今天给同学们分享一篇单细胞+预后模型的生信文章“Integrating single-cell and bulk RNA sequencing to predict prognosis and immunotherapy response in prostate cancer”,这篇文章于2023年9月20日发表在Scientific Reports期刊上,影响因子为4.6。
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前列腺癌(PCa)主要是一种发生在前列腺腺体的上皮恶性肿瘤,是全球男性最常见的癌症之一。尽管PCa的原因尚不清楚,但研究表明年龄、家族史、种族和基因调控等因素都与其发展有关。
1. CAF的识别
该研究的工作流程总结如图1所示。作者对scRNA-seq数据进行了细胞周期效应去除、归一化、降维和聚类分析,tSNE图显示了不同聚类的分布情况(图2A)。气泡图显示了每个聚类中标记基因的表达水平(图2B),作者对这些聚类进行了细胞注释(图2C)。作者提取了成纤维细胞并对其进行了上述分析,tSNE图显示了四个聚类的分布情况(图2D)。作者使用"FindAllMarkers"函数对每个聚类中高变异基因(logFC >= 0.5,min.pct = 0.3和diff.pct >= 0.2)进行了筛选,共鉴定出463个CAFRGs。最后,富集分析显示,聚类0主要涉及动脉形态发生、一氧化