图4. 质粒序列的系统发育分布图5. 质粒分布与抗生素抗性基因图6. 在ENA数据集中抗生素基因随时间变化Reference猜你喜欢写在后面超高速搜索现存细菌和病毒基因组Ultrafast search of all deposited bacterial a...
2019-02-17 07:43:55
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转载 张和平：益生菌、肠道菌群与健康 |《科学通报》专辑
本文转载自“科学通报”2019年第3期邀请内蒙古农业大学食品科学与工程学院张和平教授作为特邀编辑，组织出版专辑"益生菌、肠道菌群与健康"，敬请关注！教授, 博士研究生导师...
2019-02-17 00:00:00
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转载 ISME：基因组和转录组分析深海古菌Thermoprofundales
推荐指数：★★★★★阅读时间：8分钟文本字数：3000字推荐理由：本研究通过对MBG-D古菌进行宏基因组和宏转录组分析，发现其是全球沉积物中分布最广、丰度最高的古菌类群之一，具有特定混合...
2019-02-17 00:00:00
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转载 微生物培养的福音：一个直接用16S rDNA序列来预测其培养基配方的网站！！！...
本文转载自“微生物生态”，己获授权，本平台编辑对内容进行测试和更新。今天卢瑟菌给大家隆重推出一个超级好的网站，网站名字叫KOMODO(Known Media Database)，没错，网...
2019-02-17 00:00:00
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原创 PNAS：亚马逊雨林向农业的转变导致土壤细菌群落的生物均质化
文章目录亚马逊雨林向农业的转变导致土壤细菌群落的生物均质化摘要研究背景结果讨论结论材料和方法取样地点样本设计土壤化学分析DNA提取，PCR和DNA测序数据分析引文猜你喜欢写在后面亚马逊雨林向农业的转变导致土壤细菌群落的生物均质化Conversion of the Amazon rainforest to agriculture results in biotic homogenization ...
2019-02-16 17:15:23
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转载 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之牙线篇
口腔保健基本功之牙线篇作者：凡博士，哈佛大学牙学院，Forsyth牙科研究院博后，热衷公益，科研之余致力于传播口腔保健常识与科普，旨在推动中国全民口腔健康管理。 今天我们聊的话题对...
2019-02-16 00:00:00
402
转载 秘笈大公开 | 魏泓手把手教你利用无菌动物，提高国自然中标率！
本文转自“热心肠先生”,已获授权2019国家自然科学基金的申请即将开始，我们热心肠日报的浏览量和用户平均停留时间也都达到了春节假期后的一个小高峰。今天，我们特别编发陆军军医大学（第三军医...
2019-02-15 00:00:00
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原创 Nature：肠道内微生物合作方式的探究
文章目录肠道内微生物合作方式的探究写在前面热心肠研究院摘要背景研究方法细菌菌株和培养基细菌培养类杆菌突变体的建立PUL基因在缺失突变体中表达的克隆单一、两种、三种共培养实验薄层色谱培养基的气相色谱分析BACOVA_04502-3的克隆、纯化及酶学分析无菌小鼠实验主要结果总结Reference译者简介猜你喜欢写在后面肠道内微生物合作方式的探究撰文：冯雨彤 浙江中医药大学责编：刘永鑫 中国科学院...
2019-02-13 22:30:43
2448
原创 Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关系(一作解读)...
Microbiome: 应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关系香港大学张彤教授团队与北京大学余珂博士研究团队，以生物降解菌群为研究模型，运用多维宏组学方法（宏...
2019-02-13 00:00:00
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原创 Microbiome：中国科学家完成鸡肠道微生物宏基因集的构建(张和平、魏泓、秦楠点评)...
中国科学家完成鸡肠道微生物宏基因集的构建近日，湖南农业大学曾建国教授研究团队在鸡肠道参考宏基因集构建和抗生素与植物来源的天然促生长剂的促生长机制方面的研究取得了突破性进展。其研究成果以“...
2019-02-13 00:00:00
273
原创 Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？(一作解读)...
Microbiome杂志2018年12月26日在线发表山东大学海洋学院杜宗军组关于“未培养微生物可培养机制”的文章，在此向杜宗军团队表示祝贺，同时很高兴邀请到第一作者穆大帅副教授亲自为大...
2019-02-13 00:00:00
328
原创 Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关系
文章目录Microbiome: 应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关系背景解读综合宏组学分析流程一、代谢产物分析和宏基因功能注释重建群落水平的代谢通路二、宏基因组学和宏转录组学预测微生物群落中单个微生物在BPA降解不同时期的作用三 细菌分离验证BPA降解环境中细菌相互关系总结作者简介Reference猜你喜欢写在后面Microbiome: 应用多维宏组学方法协同揭示复...
