2025年03月_刘永鑫Adam

转载 iMeta | 肖维华/蒋超/陈实富-评述肠道微生物群与癌症：从分子机制到精准医学应用

这些途径与糖原合酶激酶-3β（GSK-3β）的调节相互关联，并与更广泛的信号网络互作，其中核因子κB（NF-κB）可通过髓样分化因子88（MyD88）依赖途径等多种途径被激活。微生物代谢物（如DCA）水平升高，以及氧化应激标志物8-羟基-2'-脱氧鸟苷（8-OHdG）、丙二醛（MDA）和抗氧化指标（如超氧化物歧化酶和谷胱甘肽）等，正逐渐成为结直肠癌筛查和病情监测的有前景的生物标志物。此外，微生物群调节的胆汁酸结合，尤其是结合胆汁酸，会影响癌症干细胞的行为并重塑免疫微环境，促进癌症进展和免疫逃逸。

2025-03-31 22:22:26 423

转载 iMeta 近2年植物类文章合集 (25.03更新)

2022年2月正式创刊！本文综述了使用益生菌发酵中草药的优点、发酵技术、益生菌菌株，并展望了中草药发酵的未来发展。本文收集了模式植物拟南芥中所有已报道的激素相关基因，绘制了激素基因相互作用网络图，建立了PHGD平台网站（http://phgd.bio2db.com/），包括主页、浏览、搜索、资源、下载、工具、帮助和联系8个模块。植物定殖降低了土壤pH，增加了有机碳含量，从而增加了细菌多样性，改变了细菌和真菌群落结构，增强了环境过滤作用，驱动了细菌和真菌群落的协同变化，并提高了微生物网络的抗扰动能力。

2025-03-31 22:22:26 104

转载 iMeta | 被引超7600次，发文271篇，平均引用28.07，百引耗时3天(2025/3/28)

根据 Dimensions 网站统计，截止2025年3月28日，iMeta 己发表论文271篇，被引7607，平均引用28.07，百引耗时3天。引超4200次，百引耗时14天；● iMeta | 被引超2100次，发文151篇，平均引用13.96，百引耗时16天(2024/1/23)● iMeta | 被引超2500次，发文164篇，平均引用15.29，百引耗时12天(2024/3/11)● iMeta | 被引超2800次，发文179篇，平均引用15.88，百引耗时16天(2024/4/17)

2025-03-29 10:28:12 116

转载喜讯 | iMeta主编傅静远教授入选荷兰皇家科学与人文学院院士

研究项目涉及大数据群体水平研究、跟踪分析近17万个体30年，分析遗传、饮食、环境、肠道菌群及社会经济因素对疾病和性状的影响，并结合诱导干细胞基础的。傅静远自2020年以来多年获得高引科学家称号，并获2019年荷兰盖伦奖提名，2022年获中国肠道年度科学家奖，2023年获荷兰Ammodo 科学奖，中科院分区生物学1区Top，位列全球SCI期刊前千分之五(107/21848)，微生物学科2/161，仅低于Nature Reviews，学科研究类期刊全球第一，中国大陆11/514！荷兰皇家科学与人文学院院士。

2025-03-28 16:32:52 147

转载第二届全国土壤环境生物安全与健康研讨会(25.4.18天津)

农业环境科学学报》、《农业资源与环境学报》、《Advanced Science》、《Global Change Biology》、《iMeta》、《mLife》、《Modern Agriculture》、农业资源与生态环境类期刊协作网、农业环境科学、环境生物安全及宏基因组等微信公众号提供技术支持与媒体服务。注：在上述时间段，会务组将在出站口（T2到达口）设置接站点，到达的参会代表，请联系对应的接站工作人员，工作人员将在出站口举有明显标志的欢迎牌，引导乘车。1600元，研究生1200元。

2025-03-27 07:03:36 163

转载会议通知｜中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会2025年全国学术研讨会暨第四届湘雅生物信息前沿论坛第三轮通知

（按姓氏拼音顺序）：白静、毕夏安、蔡禄、曹志伟、陈伟、崔庆华、代琦、高歌、弓孟春、郭锋彪、何顺民、胡广、黄德双、黄晶、姜伟、金焰、李春权、李国亮、李晋、李婧、李奇渊、李霞、李永生、廖奇、刘丙强、刘珂、罗洁、骆观正、吕晖、欧竑宇、尚德思、舒坤贤、宋晓峰、苏建忠、王栋、王光中、王理、王炜、王秀杰、王勇、魏冬青、肖传乐、肖云、谢鹭、徐娟、薛宇、杨力、杨雪瑞、张红雨、张家军、张强峰、张世华、张岩、张云鹏、张泽民、张治华、章成君、章张、赵方庆、周丰丰、朱山风、左永春。含10分钟报告、产品展台、产品宣传彩页投放；

