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RSS订阅转载 Science丨肠道菌群与生物钟
撰文丨我的闺蜜老红帽责编丨迦溆哺乳动物的新陈代谢对内在和外在的变化都十分敏感，而生物钟和菌群是其中两项极为重要的因素，前者控制了食物何时摄取，而后者影响食物的消化吸收。具体来说，肠道菌...
2019-09-30 00:00:00
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原创 2019最后一期—宏基因组分析技术研讨会
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年11月1-3日，北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第六期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学习和...
2019-09-30 00:00:00
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转载 被鱼刺扎一下就没了条手臂？这种“吃人肉”的细菌身边并不罕见
创伤弧菌，一种会“吃人肉”却鲜少人知的病原细菌。它嗜盐如命，既能栖息在海里，亦能潜伏在美味海鲜之中。诸如被鱼刺扎一下半条手臂就没了、小伙生吃海鲜死亡、海边游玩险些丧命等等骇人听闻的消息大...
2019-09-28 00:00:00
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转载 CNS级别的插图你也可以实现，只需2天
全文概要：Adobe Illustrator是论文插图排版与绘制最常用的软件，既可以制作出符合任何杂志投稿要求的figure，也可以绘制出高分杂志上非常漂亮的示意图。但是自学软件操作往往...
2019-09-27 00:00:00
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转载 华中农大津田賢一组招植物微生物组、生物信息方向博士后
华中农业大学高层次引进人才津田賢一（Kenichi Tsuda）教授团队招收多名生物信息学、分子生物学、植物生物学等博士后• PI简介 津田賢一（Kenichi Tsud...
2019-09-26 00:00:00
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原创 Prodigal：原核基因识别和翻译起始位点鉴定
文章目录Prodigal：原核基因识别和翻译起始位点鉴定热心肠日报摘要背景结果结论实现 Implementation图1. Prodigal算法的伪代码方式描述表1. Prodigal中的动态规划连接类型表2. Prodigal中的Shine-Dalgarno RBS基序图2. 动态规划连接模式图结果与讨论 Results and Discussion表3. 基因预测效果表4. 与Genbank注...
2019-09-25 16:41:49
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原创 Prokka：快速原核基因组、宏基因组基因注释
文章目录Prokka：快速原核基因组注释热心肠日报摘要1 简介2 描述2.1 输入2.2 注释表1 Prokka使用的功能预测工具2.3 输出表2. 输出结果介绍3 结果表3. 比较大肠杆菌的注释结果扩展阅读猜你喜欢写在后面Prokka：快速原核基因组注释Prokka: rapid prokaryotic genome annotationBioinformatics, [4.531]2...
2019-09-25 14:44:41
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原创 宏基因组分析技术研讨会-2019年最后一期
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年11月1-3日，北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第六期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学习和...
2019-09-25 00:00:00
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原创 MetaQuast：评估宏基因组拼接
文章目录MetaQuast：评估宏基因组拼接热心肠日报摘要1 背景2 材料和方法2.1 基于参考的评估2.2 从头评估2.3 根据读长比对细化装配错误2.3.1 SV检测2.3.2 组装错误分类2.4 可视化图1. 基于MetaHIT数据集的HTML格式报告部分截图结果Reference猜你喜欢写在后面MetaQuast：评估宏基因组拼接MetaQUAST: evaluation of me...
2019-09-24 19:33:55
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原创 NC：你觉得你吃的是草，其实你还是吃的土(遗传发育所朱峰)
文章目录食叶昆虫微生物群落来源于土壤而不是取食植物日报摘要前言 Introduction结果 result1 土壤、植物和昆虫肠道的微生物群落组成图1 毛虫，叶，根部和土壤中细菌和真菌的多样性和群落组成2 土壤、叶片和毛虫共享的微生物图2 毛虫肠道、土壤、植物共享的OTU3 不同植物类型对微生物群落的遗留影响图3 不同植物类型对微生物群落的遗留影响4 植物和毛虫生物量和土壤性质图4：毛虫表型、植物...
