【CARLsim和脉冲神经网络】神经元、突触、组

CARLsim4:http://uci-carl.github.io/CARLsim4/index.html
CARLsim4代码：https://github.com/UCI-CARL/CARLsim4

前言

CARLsim4是一个高效、易用的、基于GPU加速的大规模脉冲神经网络仿真系统。由“[Cognitive Anteater Robotics Laboratory]

这一节主要介绍脉冲神经网络的几个核心概念——神经元、连接、突触。脉冲神经网络的一大特点就是生物学概念还原的很好，而传统的神经网络已经是高度抽象的结果。

Cognitive Anteater Robotics Laboratory
开源，C++编写，支持windows和linux平台。

即将入坑SNN，新开一个关于CARLsim的主题，主要的内容都是基于CARLsim4文档和源码，记录自己的理解、总结、翻译和搬运。

神经元

CARLsim目前支持基于电流和基于电导的Izhikevich脉冲神经元。

使用函数createSpikeGeneratorGroup和createGroup可以创建从一维到三维的神经元组。

微分方程可以由forward-Euler法或Runge-Kutta法实现。

1.1 Izhikevich神经元（4参数模型）

Izhikevich是一个动力学系统模型，可以由以下二阶常微分方程描述：

$\begin{array}{l}\frac{dv}{dt}=0.04v^2+5v+140-u+I\end{array}$

$\begin{array}{l}\frac{du}{dt}=a(bv-u)\end{array}$

第一个公式描述了给定电流$I$的膜电位$v$，其中$I$是所有突触和外部电流之和（ $I=i_{syn}+I_{ext}$）；

第二个式子表述了恢复变量$u$；$a$是恢复变量的速率常数；$b$描述了恢复变量对于膜电位阈值下波动的敏感性；两个公式的变量都是无量纲的，但是第一个公式的$v$是$mV级$的，$t$是$ms$级的。

和其他简单的模型（如LIF）不同，Izhikevich神经元可以自行生成上行脉冲，因此电压在峰值（$v_{cutoff}=+30$）复位，而不是在阈值。
当$v$达到峰值截断时，动作电位下行通过瞬时膜电位复位建模，并加上回复变量的步进（这句话很拗口，但是看了下面的公式，就能秒懂）,具体由下面的公式描述：

$\begin{array}{l}v(v>30)=c\end{array}$

$\begin{array}{l}u(v>30)=u+d\end{array}$

不同的神经元abcd取值不同，如
规则脉冲（RS）取值$a=0.02$，$b=0.2$，$c=-65$，$d=8$；
快速脉冲（FS）取值$a=0.1$，$b=0.2$，$c=-65$，$d=2$。

1.2 Izhikevich神经元（9参数模型）

对于9参数Izhikevich模型定电流$I$的膜电位$v$，如下式：

$\frac{dv}{dt}=(k(v-vr)(v-vt)-u+I)/C$

其中，$K$是膜电位的速度常量，由神经元的输入电阻和基强度（rheobase，足引起刺激的最小强度），$vr$是静止膜电位，$vt$是瞬时阈电位（threshold potential），$C$是膜容。

对于恢复变量$u$，如下式：
$\frac{dv}{dt}=a(b(v-vr)-u)$

对于动作电位下行建模如下：
$\begin{array}{l}v(v>vpeak)=c\end{array}$

$\begin{array}{l}u(v>vpeak)=u+d\end{array}$
所谓的九变量是指：$C$，$k$，$vr$，$vt$，$a$，$b$，$vpeak$，$c$，$d$
RS神经元：$C=100$，$k=0.7$，$vr=-60$，$vt=-40$，$a=0.03$，$b=-2.0$，$vpeak=35$，$c=-50$，$d=100$
FS神经元：$C=20$，$k=1$，$vr=-55$，$v=-40$，$a=0.15$，$b=8$，$vpeak=25$，$c=-50$，$d=200$
一般在九参数的Izhikevich模型中，使用Runge-Kutta而不是forward-Euler。

