安装Seurat内置数据集ifnb.SeuratData的方法（Linux上安装）

最新推荐文章于 2024-08-19 09:59:14 发布

生信~鱼

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文章标签： r语言开发语言 linux

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1.我们先通过devtools安装SeuratData包。

install.packages('devtools') 
library(devtools)
devtools::install_github('satijalab/seurat-data')
library(SeuratData)

2.通过InstallData安装ifnb数据集

InstallData("ifnb")
# 载入数据集
library(ifnb.SeuratData)
LoadData("ifnb")

3.如果上诉方法报错如下的话

> InstallData('ifnb')
trying URL 'http://seurat.nygenome.org/src/contrib/ifnb.SeuratData_3.1.0.tar.gz'
Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  cannot open URL 'http://seurat.nygenome.org/src/contrib/ifnb.SeuratData_3.1.0.tar.gz'
In addition: Warning message:
In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  cannot open URL 'https://seurat.nygenome.org/src/contrib/ifnb.SeuratData_3.1.0.tar.gz': HTTP status was '404 Not Found'