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Edirect
文章平均质量分 75
zhanyongjia_cnu
这个作者很懒,什么都没留下…
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NCBI中Entrez Direct的使用
NCBI作为一个巨大的bioinformatics数据库,除了提供B/S界面的查询外,还提供了许多工具查询和下载DB中的数据。本文介绍其中最强大的一种Entrez Direct(Edirect),这是NCBI官方提供的UNIX平台DB数据检索工具(注意,UNIX平台,不是Linux。我曾经在centos上装过,只能实现输出xml格式结果的功能,不能将结果转换成表格格式,因为perl中xtract模原创 2016-02-19 09:26:01 · 4478 阅读 · 0 评论 -
Getfasta--根据Acession Number(Ac号)批量下载GenBank分子序列数据的自动化程序
推断分子系统发育树时,很多分子序列数据都是从GenBank等公共数据库下载的。当数据很多时,每条序列都要检索、下载十分耗时,而且容易出错。作者基于NCBI官方提供的Entrez direct软件包,二次开放了能批量下载GenBank分子序列数据的程序——Getfast。此程序能解析用户提供的ACLIST文件,并自动下载生成包含所有序列的fasta文件,供构建分子系统发育树使用。一、运行环...原创 2018-07-30 14:30:46 · 3189 阅读 · 1 评论