批量下载NCBI各种数据的方法集合

最新推荐文章于 2024-03-01 20:25:24 发布
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分类专栏： Linux学习笔记
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biosample_metadata:从NCBI中的生物样品中提取元数据
04-09
biosample_metadata 该工具支持将BioSample元数据提取到用户友好表中。 假设您将提供有效的BioSamples列表并写出表格。 如果提供了现有表，它将用于使用提供或添加的样本集合中存在的其他列来更新该表。 用法 biosample2table [ --in sample_list.txt] [--sample sampleid sampleid2 ...] --out result_table.tsv [--update] 争论 描述 -o /-出 将表写出到该文件（如果该文件已存在），将其解析并重用现有数据，然后添加到该文件中。 将使用文件扩展名（.tab / .tsv或.csv）确定输出格式（如果扩展名不匹配，则默认为制表符分隔的格式）。 如果省略--out ，将写入STDOUT（但是当然将无法使用以前缓存的结果） - 更新 使用现有表获取样本ID，还可
从NCBI批量下载数据
qq_50637636的博客
03-13 2757
NCBI下载文献中提到的数据时，都会遇到数据较多，下载较慢的问题，本文提供了一个shell脚本可以批量化下载数据，提高工作效率。比如说，有一个Project号为PRJNA229998，GEO号为GSE52778的项目（转录组数据既有Project号也有GEO号，两者对应的同一个项目），该项目测了哮喘病人服用两种药后气道平滑肌的转录组，网址为，我想要下载服用Alb这种药和对照组为服药的转录组数据，大体分为三步走，一是拿到SRA号，二是筛选想要的SRA号，三是下载。
如何从NCBI上的Gene数据库批量下载基因序列数据
最新发布
qq_65680034的博客
03-01 1963
昨天先尝试了python脚本，为了保险起见，先编写了下载一个基因的压缩包数据，后续批量下载只需改一下ID的提供。但是比较有趣的是与官网直接手动下载相比，我编的程序下载的数据刚刚好缺了我最想要的gene.fna数据，也就是做了大半天无用功，真是drama哈哈哈。实现，但是通过Gene和Nucleotide数据库进行检索得到的结果不同，即Gene数据库检索结果不能直接得到fasta序列，它需要手动点击Download Datasets键获得基因数据压缩包，里面包含基因的fasta序列gene.fna文件。
NCBI数据下载的几种方法
ma1239631998的博客
01-09 1万+
批量下载Genbank中的数据
Genome Downloader:根据搜索词从 NCBI 下载基因组数据。-开源
06-29
GenomeDownloader 是一个命令行 Perl 程序，用于从 NCBI 下载基因组数据（使用 wget）。 最近（2017-10）已完全重写，以与 NCBI 的“新”数据组织结构一起使用。 也可以选择组装完成水平（即 Contig、Scaffold、Chromosome 或 Complete Genome）作为下载数据的标准。 基因组数据可以从属于某个分类群（例如哺乳动物或 40674）的所有生物体中下载，并且下载可以限于某些类型的文件（例如，faa 或 faa、gbff 等）。 搜索词也可用于进一步限制结果。 该程序在 Linux 上运行，但也可以在 Mac OS 上运行（可能需要做一些修改，并且满足相关性）。
ncbi-genome-download批量下载基因组数据
hgz2020的博客
10-11 4421
ncbi-genome-download
怎么批量从NCBI上下载基因序列
热门推荐
欢迎来到小迪的CSDN博客！
05-05 5万+
下载序列简单不过，无非就是联网NCBI主页，选择数据库后输入AC号或GI号后直接下载。但是如何大批量下载，而且下载的序列是指定的AC或GI的呢？实现这一目的通常办法是借助一些生物软件的检索功能，诸如：Bioedit、Geneious、MacVector等。其实，NCBI自带的Batch Entrez 只需简单三步即可轻松完成这一任务。【准备工作】 创建一个需要下载序列AC号的列表文件，每行一个独立
批量下载sra文件linux,NCBI下载SRA数据的4种方法
weixin_34757654的博客
04-29 5604
作为生命科学的从事者，不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search database，一个综合性的生命科学资源网站)。那么作为一个生命科学中的一员，如果你们没用过NCBI网站，这就好像是在说“知网是啥”。希望提到这个网站的事情，你的表情不会是下面这个样子，哈哈哈。。。不管你是否了解NCBI网站，这都...