2025-03-27 07:03:36 134

转载 Nature | 宏基因组“暗物质”酶破解纤维素转化难题，生物能源迎来新希望

表达该金属酶的里氏木霉工程菌株的分泌组在工业相关条件下，促进了经预处理的木质纤维素生物质中葡萄糖的释放，证明了其生物技术潜力。其次，共底物需氧或外源过氧化氢，厌氧条件下补充过氧化氢时显示过氧化物酶活性，其产物生成速率与有氧条件相近（0.053 ±0.050 min⁻¹），这表明原位产生的过氧化氢不是CelOCE酶催化的限速因素。CelOCE在三种不同状态下的晶体结构解析，表明CelOCE采用紧凑的果冻卷折叠，包括两个反平行的β-片，形成背对背的同型二聚体，活性位点位于亚基两侧，呈口袋状拓扑（图2a）。

2025-03-26 07:02:02 265

转载 iMeta | 被引超7500次，发文270篇，平均引用28.06，百引耗时4天(2025/3/25)

根据 Dimensions 网站统计，截止2025年3月25日，iMeta 己发表论文270篇，被引7577，平均引用28.06，百引耗时4天。引超4200次，百引耗时14天；● iMeta | 被引超2100次，发文151篇，平均引用13.96，百引耗时16天(2024/1/23)● iMeta | 被引超2500次，发文164篇，平均引用15.29，百引耗时12天(2024/3/11)● iMeta | 被引超2800次，发文179篇，平均引用15.88，百引耗时16天(2024/4/17)

2025-03-26 07:02:02 156

转载 iMeta 近2年生态环境类文章合集 (25.03更新)

目的是发表所有领域高影响力的研究、方法和综述，重点关注微生物组、生物信息、大数据和多组学等前沿交叉学科。本研究结合宏基因组学、16S rRNA基因扩增子分析、宏转录组学、qRT-PCR和可培养菌株的微生物学和遗传学实验，以玻璃颗粒表面的生物被膜为参考，解析了不同尺寸（3 mm和0.3 mm）的微塑料表面生物被膜群落的结构组成和功能特性。本文探讨了不同环境中研究“塑料际”的试验设计和表征方法、评估了“塑料际”的群落组成、多样性和潜在生态机制、对该领域存在的问题和挑战以及未来的研究重点进行了讨论。

2025-03-24 21:47:40 200

转载 Microbiome：种子微生物群通过抑制病原菌和降解纤维素促进蒙古黄芪种子萌发

GE4d：第 4 天发芽的种子内膜，UE4d：第 4 天的未发芽种子内膜，GE10d：第 10 天发芽的种子内膜，UE10d：未发芽第 10 天未发芽的种子内膜，GS4d：第 4 天发芽的种子精皮层，US4d：第 4 天未发芽的种子精球，GS10d：第 10 天已发芽的种子精球，US10d：第 10 天未发芽的种子精球：第 10 天未发芽的种子精球。通过接种实验验证了与抑制病原体和降解纤维素相关的细菌能够促进种子萌发和活力，其中芽孢杆菌属的菌株显著提高了蒙古黄芪种子的萌发率和植物生长。

2025-03-23 07:02:12 264

转载 GPB | 基因组所唐中林团队开发猪多组学整合数据库

目前，PIGOME数据库包含来自392个项目的6901个猪的样本，涉及113个品种、71个组织和29个发育阶段的7种不同类型的组学数据，同时整合了大量注释信息和分析工具。整合的基因组、转录组和表观基因组数据为发现猪重要经济性状和人类相关疾病相关的靶基因和位点提供了一种快捷有效的方法。猪不仅是我国居民最主要的动物蛋白来源，也是人类发育和疾病的重要模型。近二十年来，随着高通量测序技术的快速发展，产生了海量的多组学数据，这些数据来源于猪的不同品种、发育阶段和组织，有助于猪的进化、复杂性状形成和疾病等研究。

