Gromacs——教程学习(2)

5. 分子动力学模拟结果分析与绘图自动化
   基于GROMACS分子动力学结果自动分析并绘图的工具–HeroMDAnalysis
   HeroMDAnalysis的工作流程
   

我们需要确保使用的GROMACS为2019.4或者更高的版本，HeroMDAnalysis使用Xmgrace进行绘图，因此需要系统已经安装了Xmgrace，如果尚未安装，可使用如下命令进行安装：

sudo apt-get install grace

HeroMDAnalysis工具的新版本要求安装SHC，可输入以下命令进行安装：

sudo add-apt-repository ppa:neurobin/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install shc

下面我们需要下载HeroMDAnalysis工具包，并提取至工作目录中。下载地址如下：

ruhttps://heromdanalysis.wordpress.com/customized-version-of-the-program-for-a-specific-ligand-protein-complex-system/

本例中使用的HeroMDAnalysis版本为module1，程序的更新与定制版本可联系作者获取。
下面我们需要在如下网站注册一个账号，根据提示填写相应的信息即可。

https://heromdanalysis.wordpress.com/contact-us/

在工作目录中打开终端，注意工作目录中应包含GROMACS运行动力学之后的轨迹文件（.xtc, .edr和.tpr文件），输入以下命令：

chmod +x launch.sh
./launch.sh

弹出对话框提示在工作目录中识别到md_0_10.tpr、md_0_10.edr以及md_0_10.xtc 或者md_0_10_fit.xtc三个文件可用，HeroMDAnalysis输出的文件也同样保存在该目录下。