【生物医药领域专题--Rosetta 蛋白抗体设计】

天然蛋白质具有临界稳定性的特征，然而临界稳定性使得蛋白质遭受胁迫压力后极易发生错误折叠并失去功能。体内蛋白质在错误折叠后产生的聚集沉淀被认为是多种疾病发生发展的原因。因此，优化蛋白质的稳定性是科学研究与工程应用领域亟待解决的关键问题。Rosetta 是一种生物物理建模工具，根据蛋白质的氨基酸序列有效预测蛋白质的结构，在此基础上可以从头设计各种类型的全新蛋白质。基于 Rosetta 系列算法的蛋白设计在过去十年中在创新蛋白药物、抗体、疫苗、新型合成生物学元件及纳米药物等生物大分子研究领域中被广泛使用。

一. 从蛋白质折叠到蛋白质设计

教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。

主要知识点

1 蛋白质折叠与结构预测简介

1.1 主链二面角与二级结构

1.2 侧链堆积与三级结构

2蛋白质设计简介

2.1 蛋白质设计的分类及应用

二. Rosetta基础

三. 蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础

教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能

够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。错误!

主要知识点

3 POSE/MOVER/SCOREFUNCTION

4 LINUX 入门命令

4.1 用户属组及权限 目录文件属性

4.2 LINUX基础命令 环境变量

4.3 shell常用命令练习

4.4 conda介绍

四． 结构扰动与结构优化

五．序列设计

PackRotamer和FastDesign

教学目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）

和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。

主要知识点

5 MINMOVER, MC MOVER, FASTRELAX MOVER

5.1 Movemap

6 RosettaScript组成和要素

6.1 Filter ResidueSelector TaskOperation

6.2 DSSP/Disulfidize Mover

六. 蛋白-蛋白对接基础

教学目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。

主要知识点

7 TRANSLAT和ROTATION MOVER

7.1 Low resolution的全局搜索

7.2 High resolution的精细调整

7.3 FoldTree

七. 抗体设计 教学目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD 常用命令

主要知识点

8 抗体结构文件的处理

8.1 PyIgClassify

8.2 抗体抗原对接模型

8.3 CDR区优化

8.4 Framework区优化

案例实践：

 SSD和MSD设计任务

八. CartisenDDG 突变扫描

九. RosettaScript应用

教学目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习

主要知识点

9 序列与结构设计

9.1 Input和Output flags控制输入输出

9.2 CleanAtom结构预处理

9.3 ROSETTACLASH.LOG

和 RosettaCommons

9.4 ResFile等辅助文件

9.5 小改中改与大改

9.6 练习答疑

案例实践：

 FastDesign设计任务

以上内容以 Rosetta 软件为基础，以实例讲授和练习为主。依次讲授 Rosetta 软件基础、蛋白质结构 viewer、结构扰动与结构优化、蛋白质复合物预测、抗体抗原模型处理与对接、SSD 和 MSD 设计、CartisenDDG 突变扫描、RosettaScript 开发流程、序列与结构设计、从头蛋白质设计等的操作等多个内容