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2019-08-31 10:25:27
2811
转载 藏在1.85亿人体内的隐形致癌病毒，有人确诊即是晚期
众所周知，肝癌俗称“癌中之王”，是最常见的恶性肿瘤之一。在我国，肝癌死亡人数占全世界肝癌死亡人数的45％。而一提到肝炎病毒，很多人都知道乙肝以及它的危害，然而对于另一种丙肝病毒，却鲜为人...
2019-08-31 00:00:00
319
原创 mSystems：干旱对土壤微生物组的影响
文章目录干旱对土壤微生物组的影响摘要重要性主要结果图1. 采样地图图2. 平均土壤相对湿度与alpha多样性图3. 未加权的UniFrac PCoA图表1. 最佳环境因子组合图4. 阿塔卡马微生物群落的网络拓扑图图5. 个体门的相对丰度与土壤平均相对湿度密切相关Reference猜你喜欢写在后面干旱对土壤微生物组的影响增加干旱对干旱土壤微生物组的显著影响Significant Impact...
2019-08-30 10:01:10
2321
原创 Linux Shell Tips小技巧
文章目录sed指定行删除文本替换文本小技巧查找N天内修改文件Shell写R语言makefile写shellbad interpreter错误替换换行符为空格压缩并打包目录重定向标准错误sed只替换一次查看服务器信息命令合集linux_info.shLinux Shell中内部变量bad substitution错误Ubuntu 16.04中文乱码命令行的数学运算-bash: cannot crea...
2019-08-30 10:00:24
436
转载 第52期《SCI论文插图排版与绘制》课程欢迎你！
全文概要：Adobe Illustrator是论文插图排版与绘制最常用的软件，既可以制作出符合任何杂志投稿要求的figure，也可以绘制出高分杂志上非常漂亮的示意图。但是自学软件操作往往...
2019-08-30 00:00:00
1159
原创 Microbiome：粪菌移植改善自闭症
文章目录粪菌移植改善自闭症热心肠日报摘要背景结果结论结果图1. 研究设计时间表图2. 18例ASD患儿的GI和ASD相关症状图3. 粪便微生物群随粪便微生物群移植而变化图4. 粪便病毒组改变与粪菌移植Reference猜你喜欢写在后面[外链图片转存失败(img-wXGZbMHj-1567041759810)(http://210.75.224.110/Note/LiuYongXin/170123...
2019-08-29 09:23:03
2824
转载 纳米孔测序揭示冻土冻融对土壤微生物群落变化的影响
抗生素耐药性是当今世界日趋严重的健康威胁，仅在美国每年就可导致2万人死亡。而鉴定特定的抗生素抗性微生物是迅速和恰当治疗的关键。就算是在缺乏暴露的情况下，环境中的细菌也能够扮演抗性基因储备...
2019-08-29 00:00:00
314
转载 Nature综述：进化病毒毒力的系统发育基因组学
小病毒，无所不在；病毒组，大有未来。进化病毒毒力的系统发育基因组学The phylogenomics of evolving virus virulence作者：Jemma L. Geo...
2019-08-28 00:00:00
1463
原创 QIIME 2用户文档. 4人体微生物组分析Moving Pictures(2019.7)
前情提要Nature Biotechnology：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Wo...
2019-08-27 00:03:59
2168
转载 Science背靠背: NLR受体介导植物抗病反应新机制
植物依靠免疫系统来发现潜在的病原体。植物通过NLR（nucleotide-binding/ leucine-rich repeat）免疫受体识别病原体，引起植物超敏反应（hypersen...
2019-08-26 00:00:00
1445
转载 Science Advances: 中科院微生物所叶健团队揭示双生病毒调控植物免疫平衡制约机制...
病毒，作为非细胞的生物形式，只能在活细胞内增殖，专性活细胞内寄生。我们居住的星球病毒数量惊人，大约有1031个，其基因头尾相连可长达2.5亿光年。现代微生物学的奠基人路易斯巴斯德用病毒（...
2019-08-26 00:00:00
652
转载 Plant Physiol. | 中科院遗传所储成才研究组发现水稻NLR类抗病基因突变导致的白叶枯病感病机制...
含有核苷酸结合结构域和富含亮氨酸重复序列的蛋白，即NLR（nucleotide-binding leucine-rich repeat）蛋白是动植物中广泛存在的一大类免疫受体蛋白。NLR...
2019-08-25 00:00:00
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转载 超级细菌战：一场人类无法打赢的战争
酷玩实验室作品首发于微信号 酷玩实验室微信ID：coollabs大家好，我是蛋蛋姐近日，世卫组织的一项研究表明两种抗艾滋病药物的耐药性正在迅速增长在调查的人群8%的男性携带的是耐药型病毒...
2019-08-24 00:00:00
899
原创 NBT封面：纳米孔基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染
文章目录Nanopore宏基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染热心肠日报主要结果新方法的开发表1：常规医学培养结果和使用本流程宏基因组输出结果比对宏基因组流程优化图1 宏基因组流程示意图确定检测极限模拟微生物群落检测优化检测流程表2： 在去除人类DNA模式和未去除人类DNA模式下，对含有革兰氏阳性或革兰氏阴性病原菌样品中的人类DNA和细菌DNA进行定量。抗生素抗性表3： 基于优化的流程在ARM...
