RNA_seq生物分析学习--RNA-seq介绍

第一课 课程介绍

• RNAseq捕获了细胞某一状态下所有的转录信息
• DNA是静态信息、RNA是动态信息，是某一时刻DNA表达谱的快照
  课程大纲
• RNAseq的应用
  

第二课 RNAseq技术

• 转录组概念
  
• 中心法则（高通量测序验证了中心法则是正确的）
  
• mRNA是编码RNA、其余RNA称为非编码RNA。（非编码RNA由基因组上非基因区转录出来）人类基因组上只有10%是基因区，而编码区只有1%-2%。
• 各类RNA功能
  
• 各类RNA在转录中的含量。上半部分是原核生物、下半部分是真核生物（每次转录的比例也不尽相同）。
  
• RNAseq分类（这里的外显子测序是指什么，是mRNA测序吗？不是）
• 外显子测序是基于基因组，就是 固定不变的信息，而RNA-seq是 基于动态的信息，是变化的信息。
• 也就是说，外显子测序还是在基因组上测序，只是测已知外显子区域
• RNA-seq是对转录后的mRNA测序，可能只是已知外显子区域的一部分。

靶向测序，主要是对一些选定的基因进行测序。通常是对已知致病基因或感兴趣的基因进行测序，在临床中，主要应用于辅助疾病的诊断和治疗
全外显子测序，是对基因组的所有外显子进行测序（通常是编码基因的外显子）。对于人来说，外显子序列大概占到人类基因组序列的2%左右。主要应用于鉴定单核苷酸变异或少量碱基的插入或缺失等。
参考链接：https://blog.csdn.net/aipufu/article/details/100859981

• RNA与DNA测序之间的差异（注意的是，只有RNA水平才能观察到可变剪接、基因融合、RNA编辑等，这个是否对于剪接位点的背景意义具有一定参考）
  

第三课 RNAseq发展历史

RNAseq主要获得基因的表达水平

• 分子杂交 RT-PCR（需要预先知道序列信息才能采用该方法）
  
• EST表达序列标签（只能得到部分转录本信息，而得不到全部的转录本信息）
  
• 基因表达的连续分析技术SAGE
  
  
• 芯片技术Microarray（只能检测已知的序列,且不容易定量）
  

参考理解链接
https://zhuanlan.zhihu.com/p/120870653

• 数字基因表达谱DGE（只能适用于真核生物 ）
  

参考理解链接:
http://www.genoseq.cn/index.php?m=Page&a=index&id=77

• 上述技术的缺陷
  
• 几种基因表达定量技术的比较
  
• RNAseq技术优势
  

第四课 关于基因的概念

• 狭义上说，基因通常指基因组上完成特定功能的一个区域

• 编码区一定是一段ORF，但ORF不一定是编码区
• ORF（为什么每条链中都存在三个呢）
  
• 可以认为,ATG是起始密码子,TAG是终止密码子;
• 1表示从第一个碱基开始,2表示从第二个碱基开始…
  
• 真核生物基因结构,可以看到增强子,内含子
  
• 原核生物中的一个CDS只能编码为一种蛋白质,而真核生物中国的一个CDS可以通过可变剪接编码为多种蛋白质.
• mRNA(还包括5和3的非编码区域)
  
• 真核生物会在转录过程中给mRNA的3`端加上poly-A尾巴
• 这里存在一个问题,mRNA都存在一个poly-A尾巴,这个尾巴具有什么作用,它对于测序或者转录本有什么影响.

polyA尾巴功能 参考链接
http://www.baiven.com/q/16/34445.html

• 由于可变剪接,一个基因对应多个转录本,这些转录本具有部分相同的区域,每个转录本成为一个isoform,即一个亚型.
• mRNA加工成熟,即去掉原本的5’和3’的UTR区域,切掉内含子;然后进行可变剪接,加上5’端帽子结构和3`端polyA尾巴.