9+铜死亡+缺氧+分型+单细胞+实验生信思路

今天给同学们分享一篇铜死亡+缺氧+分型+实验的生信文章“Unraveling Colorectal Cancer and Pan-cancer Immune Heterogeneity and Synthetic Therapy Response Using Cuproptosis and Hypoxia Regulators by Multi-omic Analysis and Experimental Validation”，这篇文章于2023年7月9日发表在Int J Biol Sci期刊上，影响因子为9.2。

铜死亡是一种新型的程序性细胞死亡（PCD），与细胞三羧酸循环和细胞呼吸密切相关，而缺氧可调节PCD。然而，它们对肿瘤亚型的综合贡献仍有待探索。在此，作者应用多组学方法，根据杯突和缺氧对 TCGA_COADREAD 进行了分类。该分类在三个结直肠癌（CRC）队列中得到了验证，并扩展到泛癌症分析中。

图1 研究流程图

1. 建立铜死亡-缺氧亚型

利用无监督聚类，根据与铜死亡和缺氧相关的关键基因，将TCGA_CADREAD患者分为三个群，即CHS1、CHS2和CHS3。CHS1 在铜死亡方面得分最高，在缺氧方面得分最低，而 CHS3 则相反。验证数据集的得分特征与训练集一致。CHS1 的分期较早，转移较少，而 CHS3 则呈相反趋势。不过，三个亚型在年龄和性别方面没有明显差异。

2. 突变特征

单核苷酸多态性（SNP）特征在 CHS 的前 10 个基因中呈现出差异（图A)。基因突变率差异很大，即使在它们之间共有的基因中也是如此。例如，在 54% 的 CHS1 中发现公认的癌基因 Kras 发生突变，而在 CHS3 中仅发现 3%。CRC 细胞中的 Kras 突变通过改变细胞内铜池来改变对铜生物利用率的需求。考虑到CHSs之间的铜死亡差异，Kras状态可能与CRC的铜死亡有关。作为 CRC 的一个不利预后因素，Braf 突变率在 CHS1 和 CHS3 中分别为 3.7% 和 17.3%，表明 CHS3 的预后较差（图2）。在验证集中，Kras 和 Braf 在 CHSs 中的突变倾向得到了验证（图2）。不同亚型的 SNP 类型比例也有所不同。

图2 CHS 的基因组特征

拷贝数变异（CNV）