8+铜死亡+分型+预后模型

今天给同学们分享一篇铜死亡+分型+预后模型的生信文章“Signature construction and molecular subtype identification based on cuproptosis-related genes to predict the prognosis and immune activity of patients with hepatocellular carcinoma”，这篇文章于2023年7月9日发表在Front Immunol期刊上，影响因子为8.786。

肝细胞癌（HCC）是世界上最常见的恶性肿瘤之一，发病率高、恶性程度高、生存率低。铜死亡是一种由硫辛酸化三羧酸循环蛋白介导的新型细胞死亡方式，与线粒体代谢密切相关。然而，铜死亡相关基因（CRGs）的表达水平与HCC的预后关系仍不清楚。

1. CRG的差异表达和遗传改变

该研究的一般流程如图1所示。首先，作者从之前的研究中获得了19个CRGs（NFE2L2，NLRP3，ATP7B，ATP7A，SLC31A1，FDX1，LIAS，LIPT1，LIPT2，DLD，DLAT，PDHA1，PDHB，MTF1，GLS，CDKN2A，DBT，GCSH，DLST）。接下来，作者分析了TCGA数据库中HCC患者的肿瘤组织和正常组织之间的CRGs的差异表达基因。结果显示，APT7A，LIAS，LIPT1，LIPT2，DLD，DLAT，PDHA1，PDHB，MTF1，GLS，CDKN2A和DLST在肿瘤组织中的表达显著高于正常组织，而NLRP3，SLC31A1和DBT在正常组织中的表达水平较高（图2A）。CRGs表达的相关性分析显示MTF1和ATP7A之间存在强烈的正相关关系（图2B）。接下来，作者利用String（https://string-db.org/）构建了蛋白质相互作用（PPI）网络（图2C）。作者对CRGs进行了拷贝数变异（CNV）频率分析。结果显示，ATP7B和CDKN2A拷贝数的增加频率显著高于删除频率，而NLRP3和LIAS拷贝的删除频率显著高于删除频率（图2D，E）。作者还发现，在371个肝癌样本中，有38个体细胞（10.24%）发生了突变，其中CDKN2A的突变频率较高（3%）（图2F）。

图1 本研究的流程图

图2 HCC中CRGs的表达和遗传改变

接下来，作者使用KM分析和COX分析来评估TCGA和GSE76427数据集中HCC患者的CRGs的预后意义。研究表明，KM分析中的15个基因与OS预后相关（图3A-O）。COX分析显示这些基因与HCC患者相关。CRGs的预后网络图表明LIAS、FDX1、SLC31A1和ATP7B是HCC的保护因子，而NFE2L2、NLRP3、ATP7A、LIPT1、DLD、DLAT、PDHA1、PDHB、MTF1、GLS、CDKN2A、DBT、GCSH和DLST是风险因子（图3P）。