Gromacs
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病树前头
这个作者很懒,什么都没留下…
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Gromacs pdbtogro and grotopdb问题
Gromacs pdbtogro and grotopdb问题原创 2024-09-30 11:06:18 · 176 阅读 · 0 评论 -
Gromacs位置限制问题
Gromacs位置限制问题原创 2024-09-30 11:05:43 · 700 阅读 · 0 评论 -
gromacs学习及使用(4)——(待完善)
gromacs学习及使用(4)——(待完善)原创 2024-09-30 11:04:24 · 697 阅读 · 0 评论 -
Gromacs——使用过程中暴露问题分析及学习
Gromacs使用过程中暴露问题的分析及学习原创 2024-09-29 19:29:52 · 553 阅读 · 0 评论 -
Gromacs——LINCS WARNING
LINCS WARNING原创 2024-08-21 15:14:07 · 972 阅读 · 0 评论 -
Gromacs——限制文件
限制文件原创 2024-08-21 15:00:48 · 283 阅读 · 0 评论 -
Gromacs——[ position_restraints ]内容的具体含义
在GROMACS中,您可以使用editconf工具将.gro文件转换为.pdb文件。其中,input.gro是输入的.gro文件的名称,而output.pdb是输出的.pdb文件的名称。在上述例子中,原子索引为 1 的原子受到的受限力是在 x、y、z 方向上都是 1000 kJ/(mol*nm^2)。这将确保.pdb文件包含一个单一的模拟系统单元,而不是原始.gro文件中的多个周期性单元。您还可以通过添加-c选项来将转换后的.pdb文件重置为周期性边界条件内的一个单元。原创 2024-08-21 14:40:45 · 309 阅读 · 0 评论 -
Gromacs——能量优化问题
能量优化问题原创 2024-08-21 14:33:58 · 306 阅读 · 0 评论 -
Gromacs——教程学习(6)
怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡原创 2024-04-28 17:34:51 · 1427 阅读 · 0 评论 -
Gromacs——教程学习(5)
分子模拟时间越长越好吗原创 2024-04-28 15:26:58 · 171 阅读 · 0 评论 -
Gromacs——教程学习(4)
Gromacs教程学习(4)原创 2024-04-28 15:04:32 · 1313 阅读 · 1 评论 -
Gromacs——教程学习之RMSD和RMSF(3)
Gromacs教程学习之RMSD和RMSF原创 2024-04-28 14:45:57 · 1293 阅读 · 0 评论 -
Gromacs——教程学习(2)
Gromacs教程学习(2)原创 2024-04-28 14:33:21 · 1238 阅读 · 1 评论 -
Gromacs——教程学习(1)
Gromacs——教程学习(1)原创 2024-04-28 11:18:55 · 2428 阅读 · 0 评论 -
gnuplot画图学习(待完善)
gnuplot画图学习原创 2024-03-21 19:22:26 · 420 阅读 · 0 评论 -
Gromacs相关(1)
Gromacs学习原创 2024-01-25 13:57:44 · 462 阅读 · 0 评论 -
Gromacs轨迹相关
会写py的话 可以用https://www.mdanalysis.org/最近GSoC找人好好重写了一下文档 应该看起来容易多了。原创 2024-01-08 16:06:42 · 639 阅读 · 0 评论 -
Gromacs NOTE,WARNING等问题(1)
Gromacs WARNING问题原创 2024-01-05 16:50:34 · 583 阅读 · 0 评论 -
Gromacs WARNING问题
gromacs warning问题原创 2024-01-04 20:02:31 · 526 阅读 · 0 评论 -
Gromacs make_ndx建组问题
gromacs make_ndx建组问题原创 2024-01-04 19:44:19 · 2690 阅读 · 0 评论 -
Gromacs文件格式(1)
gromacs 文件格式问题原创 2023-12-28 16:21:49 · 1168 阅读 · 0 评论 -
gromacs学习及使用(1)
可以先写一个mdp文件,里面只有integrator = steep,然后用grompp生成tpr文件,同时会生成一个mdout.mdp,这个文件包含了所有参数,输入的mdp文件中已经设置的参数在mdout.mdp中保持一致,未设置的参数在mdout.mdp中是默认参数,参考手册对mdout.mdp文件进行修改即可得到需要的mdp文件。(如何和最速下降联合使用?一般情况下,能量最小化需要注意的参数是emtol,默认是10,能量最小化过程中,如果Fmax小于这个值,能量最小化停止。原创 2023-11-30 13:58:41 · 962 阅读 · 0 评论 -
gromacs学习及使用(3)
溶剂可及表面(SAS, solvent accessible surface)或溶剂可及表面面积(SASA, solvent accessible surface area).对轨迹进行主成分分析(PCA, PrincipalComponents Analysis).8. 溶剂和氢原子位置的弛豫: 位置限制MD。原创 2023-11-30 13:58:07 · 829 阅读 · 0 评论