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扩散模型
文章平均质量分 96
wufeil
这个作者很懒,什么都没留下…
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分子属性梯度引导的3D分子生成扩散模型 TAGMOL - 评测
TAGMoL 是一个基于分子属性条件引导扩散的3D分子生成模型,适合在给定靶标蛋白质的情况下,可以生成一系列满足目标特性(分子属性,binding affinity)的候选分子。。原创 2024-08-25 13:21:20 · 173 阅读 · 0 评论 -
3D分子生成的定制扩散框架 MolDiff - 评测
作者提出了对原子和分子键同时进行概率采样的扩散模型MolDiff。MolDiff基于SE3等变神经网络,同时进行原子和化学键的消息传递。原创 2024-05-12 16:47:20 · 1459 阅读 · 3 评论 -
PMDM-针对特定口袋的分子扩散生成模型 评测
PMDM 模型是腾讯AI Lab近期发表在Nature Communication上的分子生成文章。PMDM通过二元等变扩散网络,利用全局和局部分子动力学信息,将目标口袋的 3D 结构感知为条件信息,并结合分子和蛋白质之间的相互作用,学习分子概率。PMDM可以生成结构有效且构效合理的,契合口袋的3D分子。本文以自己的3WZE体系为例子,使用作者开源的代码和checkpoint,对PMDM莫进行测评原创 2024-04-13 21:04:14 · 1617 阅读 · 6 评论 -
应用于蛋白-小分子动态对接的等变几何扩散模型-DynamicBind 评测
DynamicBind是上海交通大学郑双佳研究员和星药科技Lu wei等人于2024年2月5日发表在nature communication上的工作,题目为:DynamicBind: predicting ligand-specific protein-ligand complex structure with a deep equivariant generative model。本文对Dynamicbind进行了评测,分析了ABL1的底物位点和变构位点的对接结果,以及隐蔽口袋的案例TEM1。原创 2024-02-20 21:28:14 · 1662 阅读 · 2 评论 -
基于片段的3D分子生成扩散模型 - AutoFragDiff 评测
本文是AutoFragDiff模型的测评文章。传统的,基于口袋的3D分子生成网络的常用方法是自回归模式,模型放置原子和原子键是迭代的,逐个进行。但是这种方式会导致误差的积累,同时生成速度较慢,生成苯环分子也需要6个步骤。而使用基于分子片段的自回归方法可以避免这个问题。作者使用使用几何矢量感知器和自回归扩散模型 Autoregressive Diffusion Models (ARDMs),以自回归的模式,分子骨架和蛋白质口袋为条件下,逐个预测新分子片段的原子类型和空间坐标。原创 2024-02-10 08:57:05 · 1532 阅读 · 0 评论 -
知识引导的分子生成扩散模型 - KGDiff 评测
KGDiff模型是一个基于口袋的知识引导的3D分子生成的扩散模型。基于口袋的分子生成模型之前有介绍过targetdiff,FLAG等。其中,KGDiff与TargetDiff类似,KGDiff模型也是一个扩散模型,应针对的是口袋条件下的3D分子生成。KGDiff的创新点在于:KGDiff模型利用领域知识,例如,vina score,指引分子生成过程中的去噪过程,可生成高结合力的分子。此外,KGDiff还是一个原子层级可解释性的模型,在生成分子时,同时给出生成分子预测score,原子层面的score。原创 2024-01-11 21:06:13 · 1720 阅读 · 0 评论