微生物群落功能预测工具

    微生物群落研究主要有16S/ITS多样性测序、宏基因组测序还有宏转录组测序等研究手段。其中16S/ITS等多样性测序由于价格便宜，性价比高而经常使用。

    利用16S/ITS多样性测序，我们可以准确知道群落的物种结构，但越来越多的研究表明，微生物的群落功能组成比物种组成与环境关系更为密切，因此我们需要借助宏基因组等研究手段来获取群落功能信息。现阶段的宏基因组、宏转录组的价格相对较高，在经费有限的情况下，利用16S/ITS的测序结果进行功能预测是一个值得重视的方向。2013年所推出的PICRUSt就是一款常用的群落功能预测软件。