2019-08-23 23:34:20
2399
原创 Cell子刊：人类微生物组参考基因集中的单体基因
文章目录人类肠道和口腔微生物组中遗传基因全貌热心肠日报摘要主要结果表1. 文章中名词定义图1. 综合分析口腔和肠道微生物组图2.口腔和肠道微生物组的遗传多样性图3. 口腔和肠道微生物组的已知和未知功能多样性图4. 单体和非单体在肠道和口腔生态位中富集的功能图5. 单体分类群作为亚群特异性稀有菌株图6. 估计人类微生物组的基因含量总结Reference猜你喜欢写在后面人类肠道和口腔微生物组中遗传...
2019-08-22 13:08:24
1188
转载 Nature综述|整合组学分析护航健康，推动精准医学时代的到来！
导读Konrad J. Karczewski, and Michael P. Snyder撰写的关于整合多组学在疾病研究中的应用一文《Integrative omics for hea...
2019-08-22 00:00:00
1723
转载 国自然基金标书构思及撰写经验分享会
参加会议免费赠送以下电子版材料：268份标书全文，600份标书摘要，100份标书文稿模板，技术路线图大全（并附技术路线图制作软件）及各种实验方法写作模板等近10G的国自然资料。报名方法见...
2019-08-21 00:00:00
884
转载 Science：又一明星菌群可以调控肠道免疫？
本文转载自“科研小榴莲”，已获授权今天在分享文章之前小榴莲先来首打油诗不吟诗作对根本无法安心读文献扎心不？心痛不？要是心痛的话咱就开始介绍文献了哈今天故事的主角是一类肠道菌群：Akker...
2019-08-21 00:00:00
756
转载 植保口的面上项目共153项，系统总结
2019年8月16日，国家自然科学基金公布资助项目如下：自然科学基金委决定资助面上项目18995项、重点项目743项、重点国际（地区）合作研究项目103项、青年科学基金项目17966项、...
2019-08-20 00:00:00
315
原创 QIIME 2用户文档. 3老司机上路指南(2019.7)
前情提要Nature Biotechnology：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Wo...
2019-08-18 00:00:00
1321
原创 2019微生物组—宏基因组分析技术研讨会第六期
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年11月1-3日，北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第六期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学习和...
2019-08-18 00:00:00
381
转载 关于通讯作者、第一作者的那点事，你想知道的全都在这里！
感谢您挑灯夜读，本文预计预览需9分钟第一作者和通讯作者之间一直是缠缠绵绵到天涯的关系，很多人对这两者并不陌生，但是在一些细节上的问题又感觉比较绕，小编今天特意收集了平时大家提到的关于两者...
2019-08-17 00:00:00
28534
转载 收藏|56张图片带您认识细菌长啥样？
本文转载自“研究细菌的石头”，有修改。小朋友问：细菌长啥样啊？杆状、球状、弧形、卷曲状、链球状的、梭状的、棒槌状、Y状的、鸡蛋状......在多样性极高的微生物面前，感觉语言实在有点...
2019-08-17 00:00:00
3408
原创 QIIME 2用户文档. 2插件工作流程概述(2019.7)
前情提要Nature Biotechnology：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台1简介和安装Introduction&InstallQIIME 2插件工作...
2019-08-16 00:00:00
814
原创 NBT：MaPS-seq测序方法揭示肠道微生物空间分布
文章目录肠道微生物生物地理学的空间宏基因组特征热心肠日报摘要主要结果图1 MaPS-seq测序和质量控制图2：小鼠末端结肠微生物群落分布的空间结构图3：微生物群落在小鼠肠道空间分布调查图4 饮食干扰下的结肠微生物群落空间结构方法材料和试剂微流设备制造设计和制作带有标签的磁珠样品固定和处理样品分割并按照尺寸选择序列过滤和16S分析基于的MaPS-seq测序方法的测试MaPS-seq测序数据分析16S...
2019-08-15 22:13:32
2022
原创 Microbiome：NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler
文章目录NG-meta-profiler：使用NGLess（一种领域专用语言）快速处理宏基因组Peer Bork的介绍和相关文章日报摘要背景结果结论主要结果图1. NG-meta-profiler工作流程表1. NG-meta-profiler内置的参考基因集表2. NGLess内置的功能模块图2. NGLess与其它工具用时比较表3. 模拟数据结果质量图3. 用NGLess语言编写的人类微生物组...
2019-08-15 00:24:01
845
转载 EI：生物膜反应器抗性组对替加环素浓度升高的动态响应
生物膜反应器抗性组对替加环素浓度升高的动态响应逐步提升的替加环素压力下好氧生物膜微生物群落耐药性发展特征Developmental dynamics of antibiotic resi...
2019-08-15 00:00:00
295
转载 华南农业大学在Annual Review of Microbiology发表三篇综述文章
华南农业大学群体微生物研究中心科研人员应国际权威微生物综述期刊Annual Review of Microbiology的邀请，分别于2019年6月21日和7月5日在线发表了三篇综述文章...
