RunSVD时报错：Error in irlba(A = t(x = object), nv = n, work = irlba.work) : function ‘as_cholmod_spa

YZJenny

已于 2024-04-23 10:10:08 修改

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文章标签： r语言

于 2024-04-22 16:26:59 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/yzjenny/article/details/138081209

版权

问题：如题，包的版本如下：

Matrix_1.6-5

SeuratObject_4.1.3

Seurat_4.3.0

解决方式：

remove.packages("Matrix")
install.packages("Matrix", type = "source")
install.packages("irlba", type = "source")

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function ‘as_cholmod_sparse‘ not provided by package ‘Matrix‘

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可能是因为版本更新问题，最近很多包都会报错，一般选择将包进行降级解决问题。

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log2024.8.29Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) : function ‘as_cholmod_sparse

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之前分析的，和老师讨论之后，还是有问题。明天，要向唐老师汇报这件事（既然交给我，我就要把它认认真真的完成。） ##########################加载完成数据############################################################# setwd("F://Rworkplace//唐老师的差异分析//结果文件整理") library(dplyr) library(Seurat) library(patchwork) library(ggplo.

irlba::irlba(mat, nDimensions, nDimensions): function ‘as_cholmod_sparse‘ not provided by package ‘

xuzhougeng blog

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原因很简单，Seurat版本高了，Matrix和irlba版本没跟上。先重启R或者Rstudio。

解决MAC上R语言monocle3的错误“function ‘as_cholmod_sparse‘ not provided by package ‘Matrix‘”

fjh1997的博客

02-27

1591

中所述在~/.R/Makevar中设置了相应路径的链接标志如下所示。当我编译时，遇到了gfortran链接错误。安装了gfortrain for mac，

Error in irlba::irlba(L, nv = n, nu = 0, maxit = iters) : function ‘as_cholmod_sparse‘ not provided

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因为上次在Rstudio里面下hgu95av2.db包的时候，其中的org.Hs.eg.db_3.5.0.tar.gz下载一直报错，上网搜了一通，说什么镜像问题，结果换了镜像也没解决，后面直接找个法子本地安装了

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