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病树前头
这个作者很懒,什么都没留下…
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Amber——问题记录(待完善)
Amber问题记录原创 2024-04-29 09:36:28 · 54 阅读 · 0 评论 -
AmberTools21能量优化前期处理相关
【代码】AmberTools21能量优化前期处理相关。原创 2023-11-30 14:02:06 · 339 阅读 · 0 评论 -
AmberTools21能量优化控制文件参数说明
2.其中imin=1表示任务是能量优化,maxcyc=5000表示能量优化共进行5000步,ncyc=500表示在整个能量优化的5000步中,前 500步采用最陡下降法,在500步之后转换为共轭梯度法,如果模拟的时候不希望进行方法的转换,可以再加入另一个关键词NTMIN,如果NTMIN =0则全程使用共轭梯度法,NTMIN=2则全程使用最陡下降法,此外还有=3和=4的选项,分别是xmin法和lmod法,具体情况可以看手册。4.ntr=1表示在能量优化的过程中要约束一些原子。原创 2022-10-14 17:01:31 · 188 阅读 · 0 评论