发布不到一月的4+经典单细胞+预后模型生信思路，可复现可升级

今天给同学们分享一篇单细胞+预后模型的生信文章“Integrating single-cell and bulk RNA sequencing to predict prognosis and immunotherapy response in prostate cancer”，这篇文章于2023年9月20日发表在Scientific Reports期刊上，影响因子为4.6。

前列腺癌（PCa）主要是一种发生在前列腺腺体的上皮恶性肿瘤，是全球男性最常见的癌症之一。尽管PCa的原因尚不清楚，但研究表明年龄、家族史、种族和基因调控等因素都与其发展有关。

1. CAF的识别

该研究的工作流程总结如图1所示。作者对scRNA-seq数据进行了细胞周期效应去除、归一化、降维和聚类分析，tSNE图显示了不同聚类的分布情况（图2A）。气泡图显示了每个聚类中标记基因的表达水平（图2B），作者对这些聚类进行了细胞注释（图2C）。作者提取了成纤维细胞并对其进行了上述分析，tSNE图显示了四个聚类的分布情况（图2D）。作者使用"FindAllMarkers"函数对每个聚类中高变异基因（logFC >= 0.5，min.pct = 0.3和diff.pct >= 0.2）进行了筛选，共鉴定出463个CAFRGs。最后，富集分析显示，聚类0主要涉及动脉形态发生、一氧化