Signac用macs2 CallPeak报错

最新推荐文章于 2024-09-26 09:35:53 发布
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文章标签： python
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本文链接：https://blog.csdn.net/yzjenny/article/details/138078852
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文章讨论了numpy.ndarraysizechanged错误，指出此问题是由于不同numpy版本之间的不兼容。解决方法是通过pip进行numpy的升级，命令为pipinstall--upgradenumpy。
摘要由CSDN通过智能技术生成

问题：ValueError: numpy.ndarray size changed, may indicate binary incompatibility. Expected 96 from C header, got 88 from PyObject，这个错误通常是因为我们使用了不兼容的 numpy 版本导致的。

解决方式：更新Numpy即可

pip install --upgrade numpy

YZJenny
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chipseq MACS2 call peaks 报错解决方法——创建虚拟环境
jueshengqiu的博客
04-19 2219
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ChIA-PET2报错系列——第四步报错（macs2报错找不到命令）
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1、报错：找不到命令 [root@node01 fengyongxian]# vim /etc/profile [root@node01 fengyongxian]# which python /usr/local/bin/python [root@node01 fengyongxian]# vim /etc/profile [root@node01 fengyongxian]# macs2 bash: /home/fengyongxian/shm/tartar/miniconda/yes/bin/mac
Macs2运行报错
weixin_57378890的博客
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请教各位大佬应该怎么解决。
macs2的参数和使用
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不断进步的咕咕怪的博客
09-26 1188
MACS2 是 ChIP-seq 数据分析的标准工具，能够帮助你快速识别基因组中的富集区域（peaks）。根据不同的实验类型（如窄峰、宽峰或无对照实验），你可以灵活调整参数。
ChIA-PET2报错系列——第四步报错（ERROR in running Macs2）
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05-29 264
[main] Version: 0.7.17-r1188 [main] CMD: bwa samse hg19.fa OUTdir12/index-1_1.valid.fastq.sai OUTdir12/index-1_1.valid.fastq [main] Real time: 397.832 sec; CPU: 379.342 sec bwa_wrap hg19.fa OUTdir12/index-1_2.valid.fastq 1 OUTdir12/index-1_2.valid.sam 1 Ru
CHIP-seq流程学习笔记（4）-call peak 软件macs2
垚垚爸的博客
09-22 4627
参考文章： MACS2 Call Peak 参数详细学习 1. 软件说明： macs2 callpeak --help usage: macs2 callpeak -t TFILE # treat组 [-c [CFILE]] # control 或 mock(非特异性抗体，如IgG)组 # control:input DNA，没有经过免疫共沉淀处理；
PyPI 官网下载 | signac-1.7.0.tar.gz
01-16
2. **状态空间**：signac的核心概念之一是状态空间，这是一个基于元数据（如参数或配置）的多维空间。每个job都代表状态空间的一个点，这样可以方便地根据参数值对job进行排序、过滤和分组。 3. **数据持久化**：...
signac:用于单个单元格数据的分析包
05-09
Signac-用于单细胞RNA-Seq分析的多功能软件包 我们引入了Signac ，这是一种通用的R包，可简化单细胞数据的分析工作流程。 它有助于更​​快，更准确地找到标记基因，搜索具有相似表达谱的细胞，将多个数据集整合到...
signac-0.5.0-py2.7.egg文件的Python库安装与使用指南
由于Python 2系列在2020年1月1日后已经停止官方支持，因此在新的开发工作中，推荐使用Python 3系列以获得更好的语言特性和安全性。 关于安装signac库，资源描述中提供的安装方法链接指向了一个博客文章，该文章可能...
Python库 | signac-0.5.0-py2.7.egg
03-25
资源分类：Python库 所属语言：Python 使用前提：需要解压 资源全名：signac-0.5.0-py2.7.egg 资源来源：官方 安装方法：https://lanzao.blog.csdn.net/article/details/101784059
hbctraining-05_peak_calling_macs2
GeekFocus
10-24 863
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如何使用MACS进行peak calling
weixin_34122548的博客
01-09 2339
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零基础小白笔记9 | 使用macs2进行调峰
tmrtmr___的博客
01-09 2716
是一个用于存储基因组测序数据的文件，通常包含控制样本的信号强度或测序深度的信息，包含了对应于基因组上每个位置的控制样本的测序信号值，可以转换为bw文件进一步可视化；1.macs2是一个用于分析染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）数据的工具，它可以用来识别转录因子结合位点和组蛋白修饰位点，是由刘小乐实验室开发的一款在ubuntu上运行的专门处理CHIP-Seq数据的下游软件；1.macs2 bdgcmp是 MACS2 工具集中的一个命令，用于比较两个信号文件（如测序峰值调用的结果）之间的差异。
成功解决：numpy.ndarray size changed, may indicate binary incompatibility. Expected 96 from C header, got
未来社会二十年发展的核心技术趋势由ABCD四个字母组成，分别是AI（人工智能）、BlockChain（区块链）、Cloud（云）、和Data（大数据）每一次进步都有新的认知和感触
05-23 3694
我在利用潜在语义分析（LSA）对docx文档进行文本相似度分析时候出现报错：`numpy.ndarray size changed, may indicate binary incompatibility. Expected 96 from C header, got 88 from PyObject` 该错误通常出现在使用Numpy时，因为版本不兼容或编译问题导致的二进制不兼容。其中一个库可能是使用旧版本的Numpy编译的，可以尝试使用新版本的Numpy。或者降低gensim版本找到兼容版本也可以成功解决
解决ValueError: numpy.ndarray size changed, may indicate binary incompatibility.
wang_jiezeng的专栏
04-09 3292
问题出在新numpy与gensim不兼容，既然无法再动numpy，只好改变gensim版本。执行用pip list查看，gensim版本4.3.1，执行 pip install gensim==3.8.3 解决了问题。
MCAS2安装及遇到问题解决
Zephyr_Hu的博客
08-19 6894
MCAS2安装及遇到问题解决 MACS2（Model-based Analysis for ChIP-Seq）介绍：由Tao Liu实验室开发的一款在ubuntu上运行的专门处理CHIP-Seq数据的下游软件，是bowtie2处理数据得到sam文件后，或者samtools处理数据后的下游工具。官网 网上下载安装方式很多，推荐使用python从源代码安装，首先在python的软件包网站pypi使...
MACS2软件进行Peak calling
qq_27390023的博客
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MACS2可以检出ChIP-Seq，ATAC-seq 以及 MeRIP-seq (RNA甲基化测序） 等富集的序列。peaks calling 有不同的方法，MACS2是最常用的call peaks工具。 MACS全称Model-based Analysis of ChIP-Seq，最初的设计是用来鉴定转录因子的结合位点，但是它也可以用于其他类型的富集方式测序。usage: macs2 [-h] [--version] {callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadca
python导入pandas时报错：ValueError: numpy.ndarray size changed, may indicate binary incompatibility.
weixin_43126556的博客
08-12 7838
很多库在使用pip安装后，会与numpy的版本产生冲突，一般都是numpy的版本低导致的，使用命令进行更新即可。此命令默认更新成的都是符合本机要求的numpy最新版本。如果在线安装或升级过慢，可以先将whl文件下载下来进行本地安装。......
signac库1.7.0版本PyPI下载指南
5. 安装第三方Python库: 通常情况下，用户可以通过PyPI使用pip来安装signac或其它Python库。安装命令通常如下： ``` pip install signac ``` 但在这个场景中，用户已经有了signac-1.7.0.tar.gz这个特定版本的...
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