16S测序和宏基因组测序区别
测序原理不同
16SrDNA基因存在于所有细菌的基因组中,具有高度的保守性。该序列包含9个高变区和10个保守区,通过对某一段高变区序列(V4区或V3-V4区)进行PCR扩增后进行测序,得到1500bp左右的序列。宏基因测序测试将微生物基因组DNA随机打断成500bp的小片段,然后再片的两端加入通用引物进行PCR扩增测序,再通过组装的方式,将小片段拼接成较长的序列。
研究目的不同
16S测序主要研究群落的物种组成、物种间的进化关系以及群落的多样性。宏基因组测序在16S测序的基础上还可以进行基因和功能层面的深入研究(GO、Pathway等)。
物种鉴定的深度不同
16S测序得到的序列很多注释不到种水平,而宏基因组测序能鉴定到种水平甚至菌株水平。对16S测序而言,任何一个高变区或者多个高变区,尽管具有很高的特性性,但是某些物种(尤其是分类水平低的种水平)在这些高变区可能非常相近,能够区分它们的特性行片段可能不在扩增区域内。红基因测序通过对微生物基因组随即打断,并通过组装将小片段拼接成较长的序列。因此,在雾中鉴定过程中,宏基因组测序具有较高的优势。
一般而言,在微生态研究中,可以结合宏基因组测序和16S测序两种测序手段,可以更高效、更准确地研究微生物群落组成结构、多样性以及功能情况。