构建ML分子系统发育树如何分区

    使用多基因构建ML树时,需要将不同基因分区,以保证各基因估算出不同的进化速率。如有5个基因,最少要分5区。

    如有蛋白质基因(如CO1,H3),由于蛋白质3rd Coden 密码子的摆动性,需要将1st,2nd Coden分成一区,3rd Coden分成一区,用XX-XX\3的形式书写(相见RaxMl或IQTREE的使用说明)。

那么,如何判断蛋白质基因中每一个位点属于那个密码子位点呢?可以先看NCBI中translation字段给出的该基因翻译出的蛋白质编码,再用Seaview软件翻译对齐好的序列,看序列对齐的起点是哪里。如果Seaview结果与NCBI不一致,可尝试在序列前端添加若干“-”,直至翻译出的蛋白序列与NCBI的吻合(可以用Seaview的Creat Set功能辅助标记1st-2nd Coden位置)。这样,看原始第一个位点属于哪位密码子,则以后依此类推就能得出结论。

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回答: MEGA是一种常用的软件工具,用于构建系统发育。通过对基因序列或蛋白质的对比分析,MEGA可以根据进化关系推断物种之间的亲缘关系,并生成系统进化。 在构建系统发育时,MEGA使用了Bootstrap法进行检验。Bootstrap法通过随机重组原序列生成新的序列,并重复估算模型,来评估分支的可信度。如果在新的Bootstrap中,分支的出现频率较高,则说明该分支的可信度较高。分支在Bootstrap中出现的频率可以作为分支可信度的参数。MEGA生成的系统发育包括两种类型,即Original Tree和Bootstrap Consensus Tree。Original Tree是步长检验构建的最优系统,它包含了计算得到的距离数据,可以准确表示基因的亲缘关系。而Bootstrap Consensus Tree是通过多次Bootstrap得到的平均结果,它不包含进化距离信息,而是用分支频率参数表示分支的可信度。需要注意的是,Bootstrap Consensus Tree的拓扑结构可能与Original Tree不完全相同。因此,在使用MEGA构建系统发育时,可以根据需要选择使用Original Tree还是Bootstrap Consensus Tree来解读物种的进化关系。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* *3* [如何使用MEGA软件构建系统发育_速成实用经验](https://blog.csdn.net/HUANWEIFENXI/article/details/120116129)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT0_1"}}] [.reference_item style="max-width: 100%"] [ .reference_list ]

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