2025-03-23 07:02:12 201

转载 Cell子刊 | 叶面微生物群调控玉米生长：揭示个体叶片遗传网络与细菌协同作用的新机制

他们注意到，São Domingos和Sutton-Bonington的叶子长得差不多，细菌种类也有更多重合（图S3G），而且叶子细菌的组合跟叶子长度明显挂钩（图S3H），根上的细菌却没这本事。结果让人眼前一亮：在São Domingos的贫瘠土壤里，玉米叶子的总长度居然跟Sutton-Bonington的“富家子弟”差不多（图1C），而Tarrafal的玉米却像营养不良的小孩，矮了一大截（图1B）。这压制在年轻叶子（Leaf 3）最猛，越老的叶子越弱（图5L），说明细菌跟叶子的年龄“搭档”得天衣无缝。

2025-03-22 16:50:13 213

转载 iMeta | 被引超7400次，发文266篇，平均引用28.10，百引耗时10天(2025/3/21)

根据 Dimensions 网站统计，截止2025年3月21日，iMeta 己发表论文266篇，被引7475，平均引用28.10，百引耗时10天。引超4200次，百引耗时14天；● iMeta | 被引超1400次，发文122篇，平均引用11.55，百引耗时18天(2023/10/5)● iMeta | 被引超2100次，发文151篇，平均引用13.96，百引耗时16天(2024/1/23)● iMeta | 被引超2800次，发文179篇，平均引用15.88，百引耗时16天(2024/4/17)

2025-03-22 16:50:13 134

转载 iMeta近两年热点论文5篇, 高被引14篇(25.3更新)

目的是发表所有领域高影响力的研究、方法和综述，重点关注微生物组、生物信息、大数据和多组学等前沿交叉学科。2024年6月获得首个影响因子23.8，位列全球SCI期刊前千分之五(107/21848)，微生物学科2/161，仅低于Nature Reviews，学科研究类期刊全球第一，中国大陆11/514！” 子刊，主编由中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究员和香港中文大学于君教授担任，是定位IF>10的高水平综合期刊，欢迎投稿！安医大徐建光/张亨国组-口腔微生物工程化在心血管疾病治疗中的应用与前景。

2025-03-21 16:47:19 121

转载 Cell | 王二涛团队应邀撰写微生物组助力绿色农业的综述展望

然而，现代作物育种过程中往往忽视了植物与微生物共同进化形成的遗传性状，导致驯化作物与微生物的互惠关系减少，从而削弱了植物。为此，文章提出通过调控植物微生物组，特别是根际微生物组，不仅可以提高作物的环境适应性以增加产量，还能减少环境污染，并增加土壤碳固存以缓解气候变化。将微生物介导的生态功能视为新型植物性状，并将其整合到共生基因组育种体系中，有望为应对粮食危机、环境污染和气候变化等全球性挑战提供植物解决方案。微生物互作过程的影响，文章提出农业精准微生物组工程策略，通过揭示特定环境下的植物。

2025-03-21 16:47:19 242

转载中科院分区表2025 | iMeta入选生物学一区Top期刊

目标是发表前10%(IF > 20)的高影响力论文。2024年6月获得首个影响因子23.8，位列全球SCI期刊前千分之五(107/21848)，微生物学科2/161，仅低于Nature Reviews，学科研究类期刊全球第一，中国大陆11/514！

2025-03-20 19:24:30 402

转载 Cell Host & Microbe | 促进植物内共生，为未来作物自给生产做准备

cngc15 自激活突变体（以橙色突出显示）绕过调控机制，导致持续的低频振荡并增强类黄酮的分泌，即便在高营养条件下，也能维持共生微生物的吸引和微生物招募。鉴于钙在调控菌根共生中的作用，对农作物 Ca²⁺ 振荡通路的改造可能提供一种创新策略，以增强农业中的微生物互作，减少对合成肥料的依赖，并降低环境污染。在 cngc15 突变体中，酚丙烷代谢途径的持续激活可能不仅能增强共生关系以优化氮（N）和磷（P）的吸收，还可能影响更广泛的养分获取过程，包括微量元素（如铁）的动员。平台致力于分享植物微生物组最新进展！

2025-03-19 11:19:56 147

转载 Nat. Rev. Microbio：肠道里的攻防战-微生物群与病原体的较量

微生物群刺激宿主上皮细胞产生抗菌肽（如 RegIIIβ、RegIIIγ）和蛋白质（如 Lipocalin 2、calprotectin），这些物质可直接抑制病原体，还能调节肠道微生物群的组成和丰度，进而影响定植抗性。肠道微生物群相对稳定，被认为是达到平衡的顶极群落，多数营养物质被微生物利用，使病原体可获取的营养减少，从而限制其生长。微生物群诱导产生的细胞因子（如 IL - 22、IL - 1β 等）可通过多种机制发挥对病原体的抵抗作用，但不同细胞因子对不同病原体的作用存在差异。

