基因id转换

哎，建立酶约束代谢模型，中途莫名其妙报错，一行行运源码，查看中间变量，发现是基因id格式的问题，于是打算换格式。

一开始打算用网页转换，但它把我的顺序搞乱了，并且很多都显示none，但我在ncbi上是能查到的。后面打算用R语言转，但是bitr函数有不准确性，于是选择用AnnotationDbi包的mapIds函数实现转换。

用install.packages("AnnotationDbi")无法安装，于是先装BiocManager，再用下面的代码安装：

BiocManager::install('DBI')
BiocManager::install("AnnotationDbi")
BiocManager::install('org.Hs.eg.db')

后面发现excel文件读取太麻烦了，于是把初始数据存为了csv文件，使用read.table函数读取，其返回结果为data.frame：

aih <- read.table(file='F:/MathWorks/Projects/ecHuman/data/aih.csv', header=TRUE, sep=",")
head(aih)

输出结果：

然后提取第一列作为字符向量（因为后面mapIds函数要求keys是字符向量）

ddj=aih[['Gene.Names..primary.']]
typeof(ddj)
head(ddj)

输出结果：

最后转换id，并将结果输出为csv文件：

library(org.Hs.eg.db)
library(AnnotationDbi)
xdl=c()
for (i in 1:20420) {
  xdl[i]<-mapIds(x = org.Hs.eg.db,keys = ddj[i],column = "ENSEMBL",keytype = "SYMBOL")
}
aih$Gene.Names..primary.<- xdl
write.csv(aih, "aih.csv ")