学习R语言，R Markdown 如何写

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下面内容摘录自《用R探索医药数据科学》专栏文章的部分内容。栏目后续章节的文章将深入概括R语言在临床研究和新药创新领域的应用，填补了国内R教材中尚未广泛覆盖的部分内容。

2章8节：一文学会 R Markdown 的文档核心操作，切记文末有R资源的分享_rmarkdown-CSDN博客文章浏览阅读429次。R Markdown 是一种广泛使用的工具，可以帮助数据科学家、统计学家和研究人员创建动态和交互式的报告。它结合了 R 语言的强大数据处理和分析能力，以及 Markdown 的简洁易用的文本格式，使得创建专业和美观的报告变得更加简单和高效。一文让你入门 Markdown ！_rmarkdownhttps://blog.csdn.net/2301_79425796/article/details/140660144

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二、 R Markdown 如何写

初步认识 R Markdown 的界面，如下图。

1、文档的开头（YAML）

R Markdown文档分为文档头和正文部分。文档头部分是由YAML（YAML Ain't Markup Language）块组成，由三个短线（-）分隔。在RStudio中新建R Markdown文件后，会自动生成文档头。下面这部分可以设置文档的标题、输出格式、作者信息、关键词、摘要等信息。

---
title: "文档标题"
author: "作者姓名"
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
keywords: ["R Markdown", "语法", "教程"]
abstract: "本文介绍了R Markdown的常见语法及其使用方法。"
---

有的时候，我们需要自动生成日期，这样的话我们在R Markdown可以使用下面的代码插入到相关位置即可。

date: "`r Sys.Date()`"

效果如下图。

2. 标题和列表

在 R Markdown 中，标题使用 # 符号来表示。根据 # 的数量，可以创建不同级别的标题，从一级标题到六级标题。同时，R Markdown 支持创建无序列表和有序列表。无序列表使用 - 或 * 来表示，而有序列表使用数字来表示。这些标题在文档中提供了层次结构，使读者能够清晰地理解内容的组织方式。

# 一级标题
## 二级标题
### 三级标题
#### 四级标题
##### 五级标题
###### 六级标题


- 项目一
- 项目二
  - 子项目一
  - 子项目二
* 项目三
* 项目四

1. 第一项
2. 第二项
   1. 子项一
   2. 子项二
3. 第三项

效果如下图。

3. 字词的格式

在 R Markdown 中，可以使用斜体、粗体、斜体加粗体、高亮、删除线和分隔线等等，突出显示重要信息，使文档更具吸引力。

*斜体*

**粗体**

***斜体+粗体***

==高亮==

~~删除线~~

---

*   分隔线
*   分隔线
*   分隔线

效果如下图。

4. 链接

超链接在 R Markdown 中通过使用 [文本](链接) 语法来创建。

[Baidu](https://www.baidu.com)

5. 代码块

在 R Markdown 中，代码块是插入和运行 R 代码的基本单位。意思是说，如果大家需要在相关位置插入 R 代码及其运行结果，就需要引入代码块的概念。R 代码块通常通过“{r}”来插入，一般是以三个反单撇号（```）开始，随后是“{r}”，例如“{r}”。代码段以单独一行的三个反单撇号“”来结尾。但是，如果是在 R Markdown 文档最末，代码块的也可以不添加标记结束的标记（```）。

```{r}
# 这是一个简单的 R 代码块
summary(cars)

效果如下图。

再举一个例子，这个例子为了便于后期处理，我们可以将此代码块备注为“rmd - block01”。此外，“echo”参数（默认设置为“TRUE”）意味着我们的代码和结果都会在输出中显示；若设置为“FALSE”，则仅输出结果。另外，如果添加“include = FALSE”选项，那么本代码段仅会运行，但是代码和结果都不会出现在输出的文档中。同时，我们还能够设置“eval”“results”“message”和“warning”等参数，以此来选择不同的图形和警告等输出内容。结果如下图。

也就是说，如果您希望在输出文档中完整展示代码及其运行结果，保持“echo = TRUE”即可；但如果您只希望呈现结果，不展示代码，就将“echo”设置为“FALSE”。又比如，当您使用“include = FALSE”时，像一些仅用于中间计算、无需展示的代码段就可以这样设置，使输出文档更加简洁。结果如下图。

6. 绘图

R Markdown允许用户灵活地控制图形的外观。通过设置图形的尺寸和其他属性，可以确保图形在报告中的显示效果符合要求。具体的设置可以通过以下参数实现：

fig.width 和 fig.height: 这两个参数用于指定生成图形的宽度和高度，单位是英寸。例如，fig.width=10表示图形的宽度为10英寸，fig.height=5 则表示图形的高度为5英寸。

dpi: 这个参数用于设置图形的分辨率，以保证图形的清晰度。常用的dpi值有72（屏幕显示）和300（打印）。

out.width 和 out.height: 这两个参数用于指定图形在最终输出中的宽度和高度，可以设置为百分比（如 out.width='80%'）或具体数值（如 out.width='6in'）。

```{r, fig.width=10, fig.height=5, fig.fullwidth=TRUE}
plot(iris)
```

结果如下图。

plot()函数是R语言中最基本的绘图函数之一，用于创建散点图、折线图以及其他多种类型的图形。它通过将数据的数值映射到图形坐标系中，从而帮助用户可视化数据的分布和关系。基本用法包括传入一个或两个向量（作为x和y轴的坐标），也可以通过调整参数来设置图形的标题、坐标轴标签以及点的样式。plot()函数，以后在绘图的章节再讲。

7. 数学公式

R Markdown支持LATEX语法，可以在文档中插入数学公式。数学公式有两种显示方式：行中公式和独立公式。

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