YZJenny的博客

原创 RunSVD时报错：Error in irlba(A = t(x = object), nv = n, work = irlba.work) : function ‘as_cholmod_spa

【代码】RunSVD时报错：Error in irlba(A = t(x = object), nv = n, work = irlba.work) : function ‘as_cholmod_spa。

原创 Signac用macs2 CallPeak报错

问题：ValueError: numpy.ndarray size changed, may indicate binary incompatibility. Expected 96 from C header, got 88 from PyObject，这个错误通常是因为我们使用了不兼容的 numpy 版本导致的。解决方式：更新Numpy即可。

原创 SSH远程连接docker容器-Linux-SSH -L 打隧道

ssh -L 容器端口号:localhost:容器端口号 物理机用户名@物理机ip -p 物理机端口号。问题：在物理机上用podman创建了一个容器，想SSH直接远程连接docker容器。ssh -p 容器端口号 容器用户名@localhost。

原创 R语言 并行计算makeCluster报错

解决方式：用makeClusterPSOCK命令代替即可。问题：使用parallel包进行并行计算，

原创 monocle2 orderCells报错

问题：运行monocle2（version=2.26.0）的orderCells出现以下错误。然后，在弹出的窗口找到该命令行后，删掉或注释掉。

原创 linux离线安装jdk11

将下载的文件，解压到/usr/lib/jvm/下。3. 将以下命令写入bashrc文件。保存退出并source即可。1. 下载java11，

原创 infercnv报错Error: C stack usage 7969732 is too close to the limit

问题：跑R语言infercnv时，报错Error: C stack usage 7969732 is too close to the limit。可以看到R的堆栈大小7969177，小于报错中的7969732。step1. 在terminal端先查看当前堆栈大小。step2. 扩大堆栈，重启R即可。解决方式：调整堆栈大小。

原创 R中安装packages 网络超时，下载不完全

问题：安装比较大的R包时，会遇见：网络太慢（只有300秒）导致包没完全下载完，然后报错，如图所示，安装80M的org.Hs.eg.db，网速慢，没下载完就报错：解决方法：截图中可以看到，当前下载源为cran.rstudio，网速比较慢切换到国内源，比如清华源，网速比较快切换后，下载成功。

原创 linux新建设后，组内用户具有读写权限

问题：为实现用户A（root用户）新建的文件的默认权限设置，使得用户B可以可读可写用户A的文件。2. 检查用户A和B是否在同一个组，如果不在，将用户AB添加到同一用户组。1. 修改用户A新建的文件的默认权限。写入：umask 003。

原创 VScode中R语言一行代码被认为多行执行

解决方式：修改R插件中Bracket Paste没有勾选的问题。解决方式：打开vscode的Settings，在搜索栏中直接打“R”，然后打开R相关的设置，找到R:Bracket Paste，将方框勾选上即可。问题：VScode中，如果你的R语言一行命令因为太长而分成多行编写，但被程序认为是多行来执行。如图中画图代码，被错位当成两行独立的代码来运行。

原创 shell脚本问题Illegal xxx for option -s/--seed

问题：用sh执行脚本a.sh：sh a.sh，报错：Illegal value '{1..100}' for option -s/--seed。解决方式：bash a.sh和 ./a.sh可以正确执行。但不知道为什么，求大神可以解答。

原创 GPL下载后没有对应关系怎么解决

问题：想下载GPL24676的基因注释文件，通过（1）GEO网页（2）gpl

原创 rsync实现增量备份

--delete：当源目录中的文件删除，同步后目标目录中的文件也会被删除。# -a: 归档模式，表示递归传输并保持文件属性。# -v：显示rsync过程中详细信息。# -z: 传输时进行压缩提高效率。# -P：显示文件传输的进度信息。

原创 安装devtools和tidyverse包出现No package ‘fribidi‘ found的问题

如，tydyverse包我选择的是1.2.0版本。

原创 ubuntu安装R包时出现libxxx.so：cannot open shared object file: No such file or directory

