一个提取lammps的log文件中的数据并绘图的python程序

1. 程序及结果

1.1 程序

# -*- coding:utf-8 -*-
import re
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt


file_name= "log.lammps"                        # log 文件名
jump_step= 20                                  # 需要跳过的step数，主要用于忽略势能最小化或弛豫产生的输出数据
max_lines= 1000000                             # 最大行数，无严格要求，大于可能的数据行数即可



# 正则匹配输出参数，有几个参数输出就有几个  "\s+[0-9\.]+",例如输出数据的某一行为：
#       step      temp      temp_water     press           vol     atoms     
#      140    124.88839    301.79223    465752.06      1200000     6680 
# 则可以使用以下正则：
patten= r'(\s+[0-9\.]+\s+[0-9\.]+\s+[0-9\.]+\s+[0-9\.]+\s+[0-9\.]+\s+[0-9\.]+)'

f = open(file_name,"r")
data = np.zeros((6,max_lines))

count=-1
for i in range(1,max_lines):
    line = f.readline()
    #print(line)
    if re.match(r'(Total wall)&#