我的fasta.gz格式的双端序列放在input6文件夹,要对这些序列进行megahit组装。
for file in input6/*_1.fasta.gz
do
base=${file%_1.fasta.gz}
megahit -1 ${base}_1.fasta.gz -2 ${base}_2.fasta.gz -o ${base}_assembly --num-cpu-threads 20
done
把组装结果保存到contig文件夹。下面这个代码是转移文件和重命名的过程。
find input6/*/ -type f -name "final.contigs.fa" -exec sh -c 'dir=$(dirname "{}"); prefix=$(basename "$dir" | cut -d "_" -f 1); cp "{}" contig/"$prefix".fa' \;
如果组装的结果文件夹没有_assembly后缀,直接用下面这个代码
find as/*/ -type f -name "final.contigs.fa" -exec sh -c 'dir=$(dirname "{}"); prefix=$(basename "$dir"); cp "{}" contig/"$prefix".fa' \;