今天给同学们分享一篇生信文章“HOPX is a tumor-suppressive biomarker that corresponds to T cell infiltration in skin cutaneous melanoma”,这篇文章发表在Cancer Cell Int期刊上,影响因子为5.8。
结果解读:
低HOPX表达表明SKCM预后不良,HOPX是一个良好的诊断标志物
TCGA数据库用于分析HOPX在各种正常和肿瘤组织中的表达。结果显示,HOPX的表达在25例中显著上调,包括ACC(肾上腺皮质癌)(p < 0.001)和BRCA(乳腺浸润性癌)(p < 0.001)(图1A),而与正常组相比,SKCM肿瘤组的HOPX表达要低得多(p < 0.001)(图1B)。基于GEO数据库的火山图结果也显示了SKCM患者中HOPX的低表达(图1C-F)。HPA数据库的临床病理数据也证实了这一点(图1G)。此外,数据分析显示,SKCM患者中不同年龄组的HOPX表达水平没有显著差异,但女性的表达水平高于男性(图S1A,B)。这可能意味着男性更容易患上SKCM,而且它可能发生在任何年龄,尽管需要更多的临床数据来证明这一点。然后,作者进一步分析了HOPX对SKCM的诊断和预后价值。受试者工作特性(ROC)曲线的AUC为0.744(图1H),表明HOPX对SKCM患者具有良好的诊断价值。此外,Kaplan-Meier(KM)曲线表明,具有高HOPX表达的SKCM患者具有更好的生存率(p = 0.005)(图1I)。列线图预测了SKCM患者的1年、5年和10