Rstudio安装edgeR 进行差异分析

本文记录了在Rstudio中安装edgeR包所遇到的问题及解决过程,包括更新R和Rstudio版本,解决依赖问题,以及通过Bioconductor手动下载安装的方法。最终成功安装并获取了相关包的文档位置。
摘要由CSDN通过智能技术生成

捣鼓了一天,终于把edgeR包装下了,有够气人的,需要记录一下。

1.更新rstudio版本到最新(有必要的时候先更新r再更新rstudio),我目前更新到的版本是R4.2.2,CSDN有很多更新途径,自取即可。

2.当第一次按照往常一样安装edgeR包的时候,就出现下面的问题:

一开始我以为是lib没指定的问题,接着又特意制定了安装路径:

还是不行啊,达咩!

然后我就看第一句rtools是不是没有安装,然后我就跑去下载(460mb,家里网不太好,劝退了,让她慢慢下)。然后又跑去官网The Comprehensive R Archive Network找北大镜像,谁知道北大镜像没   有!这个edgeR包!我懵了啊

3.看到一种方法是把这个package先下载到文件夹,之后再在r上把路径连接过来就行。

最终还是在知乎上找到方法

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下面是一个简单的 RStudio 数据可视化分析案例: 1. 准备数据 首先,需要准备一个数据集来进行可视化分析。这里我们使用内置的 R 语言数据集 mtcars 作为示例数据集。 2. 导入数据 使用以下命令将数据集导入 RStudio: ``` data(mtcars) ``` 3. 数据可视化 接下来,我们可以使用 ggplot2 进行可视化分析。首先,需要安装 ggplot2 : ``` install.packages("ggplot2") ``` 然后,加载 ggplot2 : ``` library(ggplot2) ``` 使用以下命令绘制一张散点图: ``` ggplot(mtcars, aes(x=wt, y=mpg)) + geom_point() ``` 这个命令指定了数据集(mtcars)、要用于 x 轴的列(wt)、要用于 y 轴的列(mpg)以及绘制散点图的 geom_point 函数。 4. 更改图形外观 可以使用不同的函数来更改图形的外观。例如,使用以下命令更改点的颜色和大小: ``` ggplot(mtcars, aes(x=wt, y=mpg)) + geom_point(color="blue", size=3) ``` 这个命令将点的颜色更改为蓝色,大小更改为 3。 5. 添加标签和标题 可以使用以下命令添加 x 轴和 y 轴的标签以及图形的标题: ``` ggplot(mtcars, aes(x=wt, y=mpg)) + geom_point(color="blue", size=3) + xlab("Weight") + ylab("Miles per gallon") + ggtitle("Fuel efficiency vs. weight") ``` 这个命令将 x 轴的标签更改为“Weight”,y 轴的标签更改为“Miles per gallon”,图形的标题更改为“Fuel efficiency vs. weight”。 这就是一个简单的 RStudio 数据可视化分析案例。通过使用 ggplot2 ,可以轻松地创建各种类型的图形和可视化效果。
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