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CP2K安装

简介

官网:

GitHub - cp2k/cp2k: Quantum chemistry and solid state physics software package

docker还在测试中:

cp2k/tools/docker/README.md at master · cp2k/cp2k · GitHub

大多数人推荐使用toolchain:

cp2k/tools/toolchain/README.md at master · cp2k/cp2k · GitHub

CP2K支持的GPU列表:

gpu [CP2K Open Source Molecular Dynamics ]

CP2K没有Win版本, 只能用WSL

如果使用$sudo apt install cp2k安装可以安装预编译好的cp2k, 不支持cuda以及特殊功能.

以下都是安装方法, 推荐toolchain安装, 有docker版本, 好像不是很稳定, 我就没用.

CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元

【CP2K学习】-在Ubuntu上安装CP2K的全过程(包括gcc,gfortran,MKL等配置)_cp2k安装-CSDN博客

howto:compile_on_windows [CP2K Open Source Molecular Dynamics ]

在WSL下的Ubuntu 22.04中安装VASP 6.3.2与CP2K v2022.2 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社

给老爷机离线安装CP2K-2022.2的笔记 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社

在 Ubuntu 20.04 LTS 桌面系统 GNU 成功编译 CP2K-9.1 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社

CP2K-8.2 的全intel编译器编译 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社

CP2K编译安装教程 | 超算小站

基于toolchain在slurm服务器上安装cp2k的不同方法_cp2k slurm-CSDN博客

踩坑记录

第一次安装toolchain:

选择./install_cp2k_toolchain.sh -j 2 --install-all --gpu-ver=P100 --enable-cuda=yes

首先CP2K-2024.1的toolchain会安装GCC13.2

安装libint时候报错很多, 但是还是安装完成了, 之后也没有重新build. 大约用一小时.

superlu_dist安装失败, 将mpich换成openmpi, 报错消失

sirius编译失败, 因为不用, 所以禁用了.

依赖编译了几次, 最后成功结束了

在make过程中, 每次都报错显示缺少libc10_cuda.so和libtorch_cuda.so, c10模块是pytorch里面的. 经过检查发现, toolchain安装的libtorch是1.12.1的cpu版的, 因此应该找cuda版的. 我反正不用机器学习, 之后加上了–with-libtorch=no. (不知道和libtorch和cuda版本不符合有没有关系, 因为2024/05/31pytorch还没有支持我装的cu123, 按理说应该有个最低cuda版本要求, 不过谁也说不定…)

最后编译的是./install_cp2k_toolchain.sh -j 2 --install-all --gpu-ver=P100 --enable-cuda=yes --with-openmpi=install --with-sirius=no --with-libtorch=no

install环节去掉libtorch, make会报更多的错, 这次是彻底找不到pytorch的c10模块了.

把\cp2k-2024.1\arch和\cp2k-2024.1\arch\tool\toolchain\install\arch文件夹里面清空, 再install, 还是会报错, 内容和上面的一样.

去掉\cp2k-2024.1\arch\tool\toolchain\install\和\cp2k-2024.1\arch\tool\toolchain\build\里面关于libtorch的内容, 还是会报上面的错.

在install的时候, 把所有其他选项都关掉, 只用默认的选项, 还是会报错.

我现在知道为啥libtorch默认是不安装的了. 不知道手动装cuda版本的libtorch有没有用, 我也不想试了.

只能重新解压再install一次toolchain.

./install_cp2k_toolchain.sh -j 2 --gpu-ver=P100 --enable-cuda=yes --with-sirius=no

elpa报错只有cpu目录没有nvidia目录

搞半天也没有搞清楚, 所以就不装elpa了

测试

make -j 2 ARCH=local_cuda VERSION=psmp test

cpu版和gpu版的ssmp都能跑但是psmp都不行, psmp会卡在一个地方,

Launched 352 test directories and 0 worker…

ssmp有1个worker的, psmp没有worker…

cuda版, 不含elpa
ssmp=217min
psmp=?

无cuda
ssmp=217min
psmp=?

卢老师的test.inp倒是都能跑, 所以也许是脚本的问题?

cuda版, 不含elpa
ssmp=55s
psmp=56s

无cuda
ssmp=33s
psmp=33s

接下来只能copy一份cp2k, 看一下能不能用了.

遇到的问题们

点击安全验证

CP2K安装-GNU+CUDA，GPU加速 - 哔哩哔哩

dev:regtesting [CP2K Open Source Molecular Dynamics ]

Spack — CP2K documentation

FreeImage.h: No such file or directory - 搜索

编译mnistCUDNN时出错：fatal error: FreeImage.h: No such file or directory-CSDN博客

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元

cp2k elpa安装失败 - 搜索

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