2019-09-24 08:59:20
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原创 NC：南农沈其荣、张瑞福团队揭示多样性激发的确定性细菌装配过程限制群落功能...
多样性激发的确定性细菌装配过程限制了群落功能https://doi.org/10.1038/s41467-019-11787-5翻译：马腾飞 南京农业大学责编：刘永鑫 中科院遗传发育所N...
2019-09-24 00:00:00
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转载 如何做好微生物组学&代谢组学联合分析研究？
微生物组学&代谢组学联合分析 近年来，随着微生物组学研究的不断发展和持续火热，越来越多的研究者跳出单一的微生物研究，开始将微生物组学和代谢组学联合起来，从物种、基因以及代...
2019-09-23 00:00:00
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转载 微生物培养的福音：一个直接用16S rDNA序列来预测其培养基配方的网站！！！...
本文转载自“微生物生态”，己获授权，本平台编辑对内容进行测试和更新。今天卢瑟菌给大家隆重推出一个超级好的网站，网站名字叫KOMODO(Known Media Database)，没错，网...
2019-09-22 00:00:00
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原创 NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库——处理未分类和并行分类(数据库文章阅读笔记Markdown模板)...
上方文章标题要求：包括杂志名缩写(一个词的杂志名不缩写，两个及上用实词首字母)和吸引人且有重要信息的语句，中间用中文冒号(：)分隔注：文中灰色部分（引用格式）为写作说明文字，帮助编辑规范...
2019-09-22 00:00:00
501
转载 肠菌亦“醉”人 | 中国团队登Cell子刊，发现60%的非酒精性脂肪肝与肠道菌有关，携带者体内酒精可达健康人4-6倍...
导读2019年9月19日《Cell Metabolism》上一则研究发现，在中国队列中，能产生大量酒精的Klebsiellapneumoniae菌与高达60%的非酒精性脂肪肝患者有关。...
2019-09-22 00:00:00
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原创 Nature综述：2万字带你系统入门鸟枪法宏基因组实验和分析
NBT：鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析Shotgun metagenomics, from sampling to analysisNature Biotechnology [IF:3...
2019-09-20 00:00:00
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原创 NC：多样性激发的确定性细菌装配过程限制了群落功能
文章目录多样性激发的确定性细菌装配过程限制了群落功能导读背景结果重新组装细菌群落的系统分类特征图1. 重组菌群的降维分析和香农多样性图2. 土壤类型间及土壤内部细菌群落的变化细菌群落的装配过程图3. 与稀释和pH值及细菌香农多样性有关βNTI值。重新装配细菌群落的潜在的功能图4. 不同的处理方法中功能基因的丰度和多样性各不相同讨论图5. 细菌群落装配过程的概念模型方法实验设计与微域培养DNA提取和...
2019-09-19 19:15:19
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转载 第54期《SCI论文插图排版与绘制》课程欢迎你！
全文概要：Adobe Illustrator是论文插图排版与绘制最常用的软件，既可以制作出符合任何杂志投稿要求的figure，也可以绘制出高分杂志上非常漂亮的示意图。但是自学软件操作往往...
2019-09-19 00:00:00
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转载 宏基因组分析软件专题（一）| 热心肠日报
今天是第1227期日报。Nature Biotechnology综述带你开展宏基因组实验和分析，在众多分析软件中选择不再困难。还有三代测序和宏表观组等前沿技术。基于鸟枪法宏基因组测序经历...
2019-09-19 00:00:00
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原创 Nautre综述：鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析(2)2万字带你系统入门宏基因组实验和分析...
宏基因组拼接Metagenome assembly已经公开了许多用于从序列读长库中重建微生物群落组成的方法。选择“最佳”是一项艰巨的任务，主要取决于研究的目的。宏基因组从头/无参（de ...
