ATAC seq

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分类专栏： Seurat 4.0 文章标签： 人工智能
于 2023-01-06 10:02:17 首次发布
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本文介绍了ATAC-seq技术，一种用于分析染色质可及性和转录因子调控差异的工具。通过比较正常细胞与癌细胞的染色质开放性，展示了ATAC-seq在研究细胞分化和药物耐受性方面的重要性。此外，文中提到了10x Genomics的scATAC-seq和Spatial-ATAC-seq，它们分别在单细胞和空间层面扩展了ATAC-seq的应用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Waddington表观遗传景观

首先，我想借助Waddington在1957年提出的表观遗传景观阐释生命科学研究中转录和表观的联系，而在发育生物学中，我们常用这一套理论描述基因调控下细胞分化的动态规律。小球在位于山的最高点，代表其为胚胎干细胞，分化能力最强，状态也最不稳定。小球下行的过程就类似于细胞分化的过程，而山上形成的各种峰和谷会对小球下行的轨迹产生影响。小球抵达盆地时，即形成比较稳定的细胞状态，最终对应的是分化形成的细胞类型。转录组的信息代表的是细胞的基因表达特征，在图中则对应的是小球自身的即时状态，与山体无关；而揭示细胞的染色质开放性特征，就好比是描述小球与山体之间的关系以及在山体中的位置，有利于推断下一时刻细胞的基因表达特征。

ATAC-seq技术的出现

2013年可能是在组学历史上具有里程碑意义的一年：汤富酬老师作为通讯作者在Nat Struct Mol Biol发表了scRNA-seq这项技术，而William J Greenleaf作为通讯作者在Nat Methods发表ATAC-seq技术。在2013年后，Greenleaf以ATAC-seq技术作为基础，发表了一系列表观组学的重要研究&#

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致密核小体结构被破坏后，启动子、增强子、绝缘子、沉默子等顺式调控元件和反式作用因子可以接近的特性，叫染色质的可及性，也叫染色质开放性(chromatin accessibility ），这段区域叫开放染色质（open chromatin） 。 2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequenc.
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ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序（NGS）文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上，该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过 NGS 测序，并使用生物信息学分析具有可及或可访问染色质的基因组区域。
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ATAC-seq分析：数据介绍（2）
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1. 简介 ATACseq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 使用转座酶在测序前有效地片段化可访问的 DNA（DNA可极性）。结果提供了一种绘制可访问/开放染色质基因组范围的方法。 与其他技术相比，ATACseq 有几个优点，包括： 所需输入材料少（> 10,000 个细胞）实验所需时间短（约 4 小时） ATACseq 2. 酶 下面介绍几种不同酶获取数据的差异 ATACseq, MNaseseq and
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植物ATAC-seq文献集锦（一）——基因组篇
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ATAC motif是指在ATAC-seq实验中观察到的某种DNA序列的模式或序列特征。在ATAC-seq中，DNA的可及性可以通过开放区域的ATAC（跳跃式转位酶插入）测量。在这种技术中，ATAC测序会鉴定出具有ATAC测定区域的DNA片段。研究人员经常研究这些ATAC测定区域的特点和模式，以揭示基因调控的机制。 ATAC motif通常指的是在ATAC测定区域中出现频率较高的DNA序列模式或motif。这些motif可能与某些转录因子结合有关，因此可以提供线索来了解基因调控网络。 在研究ATAC motif时，常常使用计算方法来分析ATAC-seq数据，并寻找出现频率较高的motif。一种常用的方法是使用motif分析工具（如MEME Suite、HOMER等）来寻找并鉴定出现频率较高的motif。
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