Gromacs 2021.5安装教程

最新推荐文章于 2024-08-17 00:00:00 发布

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分类专栏：药物设计 rdkit 图神经网络文章标签： bash linux 开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/wufeil7/article/details/123475770

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该博客详细介绍了如何在Linux环境下安装GROMACS 2021.5版本，包括下载、解压、配置CUDA和GCC路径、执行cmake和make命令，以及安装和激活步骤。特别提示，GCC版本需低于10.0，CUDA推荐使用非11.0版本以避免报错。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

安装的版本是：2021.5
安装教程可以参考：https://manual.gromacs.org/documentation/2020/install-guide/index.html#quick-and-dirty-installation
在这里插入图片描述

下载：

wget --no-check-certificate https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2021.5.tar.gz

解压并进入目录：

tar xfz gromacs-2021.5.tar.gz
cd gromacs-2021.5/

创建build目录，并进入：

mkdir build
cd build

查找cuda的目录：

/usr/local/cuda-11.0

查找gcc路径：

/usr/local/bin/gcc

运行cmake命令：DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR参数填写cuda路径

sudo cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=GPU -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-11.0 -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/gcc

注意：gcc版本不能大于10.0，同时cuda版本不建议是用11.0，使用11.3之类的，否则各种报错。

执行检查：

make
make check

安装：

sudo make install

激活：

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

输入：gxm，可以出现如下内容表示安装成功：
在这里插入图片描述
可以将gromacs添加到环境中，否则每一次打开新的terminal都需要：

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC