Plink常见命令 --bfile --freq--recode --make-bed

Plink常见命令

1） --bfie

输入的二进制Plink文件，由三个相互链接的文件组成，example.bim，example.bed、example.fam。

2）--freq

计算等位基因频率

3）--out

输出文件

4）--recode

将二进制文件转换为人类可读的文件集

 plink --bfile hapmap-ceu --recode --out hapmap-ceu

（1） 输出过程

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-9xUIqyNI-1663504756125)(https://files.catbox.moe/hahq61.png)]

Warning: 59 het. haploid genotypes present (see hapmap-ceu.hh ); many commands treat these as missing.，一个warming，这通常与X染色体伪常染色体区域的雄性杂合子calling有关。建议是检查.hh文件中的变异，如果它们都靠近X染色体的开头或结尾，使用命令——split-x来解决这个问题。

慎用，用之后报错。

（2） 生成四个文件

1. hapmap-ceu.map
2. hapmap-ceu.ped
3. hapmap-ceu.log
4. hapmap-ceu.hh

5） --make-bed

将其他类型的数据转换成plink二进制文件。

例如，将vcf文件转换为二进制文件。

plink --vcf ALL.chr21.vcf.gz --make-bed --out test_vcf

我们提供了一个命令列表用于从不同的软件导入数据

（1） Oxford格式（do not run this example）

plink   --gen oxford_example.gen\
		--sample oxford_example.sample\
		--make-bed --out oxford_example

（2） Bgen （do not run this example）

plink   --ben bgen_example \
		--make-bed --out bgen_example

（3） 23andme（do not run this example）

plink   --23fle 23andme_example \
		--make-bed --out 23andme_example