细胞追踪cell tracking

自动多细胞追踪系统

Automated tracking of cells from phase contrast images by multiple hypothesis Kalman filters
论文提到的自动多细胞跟踪系统的组成部分：
图像配准（对齐图像序列），管腔分割（表示管腔形状），细胞检测（标记候选细胞），多假设卡尔曼滤波。

Yolov5+Kalman Filter

Yolov5+Kalman Filter的多细胞追踪

Multi Object Tracking with Kalman-Filter

Multi Object Tracking with Kalman-Filter
先检测，再用卡尔曼滤波器
使用前一帧中的检测来估计特定对象的下一个位置。
一旦我们对下一帧中的物体进行了预测，我们就会将此预测结果与实际检测相关联，hungarian algorithm将每个检测分配给跟踪的物体。
黑色对象是实际检测，彩色对象是预测

细胞追踪

Computerized cell tracking: Current methods, tools and challenges

StarDist+Trackmate

StarDist - Object Detection with Star-convex Shapes

星形物体检测
老师推荐的，细胞核是星形，内含训练好的模型
+trackmate