1. 先查找系统是否已存在，如果不存在，则下载对应deb文件，dpkg命令安装。2. 已存在该文件，将该文件cp到安装R的lib目录下即可。

原创 ARACNe-AP的安装和使用

安装和运行ARACNe-AP

原创 linux安装Matlab

解决方式：./install改为下面这句。

原创 ubuntu 离线安装unzip和tree

因为服务器连不了外网，所有的软件安装都需要离线安装，以安装unzip软件为例：1.下载unzip的deb安装包：2.安装软件包：

原创 表达矩阵画热图时是否需要按样本进行标准化

问题：如果对样本之间的差异感兴趣，则需要对表达矩阵按行进行标准化。解答：尝试3种方法，第1和3结果一致。

原创 rstudio登陆后页面空白

解决方法：到/.local/share/rstudio/sessions/active/ 这个目录，删除掉里面的文件夹。前天晚上在rstudio跑一个程序，没跑完，合上电脑，第二天来再登陆rstudio，输入账号密码后一直是空白页面。

原创 pySCENIC ctx Feather文件版本报错

需注意名字的v2版本的命名方式“genes_vs_motifs.rankings.feather”，不然会报以下错误。问题1: Feather v1版本不支持，需转成v2。解决方式：按照提示下载脚本。

原创 linux批量杀掉某一用户/某一类进程所有进程

killall -u 用户名。

原创 linux将前台任务转为后台运行

第二步：jobs #查看任务id。第三步： bg %任务id。第一步：ctrl + z。

原创 如何用私钥登陆linux服务器和cyberduck登陆配置

2. 登陆命令中 要加上 -i 参数，完整命令如下。1. 修改私钥文件的权限为500。

原创 CellPhoneDB报错[WARNING] Database ‘{value}‘ is not available.

解决方法：换成3.0.0版本。

原创 SCENIC object ‘motifAnnotations_hgnc‘ not found

在这句话之前添加两句：

原创 装RNAvelocity报错

原创 包含rstudio的docker镜像的安装与使用

包含rstudio的docker镜像的安装与使用

原创 CIBERSORTx报错

CIBERSORTx报错

原创 MapQuery报错Please try running umot-learn on the object first

MapQuery报错Please try running umot-learn on the object first

原创 将用户加入docker组实现不加sudo执行docker命令

将用户加入docker组实现不加sudo执行docker命令

原创 linux Rstudio server切换R语言版本

linux Rstudio server切换R语言版本

原创 linux 非root用户安装R

linux 非root用户安装R

原创 R语言 降维PCA，princomp，prcomp函数的input问题

R语言 降维PCA，princomp，prcomp函数的input要为行是样本，列是特征

原创 Rstudio server: unable to open connection to X11 display

问题：Rstudio sever 安装后，画不了图，提示unable to open connection to X11 display解决方案：Tools > Global Options. > Graphics > Backend设置为Cairo

原创 scRNAseq中对每种细胞类型进行随机筛选

subpbmc <- subset(pbmc,downsample=1000)

原创 linux 批量修改文件名后缀

centos系统下：将文件后缀名.xls修改为.txtrename .xls .txt *

原创 ggplot2 legend的变量顺序相反和改变legend标题

p+guides(fill = guide_legend(reverse=TRUE))+ #变量顺序相反labs(fill = "Cell subtype") #改变legend标题

原创 R语言 分组计算

问题：矩阵包含多个细胞的基因表达谱，多个细胞被打上某一类细胞类型标签，求不同细胞类型的基因表达均值？代码：AUC_byCT <- sapply(split(rownames(cellInfo),cellInfo$celltype), function(cells) rowMeans(AUC_df[,cells]))...

原创 R语言安装包的方式

1. install.packages('dplyr')2.if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("dplyr")3. 下载devtools.tar.gzR CMD INSTALLdplyr*.tar.gz4. 包来自githublibrary(devtools)install_github('hadll..