python+tifffile之tiff文件读写

背景

使用python操作一批同样分辨率的图片，合并为tiff格式的文件。

由于opencv主要用于读取单帧的tiff文件，对多帧的文件支持并不好。

通过搜索发现了两个比较有用的包：TiffCapture和tifffile。两者都可用pip安装。

其中前者主要用于读取tiff文件，后者可读可写。最终选择tifffile来合成tiff图片文件。

安装tifffile

pip install tifffile

原理及代码

我的图片是8 bit灰度图。
每次读取之后，先升维：

new_gray = gray_img[np.newaxis, ::]

然后再使用np.append添加到数组里。每append一次，相当于tiff增加一帧图片。

tiff_list = np.append(tiff_list, new_gray, axis=0)

所有操作完毕，则一次性保存到磁盘。

tifffile.imsave( out_tiff_path, tiff_list )

下面是我的完整代码：

import cv2
import tifffile
import time
import numpy as np
import time
import os

img_path = '../word_all'
out_txt_path = '../out_word_all.box'
out_tiff_path = '../out_word_all.tif'

tiff_list = None


with open(out_txt_path, 'wb') as f:
    dir_list = os.listdir(img_path)
    cnt_num = 0
    
    for dir_name in dir_list:
        dir_path = os.path.join(img_path, dir_name)
        img_list = os.listdir(dir_path)
        pwd = os.getcwd()
        os.chdir(dir_path)
        
        for img in img_list:
            
            print('dir_path:{}'.format(dir_path))
            gray_img = cv2.imread(img, cv2.IMREAD_GRAYSCALE)
            new_gray = gray_img[np.newaxis, ::]
            print('gray_img shape:{}, new_gray shape:{}'.format(gray_img.shape, new_gray.shape))
            #global cnt_num
            if cnt_num == 0:
                print('cnt_num == 0')
                tiff_list = new_gray
            else:
                print('np.append')
                tiff_list = np.append(tiff_list, new_gray, axis=0)
                print('tiff_list shape:{}'.format(tiff_list.shape))
            
            content = '{} 2 2 60 60 {}\n'.format(dir_name, cnt_num)
            print(content)
            f.write(content.encode('UTF-8'))
            cnt_num += 1
        os.chdir(pwd)

    tifffile.imsave( out_tiff_path, tiff_list )


print('tiff_list shape:{}'.format(tiff_list.shape))

参考资料

可以读取tiff文件的工具：https://pypi.org/project/TiffCapture/

可以读写tiff的工具：https://pypi.org/project/tifffile/

How to read a signed 16-bit TIFF in python?

numpy添加新的维度：newaxis

numpy的numpy.delete()/insert()/append()函数