利用perl一键生成符合LEFse差异分析的Table表

最新推荐文章于 2022-09-22 14:07:06 发布

zlabxyz

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分类专栏：微生物组分析与处理文章标签：可视化微生物高通量测序

本文链接：https://blog.csdn.net/zlabx/article/details/107206962

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本文介绍了如何使用Perl脚本快速生成符合LEFse在线分析要求的Table表。基于Picrust2的宏基因组预测数据，通过运行特定的perl脚本对数据进行格式化，为LEFse的差异分析准备输入。用户需将输入文件和映射文件与脚本放在同一目录，然后执行脚本，遵循LEFse官方教程即可进行进一步的分析。

摘要由CSDN通过智能技术生成

利用perl一键生成符合在线LEFse差异分析的Table表

LEfSe分析的在线+本地运行的详细教程参考刘尧博客

基于Picrust2进行宏基因预测后，我们往往需要对数据进行可视化话，其中LEFse就是非常不错的选择,这里通过perl实现对表的格式化。
LEFse --Galaxy平台：http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy

use strict;
use warnings;

my $mapFile=$ARGV[0];
my $tableFile=$ARGV[1];

my %mapHash=();
open(MAP,"$mapFile")or die $!;
while(my $line=<MAP>)
{
   
	chomp($line);
	my @arr=split(/\s+/,$line);
	$mapHash{
   $arr[0]}=$arr[3];
}
close(MAP);

my %hash=();
my @samples=