ATAC seq

Waddington表观遗传景观

首先，我想借助Waddington在1957年提出的表观遗传景观阐释生命科学研究中转录和表观的联系，而在发育生物学中，我们常用这一套理论描述基因调控下细胞分化的动态规律。小球在位于山的最高点，代表其为胚胎干细胞，分化能力最强，状态也最不稳定。小球下行的过程就类似于细胞分化的过程，而山上形成的各种峰和谷会对小球下行的轨迹产生影响。小球抵达盆地时，即形成比较稳定的细胞状态，最终对应的是分化形成的细胞类型。转录组的信息代表的是细胞的基因表达特征，在图中则对应的是小球自身的即时状态，与山体无关；而揭示细胞的染色质开放性特征，就好比是描述小球与山体之间的关系以及在山体中的位置，有利于推断下一时刻细胞的基因表达特征。

ATAC-seq技术的出现

2013年可能是在组学历史上具有里程碑意义的一年：汤富酬老师作为通讯作者在Nat Struct Mol Biol发表了scRNA-seq这项技术，而William J Greenleaf作为通讯作者在Nat Methods发表ATAC-seq技术。在2013年后，Greenleaf以ATAC-seq技术作为基础，发表了一系列表观组学的重要研究，同时开放了分析ATAC-seq数据相关的一系列R包工具。

真核生物中的核小体是染色质的基本结构单位。DNA与组蛋白结合后形成核小体，