Blast学习与运用
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与生物信息相关的同源序列搜索工具
病树前头
这个作者很懒,什么都没留下…
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Blast使用
makeblastdb注意事项makeblastdb及blastn的使用使用Blast本地数据库获得PSSM特征矩阵BLAST Database error: No alias or index file found for protein database报错BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database[db] in search path的可能原因makeblastdb及blastn的使用原创 2023-12-04 09:03:41 · 492 阅读 · 0 评论 -
Blast中文手册(4)
如果BLAST数据库包含屏蔽信息,可以使用blastdbcmd选项 –db_mask 和 –mask_sequence 提取屏蔽信息,如下所示:以下示例显示了如何从BLAST数据库中提取选定信息以及如何对其进行格式化:下面的命令将提取两个不同的序列:人类Y染色体的碱基40-80(GI 13626247),带小写字符的掩蔽区域(请注意参数30,该BLAST数据库中可用的掩蔽算法ID),以及人类20号染色体负链的碱基1-10(GI 14772189)。这是通过使用blastdbcmd中的-list选项实现原创 2023-12-02 13:40:08 · 1003 阅读 · 0 评论 -
Blast中文手册(1)补充
简单翻译Blast中文手册原创 2022-08-11 13:46:44 · 593 阅读 · 0 评论 -
Blast中文手册(5)
简单地翻译一下Blast帮助手册原创 2022-08-11 14:59:30 · 1000 阅读 · 0 评论 -
Blast中文手册(3)
简单翻译Blast的帮助文档原创 2022-08-11 10:21:16 · 908 阅读 · 0 评论 -
Blast中文手册(6)
BLAST+应用程序提供的功能按程序类型进行组织。下图描述了NCBI C Toolkit BLAST命令行应用程序与BLAST+应用程序之间的对应关系:开始使用BLAST+命令行应用程序的最简单方法是使用 legacy_blast.pl PERL脚本,它与BLAST+应用程序捆绑在一起。要使用此脚本,只需将其添加到C toolkit BLAST命令行应用程序的调用之前,并附加指向BLAST+应用程序安装目录的–path选项。legacy_blast.plPERL脚本的目的是帮助用户从C Toolkit原创 2022-08-18 16:01:30 · 1993 阅读 · 0 评论 -
Blast中文手册(1)
因为要用到blast,根据官方文档做了简单的翻译原创 2022-08-10 14:40:44 · 939 阅读 · 0 评论 -
Blast中文手册(2)
翻译的Blast使用手册原创 2022-08-10 19:20:20 · 875 阅读 · 0 评论