Bioperl
zhanyongjia_cnu
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
安装Bioperl最基本模块Bio::SeqIO
Bioperl就像个大柜子,里面存放各种模块。Bio::SeqIO是Bioperl最基本的模块,本文介绍其在CentOS7-64bit下的安装方法。STEP1:prepare to installyum update #更新yum源。yum install expat-devel 包 #Bioperl官网说要用XML功能需要安装expat和expat-devel包,由于expat包C原创 2016-02-27 17:50:09 · 20922 阅读 · 3 评论 -
Getfasta--根据Acession Number(Ac号)批量下载GenBank分子序列数据的自动化程序
推断分子系统发育树时,很多分子序列数据都是从GenBank等公共数据库下载的。当数据很多时,每条序列都要检索、下载十分耗时,而且容易出错。作者基于NCBI官方提供的Entrez direct软件包,二次开放了能批量下载GenBank分子序列数据的程序——Getfast。此程序能解析用户提供的ACLIST文件,并自动下载生成包含所有序列的fasta文件,供构建分子系统发育树使用。一、运行环...原创 2018-07-30 14:30:46 · 3127 阅读 · 1 评论 -
构建ML分子系统发育树如何分区
使用多基因构建ML树时,需要将不同基因分区,以保证各基因估算出不同的进化速率。如有5个基因,最少要分5区。 如有蛋白质基因(如CO1,H3),由于蛋白质3rd Coden 密码子的摆动性,需要将1st,2nd Coden分成一区,3rd Coden分成一区,用XX-XX\3的形式书写(相见RaxMl或IQTREE的使用说明)。那么,如何判断蛋白质基因中每一个位点属于那个密码子...原创 2018-09-12 09:06:20 · 3467 阅读 · 1 评论