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原创 R-矩阵分组求均值
问题:矩阵A存储10个基因和20个样本的基因表达值,矩阵B存储着20个样本的分类情况(包括三类),B矩阵第一列为样本名,第二列为样本类型。想根据样本的类别,计算10个基因的表达平均值。
2024-05-22 15:52:02 116
原创 RunSVD时报错:Error in irlba(A = t(x = object), nv = n, work = irlba.work) : function ‘as_cholmod_spa
【代码】RunSVD时报错:Error in irlba(A = t(x = object), nv = n, work = irlba.work) : function ‘as_cholmod_spa。
2024-04-22 16:26:59 390
原创 Signac用macs2 CallPeak报错
问题:ValueError: numpy.ndarray size changed, may indicate binary incompatibility. Expected 96 from C header, got 88 from PyObject,这个错误通常是因为我们使用了不兼容的 numpy 版本导致的。解决方式:更新Numpy即可。
2024-04-22 15:33:16 194
原创 SSH远程连接docker容器-Linux-SSH -L 打隧道
ssh -L 容器端口号:localhost:容器端口号 物理机用户名@物理机ip -p 物理机端口号。问题:在物理机上用podman创建了一个容器,想SSH直接远程连接docker容器。ssh -p 容器端口号 容器用户名@localhost。
2024-04-22 08:47:38 296 1
原创 monocle2 orderCells报错
问题:运行monocle2(version=2.26.0)的orderCells出现以下错误。然后,在弹出的窗口找到该命令行后,删掉或注释掉。
2024-04-01 16:05:06 339
原创 linux离线安装jdk11
将下载的文件,解压到/usr/lib/jvm/下。3. 将以下命令写入bashrc文件。保存退出并source即可。1. 下载java11,
2023-12-22 16:04:48 874
原创 infercnv报错Error: C stack usage 7969732 is too close to the limit
问题:跑R语言infercnv时,报错Error: C stack usage 7969732 is too close to the limit。可以看到R的堆栈大小7969177,小于报错中的7969732。step1. 在terminal端先查看当前堆栈大小。step2. 扩大堆栈,重启R即可。解决方式:调整堆栈大小。
2023-11-30 09:12:42 1591
原创 R中安装packages 网络超时,下载不完全
问题:安装比较大的R包时,会遇见:网络太慢(只有300秒)导致包没完全下载完,然后报错,如图所示,安装80M的org.Hs.eg.db,网速慢,没下载完就报错:解决方法:截图中可以看到,当前下载源为cran.rstudio,网速比较慢切换到国内源,比如清华源,网速比较快切换后,下载成功。
2023-11-17 11:40:53 1204
原创 linux新建设后,组内用户具有读写权限
问题:为实现用户A(root用户)新建的文件的默认权限设置,使得用户B可以可读可写用户A的文件。2. 检查用户A和B是否在同一个组,如果不在,将用户AB添加到同一用户组。1. 修改用户A新建的文件的默认权限。写入:umask 003。
2023-09-17 14:23:10 137
原创 VScode中R语言一行代码被认为多行执行
解决方式:修改R插件中Bracket Paste没有勾选的问题。解决方式:打开vscode的Settings,在搜索栏中直接打“R”,然后打开R相关的设置,找到R:Bracket Paste,将方框勾选上即可。问题:VScode中,如果你的R语言一行命令因为太长而分成多行编写,但被程序认为是多行来执行。如图中画图代码,被错位当成两行独立的代码来运行。
2023-09-16 11:22:04 220
原创 shell脚本问题Illegal xxx for option -s/--seed
问题:用sh执行脚本a.sh:sh a.sh,报错:Illegal value '{1..100}' for option -s/--seed。解决方式:bash a.sh和 ./a.sh可以正确执行。但不知道为什么,求大神可以解答。
2023-09-14 14:22:16 83
原创 rsync实现增量备份
--delete:当源目录中的文件删除,同步后目标目录中的文件也会被删除。# -a: 归档模式,表示递归传输并保持文件属性。# -v:显示rsync过程中详细信息。# -z: 传输时进行压缩提高效率。# -P:显示文件传输的进度信息。
2023-07-18 16:36:10 441
原创 安装devtools和tidyverse包出现No package ‘fribidi‘ found的问题
如,tydyverse包我选择的是1.2.0版本。
2023-07-06 09:07:26 221
原创 ubuntu安装R包时出现libxxx.so:cannot open shared object file: No such file or directory
1. 先查找系统是否已存在,如果不存在,则下载对应deb文件,dpkg命令安装。2. 已存在该文件,将该文件cp到安装R的lib目录下即可。
2023-06-30 10:49:35 396
原创 ubuntu 离线安装unzip和tree
因为服务器连不了外网,所有的软件安装都需要离线安装,以安装unzip软件为例:1.下载unzip的deb安装包:2.安装软件包:
2023-05-23 16:17:12 3554
原创 表达矩阵画热图时是否需要按样本进行标准化
问题:如果对样本之间的差异感兴趣,则需要对表达矩阵按行进行标准化。解答:尝试3种方法,第1和3结果一致。
2023-04-19 15:44:38 582
原创 rstudio登陆后页面空白
解决方法:到/.local/share/rstudio/sessions/active/ 这个目录,删除掉里面的文件夹。前天晚上在rstudio跑一个程序,没跑完,合上电脑,第二天来再登陆rstudio,输入账号密码后一直是空白页面。
2023-03-31 13:00:50 538
原创 pySCENIC ctx Feather文件版本报错
需注意名字的v2版本的命名方式“genes_vs_motifs.rankings.feather”,不然会报以下错误。问题1: Feather v1版本不支持,需转成v2。解决方式:按照提示下载脚本。
2023-03-27 11:49:16 468
原创 如何用私钥登陆linux服务器和cyberduck登陆配置
2. 登陆命令中 要加上 -i 参数,完整命令如下。1. 修改私钥文件的权限为500。
2023-03-19 12:07:08 407
原创 CellPhoneDB报错[WARNING] Database ‘{value}‘ is not available.
解决方法:换成3.0.0版本。
2023-03-17 13:47:12 1555 2
原创 MapQuery报错Please try running umot-learn on the object first
MapQuery报错Please try running umot-learn on the object first
2022-11-24 16:18:27 162
原创 R语言 降维PCA,princomp,prcomp函数的input问题
R语言 降维PCA,princomp,prcomp函数的input要为行是样本,列是特征
2022-10-14 18:52:33 325
原创 Rstudio server: unable to open connection to X11 display
问题:Rstudio sever 安装后,画不了图,提示unable to open connection to X11 display解决方案:Tools > Global Options. > Graphics > Backend设置为Cairo
2022-10-14 10:57:28 611
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