BINANA是一个用于分析对接配体姿势的工具,确定有助于结合的分子间相互作用。准确地描述这些相互作用有助于科学家们评估一个配体(预测的)是否值得进一步研究。
BINANA有Python和JavaScript两个版本可使用。
读取的受体和配体的文件格式为PDBQT(更好)或PDB。BINANA识别并描述关键的受体/配体相互作用信息(如氢键、盐键、pi相互作用)。
命令行
# python文件夹下使用
python3 run_binana.py -receptor /path/to/receptor.pdbqt -ligand /path/to/ligand.pdbqt -output_dir /path/to/output/directory/
# 只获取相互作用的有限信息。使用:
python3 run_binana.py -receptor /path/to/receptor.pdbqt -ligand /path/to/ligand.pdbqt
# 获取单个PDB文件,文件中包含涉及相互作用的原子,在PDB header部分记录了相互作用的特征。使用:
python3 run_binana.py -receptor /path/to/receptor.pdbqt -ligand /path/to/ligand.pdbqt -output_file /path/to/output.pdb
# 如果要保存报错和警告信息。使用:
python3 run_binana.py -receptor /path/to/receptor.pdbqt -ligand /path/to/ligand.pdbqt -output_file /path/to/output.pdb > errors.txt
# 获取JSON格式文件,文件中包含相互作用信息。使用:
python3 run_binana.py -receptor /path/to/receptor.pdbqt -ligand /path/to/ligand.pdbqt -output_json /path/to/output.json
# 如果要获得CSV文件。使用:
python3 run_binana.py -receptor /path/to/receptor.pdbqt -ligand /path/to/ligand.pdbqt -output_csv /path/to/output.csv
以上使用的评价参数是BINANA默认参数。
需要自定义评价参数的可以使用以下命令行,如:
# Detect only hydrogen bonds where the donor and acceptor are less than 3.0 angstroms distant, run:
python3 run_binana.py -receptor /path/to/receptor.pdbqt -ligand /path/to/ligand.pdbqt -hydrogen_bond_dist_cutoff 3.0
可供更改的评价参数有:-close_contacts_dist1_cutoff
-close_contacts_dist2_cutoff
-electrostatic_dist_cutoff
-active_site_flexibility_dist_cutoff
-hydrophobic_dist_cutoff
-hydrogen_bond_dist_cutoff
-hydrogen_halogen_bond_angle_cutoff
-halogen_bond_dist_cutoff
-pi_padding_dist
-pi_pi_interacting_dist_cutoff
-pi_stacking_angle_tolerance
-T_stacking_angle_tolerance
-T_stacking_closest_dist_cutoff
-cation_pi_dist_cutoff
-salt_bridge_dist_cutoff
-metal_coordination_dist_cutoff