2025-03-19 11:19:56 159

转载两大盛会，双重收获！重量级嘉宾带你探索微世界

微生物在地球元素循环中居核心地位，以其多样的代谢活动主导碳、氮、硫、磷等元素循环，维系生态系统平衡。、10X等二代测序、三代测序和质谱检测平台，自主创新的百灵实验室全自动生产线、BMKCloud多组学大数据智能交付平台及亚细胞级S系列空间组学产品，为全球科研单位、育种机构、医药公司等提供高品质基因多组学服务和产品。“微生物在碳、氮、硫等元素循环中的核心作用与前沿研究”主题学术沙龙，旨在汇聚行业精英，共同探讨微生物在元素循环中的最新研究成果与未来发展趋势，为微生物科学的持续进步贡献智慧与力量。

2025-03-18 07:03:06 134

原创 MPB | 西湖大学鞠峰组微生物群落胞内胞外吸附胞外游离水环境DNA的分离提取

由于胞外DNA (特别是胞外游离DNA) 在环境水样中含量较低，在DNA分离提取过程中可能会存在的微量微生物污染会对实验结果产生影响，所以建议在DNA分离提取过程中设置空白对照以检测是否存在污染问题。由于胞外DNA的含量较低，使用该方法提取的过程中经常不能直接观察到DNA沉淀的存在，需要明确离心沉淀后沉淀附着的位置，通过反复提取熟练提取流程，优化提取操作，前几次的提取失败是较为正常的结果。赵泽, 鞠峰. (2020). 微生物群落胞内/胞外吸附/胞外游离水环境DNA的分离提取. // 微生物组实验手册.

2025-03-18 07:03:06 845

转载 iMeta | 2025年2月数据分析报告：全文下载量超95万

2024年6月获得首个影响因子23.8，位列全球SCI期刊前千分之五(107/21848)，微生物学科2/161，仅低于Nature Reviews，学科研究类期刊全球第一，中国大陆11/514！iMeta发行以来，206个国家或地区共下载了相关文章，其中中国（包括香港、台湾和澳门）下载量达50万次，位居第一；与Medicine学科恒定的下载量相比，iMeta期刊从2023年3月开始连续25个月单月下载量均突破2万次，下载量较Medicine有明显攀升趋势。2024年发表文章下载量前三名中，沈伟的。

2025-03-18 07:03:06 114

转载 2024年实时影响因子: 全球微生物和生物技术期刊(25.3.16更新)

2024年6月获得首个影响因子23.8，位列全球SCI期刊前千分之五(107/21848)，微生物学科2/161，仅低于Nature Reviews，学科研究类期刊全球第一，中国大陆11/514！Nature Reviews Drug Discovery (104.5)、Nature Reviews Microbiology (103.6)、Nature Biotechnology (42)、iMeta (34.4)、Lancet Microbe (21.3)和。2024年实时影响因子平均IF增长了。

2025-03-17 07:02:32 372

原创 MPB | 河湖着生硅藻样品采集、永久玻片制作及鉴定

本实验以固定面积法采集河湖自然底质表面的着生硅藻样品，通过强酸溶解有机质的方法，去除有机杂物及硅藻细胞内含物，只留下硅藻细胞壁，并利用树胶制作成永久玻片，在显微镜下鉴定、计数，得到硅藻种类及密度数据，用于下游群落分析。将步骤10中的样品摇匀后，使用100 μl移液器迅速吸取中间层溶液40 μl，垂直滴在盖玻片正中间，样品自动均匀扩散至整个盖玻片表面，待乙醇完全挥发干燥，或放置中加热板上加热干燥；待所有样品上清均为透明，且pH值为7后，加入95%乙醇溶液，定容至步骤2中的原始样品体积；

2025-03-17 07:02:32 692

原创 MPB | 浙大王佳堃组瘤胃微生物移植(视频)

羔羊采用鼻饲管，将鼻饲管从口腔插入时，羔羊会自动吞咽鼻饲管，帮助插管插入瘤胃，鼻饲管插入30。是将符合要求的供体瘤胃微生物移植到受体动物的瘤胃中，从而重塑瘤胃菌群结构，提高反刍动物生产性能或治疗动物疾病。培养后，选择合适的稀释浓度 (培养皿上菌落数为30~200个)，计算活菌数。使用真空冷冻干燥机将硬化后的菌体冻干，混合所有批次的瘤胃微生物冻干粉备用。缓冲液，以提取冻干粉中残留的挥发性脂肪酸，使用气相色谱测定挥发性脂肪酸的浓度。瘤胃液的采集、瘤胃微生物冻干粉的制备，以及受体动物瘤胃微生物移植的。

