Rosetta基础2: 运行Rosetta的程序的基本步骤

导读:

使用Commandline界面来运行Rosetta程序是Rosetta应用的最主要的形式，使用Commandline可以非常方便地在linux或超算集群系统上进行Rosetta的运算。本文我们将进一步带领大家学习如何去运行Rosetta以及需要准备些什么。

1. 我如何在Linux系统下找到Rosetta应用？

在Rosetta整个框架内，每个经过测试的Protocol都会被整合成独立的应用(app)，这些app跟我们手机上的应用是一样的，需要哪个就用哪个，每个app都具有独立的功能。大部分的app的二进制文件位于$ROSETTA/main/source/bin/这个文件夹里面。值得注意的是，app的命名与编译环境和方式有关系，app的通用命名规则是app.[mpi].system+complier+version的形式。

比如我在Mac系统下使用clang来编译，使用的并行版本。那么app的命名就是relax.mpi.macosclangrelease. relax是app的名字，mpi代表并行版本，macos是系统名，clang是编译Rosetta时使用的编译器类型，release代表稳定发行版本的意思。如此类推，如果我在CentOS7下使用gcc编译，使用的串行版本，那么，app的命名就是relax.linuxgccrelease。

如果你是根据我的安装教程来配置Rosetta的话，可以通过以下命令来查询app的具体名称:

ls $ROSETTA/main/source/bin/

运行结果：

所列出的就是你所有的Rosetta app名称。

2. 准备输入文件

Rosetta的输入文件形式比较多样，一般以PDB文件作为输入。除此以外，不同的app要求的输入文件可能并不一样。比如在结构预测时需要定义Fragment文件、膜蛋白设计中需要使用Span文件，在Loop建模中需要定义Loop文件等。更多的输入文件类型详见: List of file types in Rosetta

Rosetta以”什么都能读“著称，就算你给一个缺失侧链或含有底物小分子复合物的PDB结构，Ros