2019-09-18 00:00:00
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原创 Nature综述：鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析——2万字带你系统入门宏基因组实验和分析
文章目录NBT：鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析热心肠日报摘要正文图1. 宏基因组分析流程概述附图1. 用于规划宏基因组学研究的示例工作流程附框1. 实验设计中的问题和解决方案鸟枪法宏基因组学研究方案设计样本采集和DNA提取表1. 在测序之前富集微生物细胞和DNA方法的优点和局限性文库制备和测序宏基因组拼接表2. 基于已知成份的模拟群落评估宏基因组拼接表3. 不同环境宏基因组拼接的比较重叠群分箱图...
2019-09-17 18:37:56
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原创 Nautre综述：鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析(1)2万字带你系统入门宏基因组实验和分析...
NBT：鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析Shotgun metagenomics, from sampling to analysisNature Biotechnology [IF:3...
2019-09-17 00:00:00
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原创 三天实现独立分析宏基因组数据(有参、无参和分箱等)
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年11月1-3日，北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第六期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学习和...
2019-09-17 00:00:00
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转载 PNAS | 根际植保素合成调控细菌对植物的促生长作用
植物根际存在大量细菌和真菌，其组成很大程度上受土壤特性和植物基因型的控制，一般情况下这些根际微生物群落构成稳定【1,2】。目前认为植物与微生物的相互作用是通过根系分泌物进行的【3,4】。...
2019-09-16 00:00:00
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转载 一个细菌基因组完整分析脚本
本文转自“基因学苑”，已获授权分析流程图一、数据质控 利用fastqc软件对原始测序reads进行指控，生成网页帮统计报告，根据报告内容对数据机型过滤。mkdirresultfa...
2019-09-15 00:00:00
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转载 3000多种细菌大迁徙，就发生在你买菜接过钞票的一瞬间
十年前的一天，你去市场买菜，掏出一张崭新的百元大钞付款，等待找赎。店家刚切过猪肉，鲜血淋淋的手擦了擦挥刀后额头渗出热汗，然后从腰包里摸出一张张破旧的零钱递给你。你尊重劳动人民的辛劳，但是...
2019-09-15 00:00:00
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转载 易生信高级转录组分析和数据可视化第9期课程开课啦！！
常规转录组是我们最常接触到的一种高通量测序数据类型，其实验方法成熟，花费较低，以后应该就如做个PCR一样常见。而且分析思路简洁清晰，是入门生信，学习生信分析思路的首选。数据分析是相通的，...
2019-09-14 07:11:00
453
转载 有时候来不及去菜场，我就会给多头绒泡菌叫外卖，它真的很喜欢吃平菇 | 曳尾菌 一席第719位讲者...
曳尾菌，微观菌物爱好者。虽然它很聪明，但是我喜欢它是因为它漂亮。微观菌物大家好，我叫周晴烽，是一名微观菌物爱好者。我以前是拍鸟的，拍了很多种鸟。我发现鸟要拍好很难，需要很重的设备，我就...
2019-09-14 07:11:00
483
转载 《自然》的美术编辑每天都在做什么？| Nature 150周年
Nature150周年每天，《自然》都在关注科研人员以及最新的科学进展；每天，《自然》都致力于传递全球最重要的科研发现和新闻；这是《自然》150年来的坚持，也是背后内容团队150年来的坚...
2019-09-13 00:00:00
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转载 单细胞转录组单飞第二期开课啦！！
单细胞转录组之前是跟常规转录组一起开课的，但后来因为涉及内容多，也需要更专业的讲解，8月份第一次单飞独自开课，邀请中科院单细胞分析算法开发博士倾力授课，一鸣惊人，取得了很好的效果。现于2...
2019-09-12 00:00:00
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原创 SCLS封面：水稻微生物组时间序列分析(作者解读)
2018年6月《中国科学生命科学》封面文章：水稻全生育期微生物组的动态变化规律研究。关键字：水稻、根系微生物组、时间序列、机器学习。文章简介人类体内和植物根系都存在着数量庞大种类繁多的微...
