BEAST推断贝叶斯树时如何使用bModelTest选择最优分子替换模型

在Beautit的Site Model中选择BEAST Model Test，在下面的选项中选择transition TransversionSplit，之后正常做mcmc跑树。用Tracer和bModelTestAnalyser查看结果。

使用Tracer查看结果时，所有参数ESS应大于200.

其中重要的参数有如下几项：

substmodel：用6位数字指代模型名称，如HYK，GTR等；

hasGrammaShape：模型是否+G

hasProportionInvariant：模型是否+I

hasEqualFreqs：模型中四种碱基是否等频率。 

使用bModeTestAnalyser能更加直观的观看最优模型的结果（6位数字代码）和支持度信息。

根据BEAST文档，有两种使用bModelTest的方法。一种是先运行bModelTest，从结果中获取最优模型和参数，一种是利用bModelTest自动化averaging所有模型，直接得出结论。好像Beast的开发者更倾向于使用这种方法。