1.3 Multi-Compartment神经元

使用CARLsim::setCompartmentParameters函数将一组神经元拓展到多个单元，使用 CARLsim::connectCompartments连接Compartment。

这时，总电流$I$被进一步扩展，包含了树突电流，即：

$I=i_{syn}+i_{dendr}+i_{ext}$，

每个单元的树突电流来自（down，mother）下单元和（up，daughter）上单元：

$i_{dendr}=G_{down}(v-v_{down})+\sum _{up}{G}_{up}(v-v_{up})$

电导率$G_{down}$和$G_{up}$由CARLsim::setCompartmentParameters确定。

同样的，这里推荐使用Runge-Kutta而不是forward-Euler。

这一段直接翻译了CARlsim的文档， 我根本就没有就看懂在讲什么，Multi-Compartment是什么鬼，下图附一个轴突、树突图来大胆猜想

突触

脉冲神经网络使用突触传递信息。生物学中，突触通过化学信号在神经元之间传递信息，（电突触也是存在的，但是Carlsim没有实现）。

通常来说，突触传递信息是单项的。

突触分为两中，一种在神经元发送信息（前突触神经元），另一种在神经元接受信息（突触后神经元）。

这两种神经元被突出间隔隔开。突触前神经元释放神经递质和突触后神经元受体结合，产生电流。当多个突触的产生的电流之和大于阈值电压，则产生脉冲。

下图为高中生物中介绍的突触结构：

CARLsim支持两种突触模型，基于电流的模型（CUBA）只考虑突触电流；基于电导的模型使用更复杂的电导方程计算每个突触受体电流。

CUBA和COBA都受突触权重的影响。

接下来将详细讨论这两个模型。

2.1 CUBA

使用CUBA模型时，不考虑电导。产生的电流强度和突触权重成正比。

突触后神经元产生的电流$I_j^{syn}$由突触前神经元产生脉冲时给出：

$I_j^{syn}=\sum _{i=1}^N{s}_{ij}{w}_{ij}$

上式中，$S_{ij}=1$意味着神经元产生了脉冲，$S_{ij}=0$则没有；$w_{ij}$表示突触后神经元$j$和突触前神经元$i$之间的权值；$N$是突触前神经元和突触后神经元$j$产生的连接数量。

基于电流的突触模型是CARLsim的默认模型，目前CARLsim不支持COBA模型和其他模型混用。

基于电流的神经元模型电流是一次性产生的，而基于电导的神经元模型的突触电流随时间衰减。

由于COBA模型产生的电流要大得多，当从CUBA模型转换到COBA时，需要用户去减少突触权重。

2.2 COBA

当使用COBA模型时，存在指数衰减的电导（电导，表示某一种导体传输电流能力强弱程度）。如果突触连接是兴奋的，则使用AMPA和NMDA衰减。如果突出连接是抑制的，则使用GABA A和GABA B连接。

总电流既可以来自兴奋区（$i_e$），也来自抑制区($i_e$)。

$i_e=i_{NMDA}+i_{AMPA}$
$i_i=i_{GAB{A}_A}+i_{GAB{A}_B}$

兴奋电流由NMDA电流($i_{NMDA}$)和AMPA电流($i_{AMPA}$ )组成:

$i_{AMPA}=g_{AMPA}(v-v_{AMPA}^{rev})$

$i_{NMDA}=g_{NMDA}\frac{{[\frac{v+80}{60}]}^2}{1+{[\frac{v+80}{60}]}^2}(v-v_{NMDA}^{rev})$

上式中$g$是电导，$v$是突触后神经元电压， $vrev$是逆转电位，$g$和$vrev$都是针对特定的离子通道和受体；

抑制神经元通道由GABA A和GABA B电流组成:

$\begin{array}{l}{i}_{GAB{A}_A}=g_{GAB{A}_A}(v-v_{GAB{A}_A}^{rev})\end{array}$

$\begin{array}{l}{i}_{GAB{A}_B}=g_{GAB{A}_B}(v-v_{GAB{A}_B}^{rev})\end{array}$

每一个粒子通道或受体$k$的电导$g$，由下式给出:

$g_k=\sum _f{e}^{t-t_f/\tau }\Theta (t-t_f)$

上式中$f$指一个脉冲事件，$tf$是脉冲时间的时间，$Theta$指Heaviside函数。

函数sim.setConductances(true)表示使用COBA模式，该模式默认参数：$tdAMPA=5ms$，$tdNMDA=150ms$，$tdGABAa=6ms$，$tdGABAb=150ms$（瞬时上升时间）

也可以自定义参数：

sim.setConductances(true,tdAMPA,tdNMDA,tdGABAa,tdGABAb);

还可以自定义下降时间常数（我不知道是啥），上升时间常数(默认为0)：

sim.setConductances(true,tdAMPA,tdNMDA,trNMDA,tdGABAa,tdGABAb,trGABAb)

也可以修改默认电导时间常数:

sim.setDefaultConductanceTimeConstants(tdAMPA,tdNMDA,trNMDA,tdGABAa,tdGABAb,trGABAb);

组（group）

要创建一个Izhikevich神经元组，需要参数：名字（如output），神经元数量（如100）:

int gOut = sim.createGroup("output", 100, EXCITATORY_NEURON);

EXCITATORY_NEURON：组中神经元是谷氨酸能的
INHIBITORY_NEURON：GABAergic突触神经元
返回组号gOut

给Izhikevich设置参数，举一个列子，给第一类兴奋神经元（规则神经元）设置参数：

sim.setNeuronParameters(gOut, 0.02f, 0.2f, -65.0f, 8.0f);

分别对应前面介绍的四参数Izhikevich神经元的$a$，$b$，$c$，$d$参数。

创建一组脉冲生成器（名称、大小、类型）

int gIn = sim.createSpikeGeneratorGroup("input", 10, EXCITATORY_NEURON);

3.1 Topography

Grid3D结构体可以将一组神经元排列三维网格（以三维结构的中心为原点），并根据通过CARLsim::connect连接神经元。这允许创建具有复杂空间结构的网络。

具体的排列规则如下：

Grid3D(Nx,Ny,Nz)表示坐标范围$[-(Nx-1)/2,(Nx-1)/2]$，$[-(Ny-1)/2,(Ny-1)/2]$，和 $[-(Nz-1)/2,(Nz-1)/2]$。

Grid3D(1,1,1)在位置$ (0,0,0)$创建一个神经元

Grid3D(2,1,1)创建两个神经元, 第一个 (ID 0) 在$ (-0.5,0,0)$, 第二个 (ID 1) 在 $(0.5,0,0)$.

Grid3D(1,1,2) 创建两个神经元, 第一个 (ID 0) 在 $(0,0,-0.5)$, 第二个 (ID 1) 在 $(0,0,0.5)$.

Grid3D(2,2,2)创建八个神经元, 第一个 (ID 0) 在$(-0.5,-0.5,-0.5)$, 第二个 $(0.5,-0.5,-0.5)$, 第三个 $(-0.5,0.5,-0.5)$, 以此类推，如上图

Grid3D(3,3,3)创建 $3x3x3=27$ 个神经元，$ (-1,-1,-1)$,，$(0,-1,-1)$，$(1,-1,-1)$， $(-1,0,-1)$，…，最后一个是$(1,1,1)$.

神经元的3D位置可以用CARLsim::getNeuronLocation3D函数查询。

创建一个有500个神经元的3D神经元组

int gOut = sim.createGroup("output", Grid3D(10,10,5), EXCITATORY_NEURON);

以下两行代码等价

int gOut = sim.createGroup("output", N, EXCITATORY_NEURON);        
int gOut = sim.createGroup("output", Grid3D(N,1,1), EXCITATORY_NEURON);