2019-09-11 11:00:00
1227
原创 NBT封面：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用(作者解读)
https://www.nature.com/nbt/volumes/37/issues/6Nature Biotechnology杂志2019年6月5日(37卷第6期)，中科院遗传发...
2019-09-11 11:00:00
3389
原创 Cell：肠道菌群促进帕金森发生ParkinsonDisease
文章目录肠道微生物群调节帕金森病模型中的运动性缺陷和神经炎症日报亮点摘要图形摘要结果图1. 肠道微生物促进运动和胃肠功能障碍图2. 在携带肠道微生物的小鼠中αSyn病理状态严重图3. 微生物群激活αSyn依赖性小胶质细胞图4. 产后微生物信号促进运动和胃肠功能障碍图5. SCFAs促进αSyn刺激的小胶质细胞激活和运动功能障碍图6. 移植到无菌小鼠后PD患者样品的微生物组失衡猜你喜欢写在后面肠...
2019-09-10 23:03:52
2039
转载 中国首次纳米孔测序大会：不可错过的教学专场和技术诊断
纳米孔测序是由英国牛津Oxford Nanopore研发的最新一代高通量单分子测序技术，支持无扩增直接分析DNA/RNA，生成超长读长，实时测序能够即时实施数据分析。随着纳米孔技术在芯...
2019-09-10 00:00:00
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转载 人类是怎么从猩猩身上惹来艾滋病的？人与兽的关系很单纯！
艾滋病可以说是最让人闻之色变的疾病了。其病毒能够攻陷人类的免疫系统，让人在各种小病前都无力抵抗。不过，艾滋病病毒并非凭空产生，而是源于非洲灵长类身上的病毒。那么，第一位被感染人类，究竟经...
2019-09-08 00:00:00
1771
转载 如何读懂和利用你的微生物多样性测序结果？
再次友情转发：来自杭州谷禾健康的微生物测序和技术科普。工欲善其事，必先利其器；器欲尽其能，必先得其法。另外可以安利一下他们的肠道菌群检测产品做过16s测序的小伙伴们都知道测完之后会拿到一...
2019-09-06 00:00:00
23453
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转载 遗传：微生物组数据分析方法与应用
本文版权归《遗传》杂志，已获授权，转载请联系杂志社微生物组数据分析方法与应用刘永鑫1,2，秦媛1,2,3，郭晓璇1,2，白洋1,2,31. 中国科学院遗传与发育生物学研究所，植物基因组学...
2019-09-05 00:00:00
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原创 MEGAHIT：多快好省的宏基因组装工具
文章目录MEGAHIT：通过简洁的de Bruijn图为超大型复杂宏基因组拼接的超快速单节点解决方案热心肠日报摘要主要结果图1. MEGAHIT工作流程表1. MEGAHIT和SPAdes在大肠杆菌数据集上的表现表2. MEGAHIT与Howe et al.和Minia组装结果比较表3. MEGAHIT与Howe et al.和Minia组装结果比对评估完整性4. 结论扩展阅读猜你喜欢写在后面...
2019-09-04 16:54:58
3818
原创 Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件
文章目录Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类热心肠日报摘要主要结果图1. Kraken序列分类算法图2. 基于三个模拟宏基因组的分类程序准确性和速度比较图3. 基于三个模拟宏基因组数据对Kraken变体的分类精度和速度比较图4. 由Kraken分类的唾液微生物组读数的分类学分布。图5. Kraken的数据库结构猜你喜欢写在后面Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类K...
2019-09-04 16:50:07
7384
原创 Nature Methods：宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2
文章目录宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2导读主要结果图1：MetaPhlAn2可以准确地重建鸟枪法宏基因组的分类组成Reference扩展阅读猜你喜欢写在后面宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2MetaPhlAn2 for enhanced metagenomic taxonomic profilingNature Methods [IF:28.467]2015-09...
2019-09-04 11:25:07
3150
Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
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