一些和宏基因组相关的杂物箱

已于 2023-09-25 23:42:07 修改
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于 2023-05-26 15:56:11 首次发布
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Xshell和Xftp间隔一段时间不操作就自动断开连接？ - 古语云 - 博客园 (cnblogs.com)



instrain

github
MrOlm/inStrain: Bioinformatics program inStrain (github.com)

文档
InStrain — inStrain 1.0.0 documentation

".fai" 文件的格式：每行包含五个字段，分别是序列名称、序列长度、序列在 FASTA 文件中的起始位置、每行的字符数和每行的字节数（一般比序列长度大1）。

16Stimator：基因组组装草案核糖体基因拷贝数的统计估计 |ISME期刊 (nature.com)

关于shell的一些

dmesg | tail

dmesg 全称是 "display message"，

dmesg 命令用于显示内核环境消息（Kernel ring buffer），它可以帮助你查看系统内核的运行状态和错误信息。内核环境消息是内核用来记录系统运行状态和事件的一个环形缓冲区，包括了内核启动信息、设备驱动程序信息、系统运行错误信息等。

tail 命令用于显示文件的尾部内容，默认显示文件的最后 10 行。在 dmesg 命令中使用 tail 命令可以只显示最新的一些内核环境消息，方便你查看系统最近的运行状态和错误信息。

ORF预测的一些

  1. Prodigal：Prodigal是一款高效的ORFs预测软件，支持多种基因组类型的预测，并且具有高精度和高效率。

  2. GeneMark：GeneMark是一款常用的基因识别软件，可以用于ORFs预测和基因注释。

  3. Glimmer：Glimmer是一款基于隐马尔可夫模型的ORFs预测软件，支持多种细菌和古菌基因组的预测。

  4. ORFfinder：ORFfinder是一款简单易用的ORFs预测工具，可以从DNA序列中直接预测ORFs，并提供多种输出格式和选项。

  5. NCBI ORFfinder：NCBI ORFfinder是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）开发的一款在线ORFs预测工具，可以从用户提交的DNA序列中预测ORFs，并提供多种参数选项和输出格式。

  6. MetaGene 土壤质体球是抗生素抗性基因和潜在病原体的热点 |ISME期刊 (nature.com)

江有枫xx
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