Lasso建模+分型再搭配缺氧。

最新推荐文章于 2024-09-27 20:57:42 发布

生信风暴

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文章标签：零知识证明

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今天给同学们分享一篇双疾病+分子药物的生信文章“Hypoxia-associated genes predicting future risk of myocardial infarction: a GEO database-based study”，这篇文章于2023年7月3日发表在Front Cardiovasc Med 期刊上，影响因子为3.6。

不稳定型心绞痛（UA）患者发病后易发生心肌梗死（MI），但其中分子表达谱的改变仍不清楚。目前的研究旨在确定与 UA/MI 相关的特征性缺氧相关基因，并建立一个缺氧相关基因预测模型，用于预测 UA 向 MI 的进展。

1.冠心病的缺氧相关基因基础

工作流程如图 1 所示。许多心肌梗死患者的病情因 UA 而迅速恶化（27）。作者根据两种不同的临床表型将患者分为两组，包括 18 例 UA 患者和 75 例 MI 样本。利用 limma 算法，作者最终在 UA 组和 MI 组之间筛选出 3569 个 DEGs，校正后的 P 值小于 0.05（图 2A）。缺血/缺氧加重的动脉粥样硬化最终导致了稳定的UA和MI，两组之间通路的不同富集情况见热图，然后作者根据ssGSEA计算了UA和MI患者的缺氧评分（图2B），高缺氧组和低缺氧组之间的差异分析得到了4017个DEGs，显示在火山图中（图2C）。图 2D 显示了 1966 个交叉基因。由于作者的结果确实表明缺氧是 UA 的一个突出分子特征，这些交叉基因被认为是 UA 中缺氧相关基因对 MI 疾病进展的分子基础。然后，作者对这些基因进行了GO和KEGG分析，发现它们高度富集于丙酸盐代谢、慢性粒细胞白血病、细胞周期、线粒体核糖体、H4组蛋白乙酰转移酶复合物和细胞衰老通路（图2E），而这些通路都与氧代谢/缺氧有关( 28- 33)。