从源代码安装Guidance

Guidance是以色列科学家开发的一款用于评估msa对齐稳定性及去除低支持度片段的软件。目前可以通过网页提交数据获取结果。同时作者提供了源代码包可以编译安装在本地的server上。URL：http://guidance.tau.ac.il/ver2/source.php

通过接近两天的努力，终于编译安装完成，记录如下：

1.安装环境：

需要的安装环境较为苛刻。由于是基于bioperl的，所以需要安装perl、bioperl及ruby模块。

GUIDANCE also uses Perl, BioPerl and Ruby:

• Type "perl -v" and check that you Perl installed.
  • Else download and install it from:
    http://www.perl.org/
• Type "perl -e 'use Bio::SeqIO'" to check that you have BioPerl.
  • Else download and install it from:
    http://www.bioperl.org/
• Type "ruby --version" to check that you have ruby.
  • Else download and install it from:
    http://www.ruby-lang.org/en/

perl和ruby的安装较简单，centos系统用yum就能安装。安装完成后记得再安装cpan呀，否则很多控件及依赖包无法下载。cpan的使用：perl -MCPAN -e shell。首次运行需要配置一下，个人建议使用默认配置。

难点在bioperl上。以下是bioperl的安装过程：

（1）准备安装：

（2）安装MSA程序

我选择的clustalw版本是clustalw2.01，编译完成后的bin是clustalw2，而guidance.pl代码中的程序名是clustalw，没关系，只要在clustalw2的src目录中copy一个bin就行。

cp clustalw2 clustalw

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