2019-02-12 21:51:44
2920
原创 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图
文章目录使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图检测安装加载包创建测试数据集一行命令绘图调参美化猜你喜欢写在后面使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图作者：刘梦瑶 诺禾致源 微生物信息审稿：刘永鑫 中国科学院遗传与发育生物学研究所ComplexHeatmap包由顾祖光博士创建，是一个非常全面的绘制热图的R包，可以利用它来绘制许多文献中的美图，例如下图展示的16S文献分析中...
2019-02-12 10:14:09
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原创 NBT-新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究
文章目录新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究1. 超高速细菌基因组检索技术摘要序列搜索方法2. 宏基因组中设计全面可扩展探针捕获序列多样性摘要CATCH设计探针3. 1520个人类肠道可培养细菌基因组使微生物组功能分析成为可能摘要肠道细菌系统发育树4. 人类肠道细菌基因组和培养组用于改进的宏基因组分析摘要胃肠道细菌系统发育树Reference猜你喜欢写在后面新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究N...
2019-02-10 23:20:17
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原创 如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图
文章目录如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图写在前面美颜攻略扩展阅读Reference猜你喜欢写在后面如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图作者：赵维 中国科学院天津工业生物技术研究所审稿：刘永鑫 中国科学院遗传与发育生物学研究所写在前面关于LEfSe分析，相信大家早已耳熟能详。网上也有很多指导如何做LEfSe分析流程的文章。可是在实际应用中，仍然会遇到...
2019-02-09 19:01:00
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原创 过年了，少喝点酒，多喝点茶—绿茶不仅仅是你想的那么简单
文章目录过年了，少喝点酒，多喝点茶 | 绿茶不仅仅是你想的那么简单预防心血管疾病降低癌症风险保持口腔干净帮助你的大脑帮助减肥参考文献作者简介猜你喜欢写在后面过年了，少喝点酒，多喝点茶 | 绿茶不仅仅是你想的那么简单几个世纪以来，绿茶对健康的好处一直被反复提及。如今人们爱喝绿茶，一部分人是因为喜欢它的口感——虽然一杯苦涩的绿茶可能会让你一辈子都不想喝绿茶，但它的味道还是主要取决于它是如何制作的。...
2019-02-07 23:05:52
689
原创 DADA2中文教程v1.8
文章目录DADA2 R包中文使用指南写在前面开始之前准备数据获取定义原始文件路径序列文件质量检测反向序列的质量序列过滤和裁剪错误率去除重复序列基于错误模型进一步质控序列拼接生成ASV表去除嵌合体统计上述分析步骤序列物种注释相关文件保存DADA2准确性评估基于R语言DADA2的后续分析译者简介猜你喜欢写在后面DADA2 R包中文使用指南DADA2 Pipeline Tutorial本文翻译自D...
2019-02-07 22:24:24
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转载 NBT-2019-华大发布全球最大人体肠道细菌基因组集研究成果
本文转自“华大基因”正当全国各族人民和全球华人迎来己亥猪年新春之际，华大也用最新的科研成果献礼新年。2019年2月5日上午，华大团队在国际顶级学术期刊Nature旗下子刊Nature B...
2019-02-07 00:00:00
1316
原创 cap3拼接sanger序列：在线+本地分析方法实战
猜你喜欢10000+: 菌群分析宝宝与猫狗 提DNA发Nature 实验分析谁对结果影响大 Cell微生物专刊 肠道指挥大脑系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组 宏基因组专业技能：生信宝典 学术图表 高分文章 不可或缺的人一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树必备技能：提问 搜索 Endnote文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedica...
2019-02-04 08:59:28
8962
原创 免疫组库高通量分析工具：IGoR——更精确剖析免疫组库
文章目录免疫组库高通量分析工具：IGoR题记摘要背景结果重组方案的概率分配V(D)J重组的推断方案的退化/退步分析与其他方法比较体细胞超突变讨论方法IGoR方法概述胚系基因比对和方案枚举序列分析学习算法超突变间的关联性译者简介猜你喜欢写在后面免疫组库高通量分析工具：IGoRMarcou Q , Mora T , Walczak A M . High-throughput immune repe...
2019-02-04 08:35:11
6917
原创 测序发展史，150年的风雨历程 (第二版)
测序技术的发展带来了组学技术的应用和普及，而微生物组领域也是最大的受益者之一，今天为大家带来生信宝典创作的《测序发展史，150年的风雨历程 (第二版)》，带大家回顾一下本领域的前世今生。半年前发布第一版，这是第二版，更正了两个地方，1996年焦磷酸测序少了Mathias，2018年新增了华大最新发布的MGISEQ-T7和Illumina收购PacBio。龙生龙，凤生凤，老鼠的孩子会打洞，...
2019-02-03 16:01:09
3786
Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
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