一起学 RDKit Cookbook (1)

这部分内容来自于RDKIT的简单教程：https://www.rdkit.org/docs/Cookbook.html RDKIT算是化学生物的神器了，以前每一次都是即时查接口，现在按照这个简易教程走一遍，增加感觉。 最好的办法就是全程过一遍。

当然啦，在这些过程中，也有我自己对RDKit的一些理解吧。如果有不对的地方，请多多指正！

一、画分子

Chem.MolFromSmiles()输入的字符串是SMILES（用于表示分子的一种方法），得到的是ｍｏｌ对象；

ｍｏｌ对象是ｒｄｋｉｔ的特殊的对象，专门用于保存化学分子的；

mol.GetAtoms()则是将分子中每一个原子提取出来，都保存成ａｔｏｍ对象，于是mol.GetAtoms()返回的是分子中所有原子atom对象组成的列表；

atom.SetAtomMapNum(），则是atom对象的方法，用于标记原子；

atom.GetIdx()：用于获取其在分子中的编号。ｒｄｋｉｔ中，会自动按照一定的规则给原子进行标号。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem import Draw

IPythonConsole.ipython_useSVG=False #如果想展示PNG请设置为FALSE

#将分子中的原子都标记上原子编号
def mol_with_atom_index(mol):
    for atom in mol.GetAtoms():
        atom.SetAtomMapNum(atom.GetIdx())
    return mol

#这个分子是一个Kｉｎａｓｅ的抑制剂
mol = Chem.MolFromSmiles("C1CC2=C3C(=CC=C2)C(=CN3C1)[C@H]4[C@@H](C(=O)NC4=O)C5=CNC6=CC=CC=C65")
mol

这样一个分子的结构式就画出来了。还是很简单的。

标记原子编号：

mol2 = mol_with_atom_index(mol)
mol2

可以看到，分子中原子的标号被直接标记在了结构式上了。

再次查看ｍｏｌ，发现ｍｏｌ，也被改编了。

mol

所以rdkit中的对象，有点像ｌｉｓｔ，指向同一个内存地址，不需要返回赋值的

为了显示原子在分子中的编号，也可以直接在ｉｐｙｔｈｏｎｃｏｎｓｏｌｅ中直接设置：

mol = Chem.MolFromSmiles("C1CC2=C3C(=CC=C2)C(=CN3C1)[C@H]4[C@@H](C(=O)NC4=O)C5=CNC6=CC=CC=C65")
IPythonConsole.drawOptions.addAtomIndices = True
IPythonConsole.molSize = 300,300
mol

显示结果上，有所差异，　如下图。

二、进行简单的计算

from rdkit.Chem import Draw, AllChem
IPythonConsole.molSize=300, 300
IPythonConsole.drawOptions.addAtomIndices = False #由于上文中设置了True，会直接显示原子编号，所以这里要显示False

计算各原子的Gasteiger Charges。（关于什么是Gasteiger Charges， 请自行百度或google哈，我也不是很明白）

m = Chem.MolFromSmiles('c1ncncc1C(=O)[O-]')
AllChem.ComputeGasteigerCharges(m)
m

AllChem.ComputeGasteigerCharges(m)已经将m中每个原子的Gasteiger Charges已经计算出来了，
并保存在每一个原子的_GasteigerCharge中;

然后对原子逐个使用atom.SetProp，添加原子的性质，同步可以实现直接显示。

for atom in m.GetAtoms():
    value = '%.2f'%(atom.GetDoubleProp('_GasteigerCharge'))
    atom.SetProp('atomNote',value) #设置原子的属性，设置完以后，会在mol中直接显示
    #这里要注意，不能直接使用atom.SetAtomMapNum(value),因为matom.SetAtomMapNum()用于添加原子编号，只能添加整数
m

设置完原子的属性后，可以直接调用的，例如：

for atom in m.GetAtoms():
    print(atom.GetProp('atomNote'))