Rstudio安装edgeR 进行差异分析

最新推荐文章于 2025-04-17 11:20:14 发布

weixin_44708861

最新推荐文章于 2025-04-17 11:20:14 发布

阅读量6.6k

点赞数 6

文章标签： r语言开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_44708861/article/details/127955894

版权

本文记录了在Rstudio中安装edgeR包所遇到的问题及解决过程，包括更新R和Rstudio版本，解决依赖问题，以及通过Bioconductor手动下载安装的方法。最终成功安装并获取了相关包的文档位置。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

捣鼓了一天，终于把edgeR包装下了，有够气人的，需要记录一下。

1.更新rstudio版本到最新（有必要的时候先更新r再更新rstudio），我目前更新到的版本是R4.2.2，CSDN有很多更新途径，自取即可。

2.当第一次按照往常一样安装edgeR包的时候，就出现下面的问题：

一开始我以为是lib没指定的问题，接着又特意制定了安装路径：

还是不行啊，达咩！

然后我就看第一句rtools是不是没有安装，然后我就跑去下载（460mb，家里网不太好，劝退了，让她慢慢下）。然后又跑去官网The Comprehensive R Archive Network找北大镜像，谁知道北大镜像没有！这个edgeR包！我懵了啊

3.看到一种方法是把这个package先下载到文件夹，之后再在r上把路径连接过来就行。

最终还是在知乎上找到方法

最低0.47元/天解锁文章

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

weixin_44708861

关注关注

6
点赞
踩
7

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
分享

复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫
举报

举报

解决R 4.0版本包的安装错误

jyayaya的博客

07-05

8852

R 4.0.2版本edgeR包的安装 2020年6月22日，R官网发布了版本4.0.2的R软件，具体更新了什么内容，待后续挖掘。作为一名流行病与卫生统计学硕士、刚入门的R小白，比较关注的是应用问题。这不，在安装包的时候就遇到了好多问题。在此记录下我学习、使用R的艰辛之路。之前就听前辈说，不要去贸然更新R软件，一开始用的是R 3.5.3，但后浪就是不听话呀！断断续续学习，断断续续放弃，屡战屡败，重头再来，一下子把R和RStudio最新版本的都用上了。 R版本 4.0.2 RStudio版本 1.3.9

R语言：TCGA数据分析一

求知：数据科学家之路

08-13

9547

引言我最近在做TCGA数据分析，在处理中遇到的问题及其收获。主要包括： case ID 大小写处理数据的匹配涉及到的函数有：小写 tolower 大写 toupper 单一的局部匹配 grep 多个全局匹配 match 保留固定长度的字符 substr 大小写处理在RANseqGene中case ID 为大写的，而Clincial中为小写的。需要对case ID 做转换。方案一：大写变小写to

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

Gfold 和Edger 做组内无重复的差异分析，选择哪一个比较好

最新发布

青苔先生的博客

04-17

293

在常规使用中存在明显局限性。在组内无重复的差异分析中，通常是更合适的选择，而。

差异分析(R包——DESEQ2&EDGER)

m0_73145613的博客

07-02

2164

R语言差异分析——DESEQ2&EDGER

Linux中安装R及相关的R包（DESeq或edgR）

qq_52171415的博客

09-10

4742

r 语言edgr_edgeR 包的使用

weixin_39986435的博客

02-11

4293

edgeR包是进行RNA-seq数据分析非常常用的一个R包。该包需要输入每个基因关于每个样本的reads数的数据，每行对应一个基因，每一列对应一个样本。建议使用htseq-count进行统计，输出文件即可直接使用。如果需要算RPKM，需要自己统计基因长度信息。第一步：构建 DGEList类变量edgeR的大多数操作都是对 DGEList类型变量进行，所以第一步必须构建该类型变量，使用函数：DGEL...

MAC电脑安装edgeR包求助

joker0130的博客

07-21

1264

生物信息学 R包安装求助

我需要用edgeR进行差异分析，我用的是RStudio，原始数据第一行是样本名，第一列是基因名，第2-5列是对照组，第6-13列是实验组

11-17

在RStudio中使用edgeR进行差异表达分析，首先你需要准备符合edgeR输入格式的数据集。边缘R（edgeR）是一个专为RNA-seq等高通量测序数据分析设计的R包，用于转录本水平的差异表达分析。对于你描述的数据结构，应该...

RStudio数据分析及简单做图

Code_mouer的博客

04-07

2124

R语言是一种用于统计计算与绘图的编程语言，它免费、开源，被广泛应用于统计分析、数据挖掘等领域。是应用于统计计算和统计制图的优秀工具。完整代码放在最后。

一行命令完成RNAseq差异分析+画图

简simplify的博客

08-04

9354

今天来给大家分享的是：怎么一行命令完成RNAseq数据差异分析+火山图+散点图。一、准备3个文件： 1、基因表达count文件：gene_count.txt 格式如下：（行是基因、列是样本） 2、基因表达FPKM文件：gene_exp.txt 3、样本分组文件：group.txt（第一列是样本、第二列是分组名）二、运行代码 1、确保已经安装了R或RStudio，如果没有安装R包edgeR和ggplot2，可以先安装一下。这里使用edgeR包的exactTest函数进行RNAseq的差异分析

RStudio数据分析实战指南

本章节将带领读者完成RStudio的基本安装与配置，为后续的深入学习打下坚实的基础。 ## R语言与RStudio简介 R语言是一个用于统计分析、图形表示和报告的编程语言和软件环境。与其它统计软件相比，R的优势在于其

Linux下安装R-4后安装Bioconductor的edgeR包

biowt的博客

08-08

7025

安装R-4下BiocManager (3.11)的edgeR包实质是：edgeR属于Bioconductor的包，要先安装这个，然后再在Bioconductor下安装edgeR。由于R升级到4，因此，Bioconductor也变成了BiocManager。步骤需要预先安装R-4.0以上（目前是R-4.0.2）进入R环境： R 输入：> if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE)) # TRUE or FALSE 均可。 ins

【转录组差异分析工具】RStudio中安装DESeq2、dplyr、limma和edgeR的代码

2405_86499374的博客

09-21

2048

快速在RStudio中安装DESeq2、dplyr、limma和edgeR

R包的安装

aiyan2164的博客

10-28

233

安装的R版本为R.3.0.0;安装BioConductor：> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")> biocLite()安装edgeR：> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")> biocLite("edgeR") 转载于:https://ww...

安装edgeR包，报错：不存在叫‘locfit’这个名字的程辑包

squite_的博客

11-15

2923

安装edgeR包，报错：不存在叫‘locfit’这个名字的程辑包

edger多组差异性分析_R语言利用edgeR package进行基因差异表达分析举例

weixin_28883589的博客

01-12

3232

R语言利用edgeR package进行基因差异表达分析举例实验数据：同一组织，分为两组，control vs treat，每组7例sample。数据第一列为基因名，后14列为对应的count。##bioconductor和edgeR包的安装source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)biocLite(“edgeR”)library(“limma”)l...

[转]edgeR的安装和后续使用

aiyan2164的博客

10-28

5927

edgeR的使用发表于2013 年 12 月 15 日1. edgeR简介与安装edgeR，Empirical analsis of digital gene expression data in R. Differential expression analysis of RNA-seq and digital gene expression profiles with biologi...

DEseq2和edgeR的安装问题记录

qq_28723681的博客

05-03

8015

这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入欢迎使用Markdown编辑器你好！这是你第一次使用 Markdown编辑器所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Mar

【R语言】4种R包安装方式