shell脚本 | 批量从GenBank/RefSeq下载NCBI基因组
学生信的大叔的博客
10-09 389
今天有客户联系要通过GenBank的accession number批量下载基因组，结果回复客户可以批量下载后，客户就没再回复过。。。这个功能之前就想写，只是觉得用的可能不是很多，就没写。既然今天遇到了，恰巧最近着重学shell脚本，就把这个功能封了个shell脚本。用到的shell知识点都还算基础，也是必学的，下面介绍了脚本的特点和功能，感兴趣脚本写法的也可以购买来看看。
如何用Linux从NCBI批量下载数据
sunwanying123的博客
07-02 7157
https://hk.saowen.com/a/83427d3adb55f026875b2643c9398d2afceaa7d6e0f66901a0c18b52313643de
biopython批量下载数据
12-22
利用文本文件中的序列ID从NCBI批量下载fasta或Gb格式的基因序列
从NCBI refseq 中下载特定物种的蛋白质数据
09-24
文章《从NCBI refseq 中下载特定物种的蛋白质数据》对应的文件和代码，经供参考。
windows 下载配置SRA数据简单使用教程
02-28
windows 环境下载配置NCBI SRA数据简单使用教程
NCBI检索方法.pptx
04-17
NCBI检索方法
批量下载GEO数据（样本/系列）：该文件根据url列表从NCBI GEO批量下载文件。-matlab开发
06-01
-------------------------------------------------- ------------------------ 此文件根据 url 列表从 NCBI GEO 批量下载文件-------------------------------------------------- ------------------------ 输入...
RNA-seq流程学习笔记（16）-Linux系统下完整流程代码
垚垚爸的博客
07-07 3852
1.关于准备工作 2. 3.FastQC流程代码 4.Hisat2流程代码 #! /bin/bash #上面一行宣告这个script的语法使用bash语法，当程序被执行时，能够载入bash的相关环境配置文件。 # Program: # This program is used for aligning of RNA-seq data. #History: # 2020/06/19 zexing First release #对变量${i}利用 for $
RNA-seq流程学习笔记（6）使用md5sum检验下载数据的完整性
垚垚爸的博客
06-01 3737
Usage: md5sum [OPTION]... [FILE]... Print or check MD5 (128-bit) checksums. With no FILE, or when FILE is -, read standard input. -b, --binary read in binary mode -c, --check read MD5 sums from the FILEs and check them --tag
ncbi批量下载srr数据
11-10
NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个向公众提供生物技术信息的数据库和资源的机构。在NCBI的Sequence Read Archive（SRA）中，我们可以访问并获取到大量的高通量测序数据，其中包括SRR数据。 要批量下载SRR数据，我们可以按照以下步骤进行操作： 1. 首先，我们需要在NCBI的网站上进入SRA数据库页面。这可以通过在浏览器中输入"SRA NCBI"来搜索并进入。 2. 在SRA数据库页面，我们可以使用不同的搜索选项来找到我们想要下载的SRR数据。我们可以根据物种、实验类型、测序平台等进行筛选。 3. 选择我们想要的SRR数据后，我们需要将这些数据添加到一个“购物车”或“文件篮子”中。这个功能可以帮助我们批量下载数据。 4. 在我们选择了所有需要下载的SRR数据后，我们可以点击购物车或文件篮子页面上的下载按钮。这个按钮通常带有一个下载箭头的图标。 5. 点击下载按钮后，系统将开始生成一个下载链接或下载文件。这个过程可能需要一些时间，具体取决于我们要下载的数据量大小。 6. 一旦下载链接或文件生成完成，我们可以点击链接或下载文件来获取我们的SRR数据。这些数据将以压缩文件的形式提供，通常是以".tar"或".gz"的文件格式。 7. 最后，我们可以根据需要解压缩下载的文件，并使用适当的工具和方法来处理这些SRR数据。 总结起来，要批量下载NCBI的SRR数据，我们需要进入SRA数据库页面，搜索并选择我们需要的数据，将其添加到“购物车”或“文件篮子”，然后点击下载按钮来获取数据。下载后的数据将以压缩文件的形式提供，我们需要解压缩并使用适当的工具来处理这些数据。

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