CIBERSORTx报错

YZJenny

已于 2023-03-17 15:29:32 修改

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分类专栏： docker R语言 scRNAseq 文章标签： r语言

于 2023-02-09 10:44:51 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/yzjenny/article/details/128948886

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1. Hires创建没权限

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CIBERSORT出现“$ operator is invalid for atomic vectors” 报错

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2万+

最近用cybersort 分析细胞出现“$ operator is invalid for atomic vectors"错误，快放弃时，看到一个。说是缺少e1071包，安装以后，报错解决。安装e1071包后运行正常。

cibersortx怎么用_【搬砖】免疫浸润实践

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牛转乾坤！新年快乐，小白来啃生信发paper~上传文件要求ok，来整理我的mixture。准备好了~22880genes*10samplescibersortx计算细胞组分我的数据是microarray，所以最后那个箭头不勾选。结果数据可下载txt/csv/..，图片是截图的。。没找到下载的地方。————————————————————————————————————可见网页上的输出比较局限，没有...

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libsvm警告： WARNING: reaching max number of iterations 解决办法

xingdu_的博客

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https://stats.stackexchange.com/questions/37669/libsvm-reaching-max-number-of-iterations-warning-and-cross-validation http://hk.uwenku.com/question/p-vmaehgpf-eg.html https://github.com/gmum/gmum.r/...

CIBERSORTx网页版报错

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516

解决方式：bulk RNA-seq不能包含NA值。

如果在使用CIBERSORT时出现报错

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如果在使用CIBERSORT时出现如下报错：ERROR; return code from pthread_create() is 22

CIBERSOFT $ operator is invalid for atomic vectors报错

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08-14

1784

用R运行CIBERSOFT作免疫浸润注释时发现报错 $ operator is invalid for atomic vectors #且问题发生在源代码中的 weights = t(out[[t]]$coefs) %*% out[[t]]$SV 搜索许久未果，终解决，故来做记录是未安装packagee1071 ...

R报错ensembldb::filter requires an ‘EnsDb‘ object as input. 解决办法及MethylCIBERSORT包运行

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R报错 ensembldb::filter requires an 'EnsDb' object as input. To call the filter function from the stats or dplyr package use stats::filter and dplyr::filter instead 解决办法及甲基化细胞类型反卷积MethylCIBERSORT包运行

cibersortx怎么用_Cibersort实战

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rm(list=ls())load(file='../Rdata/@step3_DEG_LN.Rdata')# exprSet=new_exprSet# phe# differentiation=pheno$`his type:ch1`,T_stage= pheno$`depth:ch1`,# N_stage=pheno$`lym...

cibersortx怎么用_cibersoft使用SVM算法实现去卷积

weixin_39855869的博客

12-20

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熟悉DNA测序的朋友应该是知道对肿瘤病人进行WES或者WGS等基因组测序后，可以得到成百上千的somatic突变，而这些突变都是ATCG碱基直接变化，所以它们变化的组合情况就6种，而加上上下文碱基也就96种，这96种碱基变化的比例的特殊组成，就是mutation signatures，而且COSMIC数据库上面有着30种已知的signatures，我们可以把这些signatures当做是一个有意...

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生物通报道：单细胞RNA测序已经成为现代医学研究中的一项强大技术，这种技术能帮助科学家们检测个体细胞及其在癌症等疾病中的行为。但是这种技术不能应用于绝大多数保存的组织样本，且价格昂贵，因此还不能作为常规临床治疗的项目。为了解决这些缺点，斯坦福大学医学院的研究人员发明了一种名为CIBERSORTx的计算技术，可以直接分析从全组织样本或数据集中提取的单个细胞RNA。这一研究成果公布在5月6日的Natu...

JQuery File Upload 插件出现 “empty file upload result” 错误的解决方案。

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本例中采用的是 JQuery File Upload + ASP.NET 的方式， Google了大半天基本没有找到合理的解决方案，倒是在 NodeJS的一遍博客中找到了灵感：http://www.it165.net/pro/html/201306/6047.html 出现该问题的原因在于 Jquery File Upload 修改了Json的格式！即 jQuery fi...

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wwf271518213的博客

08-14

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write.table(out,file="uniq.symbol.txt",sep="\t",quote=F,col.names=F) #输出文件。setwd("C:\\single gene\\145Gene\\25.CIBERSORT") #设置工作目录。expFile="symbol.txt" #表达数据文件。library("limma") #引用包。#运行CIBERSORT，得到免疫细胞浸润的结果。#读取输入文件，并对输入文件整理。

基于R语言利用CIBERSORT分析免疫浸润（二）

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CIBERSORT常见问题以及操作代码，数据可视化分析全过程。新手即可学会！

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CIBERSORT这款软件利用反卷积的方法，利用单细胞RNA-seq的数据，提取特征后，反推Bulk-seq各类细胞成分所占比例。这款软件目前推出了CIBERSORTx，但是账号貌似有点难申请而这次我们着重介绍下CIBERSORT的R版本而CIBERSORT计算细胞组分的方法使用去卷积原理实现的，而且通常是线性去卷积正在上传…重新上传取消原理图。

CI持续集成环境搭建(2)--docker的安装与配置

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Errors were encountered while processing 解决方法

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CIBERSORT 最全介绍官网

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用于芯片表达矩阵和测序表达矩阵，对未知混合物和含有相近的细胞类型的表达矩阵的去卷积分析优于其他方法 (LLSR,LLSR,PERT,RLR,MMAD,DSA)。注意Cibersort结果的默认文件名为CIBERSORT-Results.txt，在同一文件夹下进行第二次运算会覆盖第一次得到的文件，建议在每一次运算之后对文件重命名。CIBERSORT同时提供R包和在线网页工具，可以对用户的表达矩阵进行非负矩阵分解后计算不同细胞类型的比例。网页版有LM22的参考数据集，只需要提供表达矩阵文件就可以了。

cibersortx 代码

09-01

CIBERSORTx是一种用于基因表达数据分析的计算工具，可用于评估调查样本中的不同细胞类型的相对丰度。它通过将样本的基因表达数据与已知的细胞类型参考基因表达模式进行比较，从而推断出样本中各种细胞类型的存在比例。 CIBERSORTx的代码使用R语言编写，主要分为两个部分：训练模型和运行预测。在训练模型部分，首先需要准备一个细胞类型的参考基因表达数据集合，其中包括各种细胞类型的基因表达模式。然后，将这些参考基因表达数据导入到代码中，并通过建立模型来学习不同细胞类型的基因表达模式。训练模型需要一定的计算时间，但只需要进行一次。在运行预测部分，首先需要准备待分析的样本的基因表达数据。将样本的基因表达数据导入到代码中，并结合之前训练好的模型，使用CIBERSORTx的算法进行计算，推断出样本中各种细胞类型的相对丰度。这里的运行预测是针对每个样本进行的，可以批量进行。 CIBERSORTx的输出结果包括每个样本中各种细胞类型的相对丰度值，以及一些统计分析的指标。这些结果可以帮助研究人员理解调查样本中细胞类型的组成，比如在肿瘤研究中，可以了解肿瘤微环境中免疫细胞的比例，从而对患者的治疗和预后进行评估。总的来说，CIBERSORTx的代码提供了一个方便的工具，可以用于分析基因表达数据，推断样本中各种细胞类型的相对丰度。这对于生物医学研究和疾病研究具有重要意义。