2019-08-14 00:00:00
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原创 Cell：新方法PopCOGenT鉴定微生物基因组间的基因流动
文章目录基于微生物种群生物学定义的逆向生态学方法日报摘要主要结果图1. 重组微生物基因组比非重组微生物基因组共享更长和更高频的一致性区域图2. 长度偏差测量最近的基因转移事件图3.最近基因流网络中的簇对应于先前鉴定的弧菌，硫化叶菌和原绿球藻的生态种群图4. 活泼瘤胃球菌种群中的精细种群结构是显而易见的图5. 最近经历过群体特异性选择性扫描的基因座具有较低的种群内多样性，在整个基因组中分布，并受限于...
2019-08-13 23:51:04
1730
原创 2019微生物组—16S扩增子分析专题研讨论会第六期
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年10月25-27日北京推出《16S扩增子分析》专题培训第六期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子分析实战学...
2019-08-13 00:00:00
647
转载 Cell | 小基因开启微生物组研究新领域——大规模鉴定微生物基因组编码的小蛋白质...
撰文 | 617责编 | 兮近年来，随着测序技术的发展，微生物组研究成为一个新热点。借助宏基因组测序技术，我们在人体的不同部位发现了多种多样的微生物，但是微生物究竟通过什么机制发挥作用...
2019-08-13 00:00:00
560
原创 Cell：20种宏基因组学物种分类工具大比拼
文章目录宏基因组学物种分类工具评测日报摘要主要结果图1. 从宏基因组样本到物种组成图2. 评估分类表现的重要指标表1. 分类器评估指标汇总图3. 评估AUPR得分图4. 评估L2距离图5. 种水平分类比例图6. 在ATCC均匀样本数据集中检测到的物种数量与最小丰度阈值的关系图7. 计算资源消耗评测Reference猜你喜欢写在后面宏基因组学物种分类工具评测Benchmarking Metag...
2019-08-11 21:04:58
5909
原创 QIIME 2用户文档. 1简介和安装(2019.7)
写在前面QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程，9年来引用量超1.6万次，2019年Nature杂志评为近70年来人体菌群研究的25个里程碑事件。为满足当前大数据、可重复分析的需求...
2019-08-11 00:00:00
1092
转载 这，是一篇有“味道”的科普…
来源：“科学大院”（ID：kexuedayuan）作者：谭璞俗话说人吃五谷杂粮，没有不生病的。有没有人不生病笔者不知道，但是有一点倒是可以保证，每天正常吃饭的人里没有不放屁，不拉屎的。...
2019-08-10 00:00:00
285
转载 gganimate绘制动图观察连续变化数据
gganimate|让你的图动起来！！！这是ggplot中十分可爱的一个扩增包，目的只有一个，就是让你的图动起来！就是酱紫！！gganimate扩展了ggplot2实现的图形语法，包...
2019-08-09 00:00:00
864
转载 6天成为Adobe Illustrator、Photoshop、统计作图的高手，轻松制作各种高分论文插图！...
全文概要：Adobe Illustrator、Photoshop、Excel、GraphPad Prism、Origin、SigmaPlot是论文作图最常用的软件，但是自学这些软件往往费...
2019-08-08 00:00:00
1261
原创 NBT：牛瘤胃微生物组的参考基因组集
文章目录牛瘤胃微生物组的参考基因组集热心肠日报摘要主要结果图1. 来自牛瘤胃4,941个末培养和Hungate系列基因组的进化树图2. 末培养基因组与Hungate和发表数据比较图3. Illumina和nonopare宏基因组装统计数据比较图4. 预测碳水化合物代谢蛋白与CAZy数据库的相似度图5. 蛋白质的分类学和功能分布方法宏基因组的组装和分箱宏基因组分类基因组质量和比较基因组绵羊甲烷数据分...
2019-08-07 15:39:15
3165
转载 NC：植物与根际微生物之间的通路被破解，通过合成生物学利用微生物固氮！...
2019年7月31日，Nature Communications杂志在线发表了来自英国牛津大学Philip S. Poole课题组题为“Engineering transkingdom...
2019-08-07 00:00:00
1211
转载 6天成为Adobe Illustrator、Photoshop、统计作图的高手，轻松制作各种高分论文插图！...
全文概要：Adobe Illustrator、Photoshop、Excel、GraphPad Prism、Origin、SigmaPlot是论文作图最常用的软件，但是自学这些软件往往费...
2019-08-05 00:00:00
560
原创 NBT：宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS
文章目录宏基因组二、三代测序混合组装软件OPERA-MS热心肠日报摘要主要结果图1. OPERA-MS工作流程图图2. 宏基因组数据混合组装基因组评测图3. 组装虚拟肠道微生物组图4. 移动元件和与人肠道微生物组中宿主物种的关联总结Reference相关阅读猜你喜欢写在后面宏基因组二、三代测序混合组装软件OPERA-MS混合组装宏基因组实现高精度分析人体微生物组中的抗性基因和移动元件Hyb...
2019-08-04 22:43:55
3149
Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
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