2025-03-16 07:01:57 955

转载 2024年实时影响因子: 中国期刊(25.3.15更新)

2024年6月获得首个影响因子23.8，位列全球SCI期刊前千分之五(107/21848)，微生物学科2/161，仅低于Nature Reviews，学科研究类期刊全球第一，中国大陆11/514！” 子刊，主编由中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究员和香港中文大学于君教授担任，是定位IF>10的高水平综合期刊，欢迎投稿！期刊以及中国主办或中国人主编的高影响力期刊进行了2024年影响因子计算。55.6，将创造历史，成为中国乃至亚洲首本破50的期刊，同时有望超越CNS的影响因子。有117本增长，44本下降。

2025-03-16 07:01:57 365

转载 Nature Metabolism | 西湖大学陶亮/郑钜圣发现细菌特有氨基酸代谢物可预防肥胖

由于免疫和代谢涉及了复杂的网络调控，为了寻找4HPAA影响肠道的早期信号和调控通路，尤其是参与该过程的免疫细胞种类，研究者转而关注小分子饲喂小鼠后更早的时间点。相对而言，缺失了成熟T和B细胞的小鼠对4HPAA饲喂的敏感性与野生型小鼠几乎相同（图6）。西湖大学微生物宿主交互实验室（实验室主页：https://tao.lab.westlake.edu.cn/）致力于研究微生物和宿主之间的相互作用方式和内在规律，尤其是从分子、生化、细胞、遗传、病理、代谢等多角度研究细菌及其各类因子对宿主的影响及作用机制。

2025-03-16 07:01:57 678

转载 iMeta | 香港中文大学于君组-环境抗生素耐药基因与结直肠癌

点击蓝字关注我们与健康人相比，结直肠癌患者有更多环境来源的抗生素耐药基因iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文:iMeta (IF 23.8)●原文链接:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/imt2.70008●DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.70008● 2025年3月5日，香港中文大学于君教授和香港大学张彤教授等在iMeta在线发表了题为“Transmission

2025-03-15 07:05:04 89

转载 iMeta实时CiteScore突破23 (2025/3/13)

目的是发表所有领域高影响力的研究、方法和综述，重点关注微生物组、生物信息、大数据和多组学等前沿交叉学科。2024年6月获得首个影响因子23.8，位列全球SCI期刊前千分之五(107/21848)，微生物学科2/161，仅低于Nature Reviews，学科研究类期刊全球第一，中国大陆11/514！” 子刊，主编由中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究员和香港中文大学于君教授担任，是定位IF>10的高水平综合期刊，欢迎投稿！iMeta | 唐海宝/张兴坦-用于比较基因组学分析的多功能分析套件JCVI。

2025-03-15 07:05:04 37

转载 Nature | 基因组所贾耿介团队联合中国科大、新加坡中央医院团队开发出预测肝癌术后复发风险的高精度AI诊断工具

研究团队针对SPON2指标的生物学意义开展了进步研究，通过3D打印实验、杀伤实验等，发现SPON2促进NK细胞的运动和向肿瘤细胞的定向运动，SPON2阳性NK细胞表现出更强的细胞毒性，并显著增加细胞毒性T淋巴细胞的活化。复发组织的代表性多色免疫组化图像，显示核染色（DAPI，蓝色）和生物标志物：CD57（红色），SPON2（绿色），HLA-DR（青色），ZFP36L2（黄色），ZFP36（橙色）和VIM（洋红色）。），上传患者肝癌组织的标准病理染色图像或数据，即可获得带有TIMES评分和复发风险的报告。

2025-03-15 07:05:04 33

转载 SCLS | 王二涛团队撰写根际代谢物介导植物-微生物互作机制综述

植物与微生物互作过程中，发生着复杂而精妙的化学交流。综述系统总结了植物根系分泌物和微生物代谢物的分类、组成及其影响因素，强调构建并完善植物和微生物代谢物数据库可为全方位洞悉植物-微生物互作机制提供基础。最后，综述展望了耦合多组学技术与人工智能方法（如机器学习）的应用前景，以深入解析微生物间及植物-微生物间的代谢信号网络和关键调控基因。该论文系统梳理了近年来植物根系分泌物和微生物代谢物在植物-微生物互作及其生态功能中的研究进展，并展望了未来如何更好地指导农业微生物组设计，实现农业精准微生物组的应用。

2025-03-14 07:04:10 160

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)

空空如也