Gromacs——LINCS WARNING

运行gromacs命令：‘gmx mdrun -v -deffnm em -ntmpi 64’, 在运行过程中记录文件中出现了下面的语句：
Step -1, time -0.001 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.170335, max 1.131448 (between atoms 1591 and 1592) bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length 为什么会出现这样的语句，有什么可以避免的吗？

这个错误信息表明在分子动力学模拟过程中，GROMACS 的 LINCS（Linear Constraint Solver）算法发现了一些约束条件的问题。具体来说，出现了约束条件的相对偏差超过了设定的阈值。

在提供的信息中，出现了相对偏差的 RMS（均方根）值和最大值。通常情况下，这可能是由于模拟系统的初始构型不稳定或者力场参数设置不合适导致的。

有几种可能的原因和解决方法：

1. 不稳定的初始构型：初始构型可能不稳定，导致在模拟开始时就出现了问题。你可以尝试使用较小的时间步长（通过 -dt 选项）或者使用更加稳定的能量最小化方法来优化初始构型。

2. 力场参数问题：你使用的力场参数可能不适用于你的系统。确保你选择的力场是适合你的体系的，并检查是否有适当的参数文件。

3. 约束条件不合适：你使用的约束条件可能需要调整。可以尝试调整 LINCS 容忍度