BioSQL----搭建分子生物学数据库

最近在做一个网站，网站必不可少的当然是数据库。现在可能生物领域的数据库还比较少。。。所以我在CSDN找了很多的资料结果还是不尽如人意。于是乎，我就想到了python里极为强大的一个分子生物学库：biopython。嘿，真别说，官方中文文档里还真出现了这么一个东西----BioSQL。

因为BioSQL是需要基于其他数据库来运行，这里我们以MySQL为例

首先，传统艺能，打开终端，输入以下命令行创建数据库：

mysqladmin -u root -p create 数据库名称

然后，我们可以告诉MySQL加载上面下载的BioSQL，从解压缩的BioSQL下载更改到脚本子目录：

mysql -u root -p bioseqdb < 数据库名称-mysql.sql

接下来，到Tests/setup_BioSQL.py路径下的这个文件中来，开始配置数据库参数～

DBDRIVER = "mysql.connector"      # 数据库驱动器名称
DBTYPE = "mysql"           # 数据库类型
DBHOST = "localhost"        # 数据库主机
DBUSER = "root"              # 数据库用户名
DBPASSWD = "your-password"      # 数据库密码
TESTDB = "biosql_test"        # 测试数据库

之后，你就可以先测试一下～

python run_tests.py test_BioSQL test_BioSQL_SeqIO

子数据库的创建：

from BioSQL import BioSeqDatabase

server = BioSeqDatabase.open_database(
    driver="mysql.connector",
    user="root",
    passwd="your-password",
    host="localhost",
    db="bioseqdb",
)
db = server.new_database("orchids", description="Just for testing")

数据库的加载：

from BioSQL import BioSeqDatabase

server = BioSeqDatabase.open_database(
    driver="mysql.connector",
    user="root",
    passwd="your-password",
    host="localhost",
    db="bioseqdb",
)
db = server[子库名称]
db.load
server.commit()

这个教程大概是国内网上能找到为数不多的之一，因为中文官方文档里没有，我又用神秘的方法找遍了各种英文资料，才找到的然后翻译过来。因为BioSQL支持所有的biopython类型，而biopython几乎包下了python届分子生物学半边天的感觉😂所以直接用BioSQL真的挺方便的，而且biopython里还有重复计数这么一说～还能顺便降低服务器存储成本～