rdkit
文章平均质量分 80
wufeil
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
Schrodinger 分子形状筛选工具Shape Screen 使用方法
schrodinger的shape screen方法是一种基于ligand的筛选方法。需要提供一个参考分子,和需要筛选的分子库。shape screen可以根据原子类型、药效团对分子的形状相似度进行打分。原创 2023-11-19 11:38:14 · 300 阅读 · 0 评论 -
基于片段的分子生成网络 (FLAG)使用方法及案例测评
作者提出了一个基于片段的分子生成网络,FLAG (Fragment based LigAnd Generation framework)。在FLAG中,从数据集中提取共同的分子片段,构建了motif的词汇库。在每个生成步骤中,首先采用 3D 图神经网络对中间上下文信息(口袋)进行编码。然后,FLAG模型选择中心motif,预测下一个motif类型,并连接motif。原创 2023-10-12 23:09:32 · 639 阅读 · 12 评论 -
一起学 RDKit Cookbook (1)
这部分内容来自于RDKIT的简单教程:https://www.rdkit.org/docs/Cookbook.html RDKIT算是化学生物的神器了,以前每一次都是即时查接口,现在按照这个简易教程走一遍,增加感觉。 最好的办法就是全程过一遍。当然啦,在这些过程中,也有我自己对RDKit的一些理解吧。如果有不对的地方,请多多指正!一、画分子Chem.MolFromSmiles()输入的字符串是SMILES(用于表示分子的一种方法),得到的是mol对象;mol对象是rdkit的特殊的对象,专门用于保存原创 2021-05-07 00:39:58 · 2508 阅读 · 0 评论