pySCENIC ctx Feather文件版本报错

最新推荐文章于 2024-04-15 16:36:41 发布
最新推荐文章于 2024-04-15 16:36:41 发布
阅读量534 收藏 2
点赞数
文章标签： r语言
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/yzjenny/article/details/129792366
版权
文章描述了Featherv1版本不被支持的情况，提供了一个使用Python脚本convert_cistarget_databases_v1_to_v2.py进行转换的方法，特别指出目标文件应命名为genes_vs_motifs.rankings.feather以避免错误。用户也可以直接从cisTarget官网下载v2版本的Homo_sapiens数据库。
摘要由CSDN通过智能技术生成

问题1: Feather v1版本不支持，需转成v2

 解决方式：按照提示下载脚本

python create_cisTarget_databases-master/convert_cistarget_databases_v1_to_v2.py -i /publicData/SCENIC/hg19-tss-centered-10kb-7species.mc9nr.feather -o /publicData/SCENIC/hg19-tss-centered-10kb-7species.mc9nr.genes_vs_motifs.rankings.feather &

 需注意名字的v2版本的命名方式“genes_vs_motifs.rankings.feather”，不然会报以下错误。

或者直接去cisTarget官网下载v2版本的数据：

https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/homo_sapiens/

YZJenny
关注
Vue3使用$refs获取节点生产环境undefined-使用getCurrentInstance-ctx应改用proxy
JackieDYH的博客
07-03 1033
Vue3使用$refs获取节点生产环境undefined-使用getCurrentInstance-ctx应改用proxy
pySCENIC报错、解决和完整流程(IOS系统)
最新发布
zfyyzhys的博客
08-28 1282
pySCENIC报错、解决和完整流程(IOS系统)
pyscenic 运行实例实战 jimmy服务器 pyscenic原理解析 如果报错就去github搜索办法自己的样本转录因子分析
生信小博士的博客
05-24 1767
step2在Linux命令行中，不需要进入python软件内环境。
PyCharm:Error runnin xxx: Cannot run program “....\python.exe“
guoshuaipeng的博客
04-16 361
https://blog.csdn.net/kongsuhongbaby/article/details/100520747 报错 找到该项目的.workspace.xml文件,搜索找到 直接把这个文件夹删掉，重新打开pycharm，会根据项目的配置信息重新生成这个文件夹，问题也就解决了 ...
SCENIC分析（三）
m0_71467458的博客
07-28 1362
由于pmbc3样本量太大，目前设备跑完需要大约14个小时，检测代码是否能够正常运行的时间成本较高，因此采用将pmbc3样本中的2700个细胞，人工选择300个进行测试。
【记录向】经验分享：Pyscenic软件不兼容报错解决方法
qq_50464714的博客
02-19 868
2024/2/19 转录因子分析软件Pyscenic常用于分析单个细胞群受到的转录因子调控，目前版本为0.12.1，在使用Pyscenic 进行分析的时候报错：AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'object'.为numpy软件不兼容所致。综合GITHUB上的解决方案，依旧存在问题。按照上述软件安装即可。
解决koa2 ctx.render is not a function报错问题
10-18
在使用Koa2进行Web应用开发时，可能会遇到一个常见的错误，即在执行ctx.render()方法时，控制台显示ctx.render is not a function。这一问题通常与Koa中间件的使用顺序有关。 首先，让我们先明确一下Koa的中间件...
HttpClient 上传文件接口报错“missing content-type boundary” 原因解析
热门推荐
MK 乘风破浪~的博客
04-03 1万+
问题描述： 同事在使用HttpClient4.4.1版本上传文件时，接口报错“missing content-type boundary”。找我过来一起分析原因。部分代码如下： HttpPut uploadFile = new HttpPut(uri); uploadFile.setHeader("Authorization", ""); uploadFile.setHeader("Content-Type", "mult..
Spring分模块引入applicationContext.xml报错
weixin_41998976的博客
01-02 1014
问题 在总applicationContext.xml文件中，导入空的 applicationContext-user1.xml ，代码如下。 <import resource="applicationContext-user1.xml"/> 然后运行主程序（在导入前可以正常运行），代码如下： public class UserController { public static void main(String[] args) { ApplicationContext
PyPI 官网下载 | pyscenic-0.11.1-py3-none-any.whl
02-05
资源来自pypi官网，解压后可用。 资源全名：pyscenic-0.11.1-py3-none-any.whl
数据库语言的练习 2- INDEX / INSERT / SELECT（2020.3.9作业）
12-14
INSERT INSERT INTO [([,…)] VALUES ( [,]… ); [例3.69]将一个新学生元组（学号：201215128;姓名：陈冬;性别：男;所在系：IS;年龄：18岁）插入到Student表中。 INSERT INTO Student (Sno,Sname,Ssex,Sdept,Sage) VALUES ('201215128','陈冬','男','IS',18); 后两行需一一对应，可改变Sno,Sname,Ssex,Sdept,Sage的顺序 因建表时规定学号唯一，所以不能有两个相同学号 [例3.70]将学生张老三的信息插入到Student表中。 I
PySCENIC（二）：pyscenic单细胞转录组转录因子分析
qq_42090739的博客
11-08 4219
假设你完成了上面的步骤，那接下来的分析至少在代码上很简单，三个步骤，可能会等待一段时间，尤其是第一、二步骤，不过相比于R简直是神速。参考基因组的情况根据实际情况自行下载，当然我下载的也可以用，具体深入的原理有兴趣的可以去了解，我只是参考文献使用的！为了减轻大家的负担，文件我已经下载好了，包括人的、鼠的，以及转化文件的py脚本，已上传QQ群文件，群成员可在群里免费获取！上一节说了pySCENIC的分析环境配置及安装，除了这些，还有一些必要条件，例如相关文件的下载，一些数据转化等等。
在Python中文件用Feather格式，与 CSV说再见，速度提升 150 倍！
【独钓寒江雪】的博客
09-18 3071
在Python中文件用Feather格式，与 CSV说再见，速度提升 150 倍！
SCENIC调控推断安装操作
qq_15348919的博客
04-15 945
基因调控网络推断
跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录因子分析
qq_42090739的博客
03-24 8730
转录因子分析可以了解细胞异质性背后的基因调控网络的异质性。转录因子分析也是单细胞转录组常见的分析内容，R语言分析一般采用的是SCENIC包，具体原理可参考两篇文章。1、《SCENIC : single-cell regulatory networkinference and clustering》。2、《Ascalable SCENIC workflow for single-cell gene regulatory network analysis》。但是说在前头，SCENIC的计算量超级大，非常耗费内存
PySCENIC（一）：python版单细胞转录组转录因子分析
qq_42090739的博客
09-23 9157
​ 关于单细胞转录组转录因子的分析我们之前在单细胞系列讲过R语言版本的，参考：跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析，但是R语言分析起来速度非常慢，如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周，这显然不现实。pySCENIC则很好的解决了这个问题，分析速度很快。
ctx.canvas.width 报错
07-28
如果 `ctx.canvas.width` 报错，可能有几个原因： 1. 检查 `ctx` 是否为有效的上下文对象。确保在使用 `ctx.canvas.width` 之前，已经正确地获取了 canvas 上下文对象 (`ctx`)。例如，使用 `getContext()` 方法从 ...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值